Pour mieux comprendre la propagation du COVID-19 pendant la pandémie, les responsables de la santé publique ont élargi la surveillance des eaux usées. Ces efforts suivent les niveaux de SRAS-CoV-2 et les risques pour la santé de la plupart des gens, mais ils négligent les personnes qui vivent sans abri, une population particulièrement vulnérable aux infections graves. Pour combler ce manque d'information, les chercheurs rapportant dans l'ACS Lettres sur les sciences et technologies de l'environnement testé les cours d'eau de contrôle des crues à proximité de campements non abrités, trouvant des schémas de transmission similaires à ceux de la communauté au sens large et identifiant des mutations virales inédites.
Ces dernières années, tester les eaux usées non traitées pour détecter l’incidence du SRAS-CoV-2 et les variantes virales dominantes, ainsi que d’autres agents pathogènes, a été essentiel pour aider les responsables de la santé publique à déterminer la transmission des maladies infectieuses dans les communautés locales. Pourtant, cette surveillance ne capture que des informations sur les virus excrétés par les excréments humains et l'urine dans les bâtiments connectés aux infrastructures d'égouts locales. Au-delà de l'impact de la pandémie sur la santé humaine, elle a également exacerbé les difficultés socio-économiques et augmenté le nombre de personnes sans abri et vivant dans des campements en plein air sans accès à des toilettes intérieures. Pour comprendre la prévalence du COVID-19 parmi les personnes vivant sans abri, Edwin Oh et ses collègues ont testé le SRAS-CoV-2 dans les cours d’eau à proximité des campements à l’extérieur de Las Vegas de décembre 2021 à juillet 2022.
En utilisant la réaction en chaîne par polymérase quantitative, les chercheurs ont identifié l’ARN du SRAS-CoV-2 dans plus de 25 % des échantillons testés à partir de deux canaux de contrôle des inondations. La fréquence de détection la plus élevée au cours de la période d'étude correspond à la première vague d'infections à variantes omicrons de Las Vegas, comme l'ont confirmé des tests parallèles dans une usine de traitement des eaux usées locale. Les chercheurs affirment que ces résultats suggèrent qu’un niveau de transmission similaire se produisait au sein de la communauté sans abri et parmi la population générale. Ensuite, les chercheurs ont procédé au séquençage du génome entier pour identifier les variantes du SRAS-CoV-2 dans les voies navigables. Ces échantillons contenaient en grande partie les mêmes variantes identifiées dans la communauté au sens large. Une analyse informatique plus approfondie des séquences virales a identifié trois nouvelles mutations de la protéine de pointe virale dans certains échantillons de voies navigables, mais les chercheurs n'ont pas encore examiné l'impact que ces mutations pourraient avoir sur la fonction virale ou les résultats cliniques. Quoi qu’il en soit, la capacité de détecter et d’identifier le SRAS-CoV-2 dans des échantillons d’eau environnementale pourrait contribuer à améliorer les mesures de santé publique pour une communauté souvent sous-représentée dans les méthodes de surveillance actuelles. Les chercheurs affirment également que la surveillance des cours d’eau pourrait avertir les responsables de la santé de variantes inattendues circulant dans la communauté.
