Une récente Journal international des sciences moléculaires Une étude rapporte que la lignée recombinante XD du coronavirus 2 (SARS-CoV-2) du syndrome respiratoire aigu sévère, également connue sous le nom de « deltacron », ne présente pas une transmissibilité ou une évasion immunitaire plus élevée que la variante Omicron BA.1.
Étude: La lignée recombinante delta-omicron SARS-COV-2 (XD) présente des propriétés d’évasion immunitaire similaires à la variante Omicron (BA.1). Crédit d’image : Orphée FX / Shutterstock.om
Sommaire
Arrière plan
Les coronavirus sont connus pour subir une recombinaison en raison de la réplication de leur génome d’acide ribonucléique (ARN). La recombinaison peut corriger des mutations préjudiciables dans les virus à ARN ou modifier leurs propriétés, telles que l’augmentation de leur transmissibilité ou la réduction de leur sensibilité à la neutralisation médiée par les anticorps ; par conséquent, les événements de recombinaison du SRAS-CoV-2 doivent être étroitement surveillés.
Trois lignées SARS-CoV-2 ont été développées à partir des mutations, conduisant à une transmissibilité plus élevée et à une résistance à la neutralisation améliorée, comme en témoigne l’émergence des variantes Alpha, Beta et Gamma. Celles-ci étaient appelées les variantes préoccupantes (COV).
La variante SARS-CoV-2 Delta était associée à un taux d’hospitalisation accru par rapport aux variantes précédentes du SARS-CoV-2. En Afrique du Sud, la variante Delta a dominé jusqu’à fin 2021 ; immédiatement après, la variante Omicron est apparue et a rapidement remplacé la variante Delta en tant que souche dominante en circulation dans le monde.
Récemment, plusieurs infections causées par une lignée recombinante de SARS-CoV-2 contenant des portions génomiques des variants Delta et Omicron ont été signalées. Delta-Omicron ou Deltacron était le nom provisoire de cette souche recombinante, à laquelle on a attribué la lignée PANGO XD.
La majeure partie du génome XD est dérivée de la sous-lignée Delta AY.4. Cependant, le cadre de lecture ouvert de la protéine spike (S) a été remplacé par une séquence correspondant à la sous-lignée Omicron BA.1.
La protéine SARS-CoV-2 S permet l’entrée virale dans les cellules hôtes et est la cible principale des anticorps neutralisants. La variante Omicron héberge plus de 30 mutations dans la protéine S, qui modifient le tropisme cellulaire et le potentiel de transmission du SRAS-CoV-2 tout en diminuant considérablement la neutralisation médiée par les anticorps.
La souche recombinante XD a soulevé des inquiétudes, car elle peut combiner la pathogénicité accrue de la variante Delta avec les propriétés de transmissibilité élevée et d’évasion des anticorps d’Omicron VOC. Pourtant, ni l’utilisation du facteur d’entrée ni son tropisme cellulaire n’ont été étudiés, avec les preuves limitées disponibles sur l’efficacité des anticorps neutralisants pour bloquer cette voie de la lignée XD.
L’étude a testé les protéines S de la lignée recombinante SARS-CoV-2 XD et les COV Delta et Omicron pour leur capacité à se lier au récepteur de l’enzyme de conversion de l’angiotensine-2 (ACE-2) pour favoriser la fusion virus-cellule et cellule-cellule , ainsi que la résistance à la neutralisation médiée par les anticorps.
À propos de l’étude
L’étude a également évalué les similitudes biologiques entre l’entrée de la cellule hôte XD et Omicron et l’inhibition de ce processus par les anticorps. À cette fin, les chercheurs ont utilisé des particules de pseudovirus de la stomatite vésiculeuse contenant la protéine S correspondante comme système de substitution pour rechercher l’entrée et la neutralisation des cellules hôtes du SRAS-CoV-2.
Des constructions ACE2-Fc humaines solubles et une cytométrie en flux ont été utilisées pour déterminer la capacité de la protéine XDS à se lier à ACE2. Les plasmides d’expression codant pour la protéine S ont été transfectés dans des cellules 293T étalées dans des plaques à six puits. Des cellules vides transfectées par le plasmide ont été utilisées comme contrôle. Après transfection, les cellules ont été examinées par cytométrie en flux.
Ensuite, la fusion cellule-cellule induite par la protéine S qui contribue à la pathogenèse du COVID-19 a été analysée. Pour examiner le clivage de la protéine S et l’inclusion de particules, les chercheurs ont évalué l’efficacité du clivage des protéines S incorporées au pseudovirus à l’aide d’un immunotransfert. Enfin, la quantification de l’activité de la luciférase de luciole codée par le virus dans les lysats cellulaires a été utilisée pour déterminer l’efficacité de la transduction.
De plus, la susceptibilité des particules porteuses de XD-S à la neutralisation par des anticorps induits par la vaccination avec deux ou trois doses du vaccin à acide ribonucléique messager (ARNm) Pfizer-BioNTech BNT162b2 et les incidences d’infections percées chez les personnes vaccinées pendant les ondes Delta ou Omicron précoces en Allemagne ont été évalués.
Résultats de l’étude
XD S lié à ACE2 avec 1,2 fois moins d’efficacité que l’Omicron BA.1 S, tandis que les protéines Omicron et XD S se sont liées à ACE2 plus efficacement que le Delta S.
Le Delta S a induit une fusion cellule-cellule significative par rapport à l’expression de l’Omicron S. Une réduction de la fusion cellule à cellule a été observée par XD S par rapport au Delta S. En revanche, une légère augmentation a été documentée par rapport à l’Omicron S
L’efficacité de clivage des protéines S incorporées au pseudovirus ne différait pas significativement entre les protéines S testées. Cependant, XD-S avait une tendance modeste à se cliver plus bas que les protéines Delta et Omicron S. Il y avait une corrélation générale entre l’efficacité d’entrée des particules portant Omicron S (BA.1pp) et XD.
BA.1pp avait une activité neutralisante significativement plus faible de 51,5 fois par rapport à Deltapp. En attendant XDpp avait une activité neutralisante similaire aux particules contenant Omicron BA.1pp.
Après trois doses du vaccin BNT162b2/Comirnaty (BNT/BNT/BNT), le plasma présentait une activité neutralisante améliorée et neutralisait efficacement toutes les particules. La neutralisation était la plus élevée pour Deltapp et seulement légèrement mais comparativement inférieur pour BA.1pp ou XDpp avec une réduction d’environ 2,7 fois.
Au début de l’onde Omicron, le plasma prélevé sur des individus vaccinés au BNT/BNT/BNT a neutralisé DeltappBA.1ppet XDpp avec une efficacité comparable.
conclusion
Plusieurs caractéristiques biologiques importantes sont partagées entre les protéines S de la lignée XD recombinante du SRAS-CoV-2 et celle de la variante Omicron, notamment leur liaison ACE2 équivalente, la fusion cellule-cellule et la sensibilité à la neutralisation des anticorps.
Il existe une identité de séquence élevée entre les protéines XD et BA.1 S, avec seulement la première moitié du domaine N-terminal (NTD) provenant de Delta S et le reste de BA.1 S. Il existe également des différences subtiles dans la liaison ACE2 qui sont légèrement plus faibles pour XD S et le tropisme de la lignée cellulaire qui est un peu plus élevé Entrée de cellule Huh-7, Vero et Vero-TMPRSS2 pour les particules portant Delta-Omicron
L’entrée et le blocage des cellules XD par les anticorps sont très similaires à ceux de BA.1. Par conséquent, il est raisonnable de conclure que BA.1 et XD ciblent des cellules et des tissus similaires chez les patients infectés et que XD a une capacité réduite à se développer dans l’espace alvéolaire et à provoquer potentiellement une maladie grave.
L’utilisation de vaccins qui établissent une immunité à large échelle contre plusieurs lignées du SRAS-CoV-2 fait partie des stratégies les plus efficaces pour prévenir la recombinaison entre les lignées du SRAS-CoV-2. En outre, il existe des preuves que les vaccins multivalents, tels que ceux récemment approuvés par Moderna et BioNTech/Pfizer, incluent à la fois les protéines S des lignées B.1 et BA.5 du SRAS-CoV-2, augmentent l’étendue de la neutralisation et réduisent les risques de recombinaison. .
