Un groupe de recherche du Département de pharmacie et de biotechnologie de l’Université de Bologne a analysé plus d’un million de séquences du génome du SRAS-CoV-2. Cette analyse a conduit à l’identification d’une nouvelle variante qui, au cours des dernières semaines, s’est répandue principalement au Mexique mais a également été trouvée en Europe. Leur article publié dans le Journal de virologie médicale a présenté la soi-disant « variante mexicaine », dont le nom scientifique est T478K. Comme d’autres souches, celle-ci présente une mutation dans la protéine Spike, qui permet aux coronavirus de se fixer et de pénétrer dans leurs cellules ciblées.
Cette variante s’est de plus en plus répandue parmi les gens en Amérique du Nord, en particulier au Mexique. À ce jour, cette variante couvre plus de 50 % des virus existants dans ce domaine. Le taux et la vitesse de propagation rappellent ceux de la ‘variante britannique’. La mutation de la protéine Spike est structurellement localisée dans la région d’interaction avec le récepteur humain ACE2. Les coronavirus se fixent à ce récepteur pour infecter les cellules, propageant ainsi l’infection avec plus d’efficacité ».
Federico Giorgi, coordinateur de l’étude et professeur, Département de pharmacie et de biotechnologie, Université de Bologne
Les chercheurs sont partis de l’analyse de près de 1,2 million d’échantillons séquencés du génome du SRAS-CoV-2 trouvés dans des bases de données internationales jusqu’au 27 avril 2021. La nouvelle variante T478K a été détectée dans 11435 échantillons. C’est le double du nombre d’échantillons qui présentaient la même variante un mois plus tôt. Une telle augmentation depuis le début de 2021 a alarmé les chercheurs.
La « variante mexicaine » se répartit uniformément entre les hommes et les femmes et les tranches d’âge. Cette variante représente 52,8% de tous les coronavirus séquencés au Mexique, alors qu’aux États-Unis, elle n’apparaît que dans 2,7% des échantillons séquencés. En ce qui concerne l’Europe, la « variante mexicaine » s’est faiblement répandue en Allemagne, en Suède et en Suisse. En Italie, il est pratiquement inexistant avec seulement 4 cas signalés.
La mutation caractérisant ce variant est localisée dans une région de la protéine Spike qui est responsable de l’interaction avec le récepteur humain ACE2 : c’est le mécanisme permettant aux coronavirus d’accéder aux cellules. Des mutations similaires sont communes à toutes les variantes qui ont été au centre de l’attention au cours des derniers mois. En effet, les variantes récentes du coronavirus se distinguent par leurs taux d’infection élevés, qui les ont rendus omniprésents dans de nombreuses régions du monde.
Les chercheurs ont testé l’action de la protéine T478K Spike avec des simulations in silico et ont découvert que cette protéine mutée peut altérer la charge électrostatique superficielle. Par conséquent, il peut modifier non seulement l’interaction avec la protéine humaine ACE2 mais également avec les anticorps du système immunitaire et ainsi entraver l’efficacité du médicament.
« Grâce à la grande quantité de données disponibles dans les bases de données internationales, nous pouvons avoir un contrôle presque en temps réel sur la situation en surveillant la propagation des variantes du coronavirus dans différentes zones géographiques », conclut Giorgi. « Poursuivre cet effort dans les prochains mois sera crucial pour agir rapidement et avec des moyens efficaces ».
La source:
Référence de la revue :
Di Giacomo, S., et al. (2021) Rapport préliminaire sur le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) Spike mutation T478K. Journal de virologie médicale. doi.org/10.1002/jmv.27062.
