Dans une étude récente publiée dans le Journal de médecine cliniqueles chercheurs ont exploré la variabilité génétique parmi les génomes du virus monkeypox de la lignée Clade IIb B.1 à l’aide d’une enquête phylodynamique et génétique pour confirmer le groupe épidémique dans le clade et comprendre l’évolution du virus.
Sommaire
Arrière plan
L’agent étiologique du monkeypox est un virus zoonotique à acide désoxyribonucléique (ADN) double brin appelé virus du monkeypox, qui appartient à la même famille (Poxviridae) comme agent causal de la variole. Jusqu’à récemment, la maladie était endémique en Afrique centrale et occidentale, les virus de la variole du singe formant deux clades – le bassin du Congo ou clade d’Afrique centrale (Clade I) et le clade d’Afrique de l’Ouest (Clade II).
L’épidémie de monkeypox de 2022 en dehors des régions endémiques a été attribuée aux virus du monkeypox Clade II, qui sont moins virulents et moins graves, comme en témoigne le taux de mortalité inférieur par rapport aux infections par les virus Clade I. Cependant, étant donné la propagation rapide de la maladie dans les régions non endémiques, il est important de surveiller la variation génétique au sein du clade.
À propos de l’étude
La présente étude a utilisé 1271 génomes entiers du virus de la variole du singe accessibles via la base de données de l’Initiative mondiale sur le partage des données sur la grippe aviaire (GISAID). Les séquences ont été alignées en utilisant l’alignement multiple avec la transformée de Fourier rapide (MAFFT). Le test Pairwise Homoplasy Index ou PHI (Φ) a été utilisé pour contourner le biais dû à la recombinaison ou aux indels.
Un taux d’évolution fixe mis en œuvre dans le logiciel Bayesian Evolutionary Analysis by Sampling Trees (BEAST) a été utilisé pour reconstruire la dynamique de population dans les génomes du monkeypox. Les chercheurs ont également effectué une régression de la pointe à la racine sur une phylogénie à vraisemblance maximale pour vérifier ses signaux temporels. De plus, l’épidémiologie génétique a été reconstituée.
Résultats
Les résultats du test Φ ont indiqué une absence d’événements de recombinaison, d’insertion ou de suppression et ont signalé que tous les sites informatifs de parcimonie analysés par paires étaient compatibles. Le Bayesian Skyline Plot n’a indiqué aucun changement majeur dans la variabilité génétique entre les échantillons prélevés au début de mai 2022 et à la fin d’août de la même année. Cependant, la variabilité génétique a ensuite montré une légère diminution puis une augmentation, atteignant un plateau en septembre 2022.
Les auteurs ont noté que la tendance à la variabilité génétique montrée par le virus du monkeypox contrastait avec la tendance du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2), qui a muté rapidement pendant la pandémie de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19).
Les changements de variabilité génétique observés dans le virus de la variole du singe expliquent le faible taux de croissance de la taille de la population. La reconstruction phylogénomique a montré de petits clusters indépendants, avec quelques spécimens communs à deux clusters. Cependant, le modèle de reconstruction global a permis aux grappes d’être corrélées à des zones géographiques d’origine spécifiques. De plus, les quelques grappes localisées qui ont émergé ne semblaient pas avoir de descendants et étaient des lignées évolutives aveugles.
De plus, l’analyse de régression de la pointe à la racine n’a indiqué aucune corrélation entre les dates d’échantillonnage et la divergence de séquence, indiquant une faible variabilité génétique. Les virus à ADN sont connus pour évoluer plus lentement que les virus à acide ribonucléique (ARN), ce qui rend difficile l’évaluation de la divergence concernant le temps. Cependant, il existe des virus à ADN, tels que les virus de l’herpès, qui présentent une variabilité génétique comparable à celle des virus à ARN. Pourtant, le virus monkeypox n’a pas le taux de mutation élevé nécessaire pour une variabilité génétique accrue.
Du point de vue de la santé humaine, la faible variabilité génétique du virus monkeypox présente un avantage car elle limite la propagation de la maladie. Les auteurs ont averti que malgré des taux d’évolution plus faibles que d’autres virus tels que le SRAS-CoV-2, la lignée B.1 du virus monkeypox évolue plus rapidement que les autres lignées, et la surveillance génomique des grappes de monkeypox est essentielle pour contrôler la maladie.
conclusion
Pour résumer, l’étude a utilisé des séquences publiées du génome entier du virus de la variole du singe pour explorer la variation génétique et les modèles phylogénomiques au sein de la lignée Clade IIb B.1. Les résultats suggèrent une faible variabilité génétique et des taux d’évolution parmi le groupe épidémique de l’épidémie de 2022, ce qui pourrait être attribué à la lenteur de l’évolution des virus à ADN.
Cependant, les auteurs pensent que la virulence et la gravité réduites et la faible variation génétique n’impliquent pas une approche moins prudente de l’épidémie actuelle de monkeypox. La surveillance des variations génétiques au sein des grappes de virus monkeypox est impérative pour limiter la propagation de la maladie.
