Alors même que des vaccins continuent d’être déployés dans des pays du monde entier, dans le but de contenir la marche incessante du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2), de nouvelles variantes continuent d’émerger. Certains d’entre eux ont été nommés variantes préoccupantes (COV) car ils montrent des preuves d’être plus transmissibles (c’est-à-dire infectant un plus grand nombre de personnes par cas primaire infecté) ou d’une plus grande résistance à la neutralisation par des anticorps préexistants induits par une infection naturelle. ou par vaccination.
Une nouvelle étude, publiée sous forme de prépublication sur le medRxiv* serveur, rapporte que la variante B.1.617.2 est peut-être plus transmissible que les variantes antérieures, sur la base de la découverte que les intervalles en série n’étaient pas prolongés avec cette souche.
Sommaire
La montée en puissance de B.1.617.2
Les chercheurs ont examiné une série de cas à Singapour, tous causés par la variante relativement nouvelle B.1.617.2 qui a été observée dans plusieurs endroits dans le monde. L’augmentation rapide de la proportion de nouveaux cas causés par cette souche peut être due au raccourcissement des intervalles de génération, c’est-à-dire au délai entre une infection et une infection secondaire.
Alternativement, la propagation rapide pourrait être due à une transmissibilité plus élevée, reflétée par un nombre de reproduction efficace (ou nombre R) plus élevé. Les deux peuvent être en fonctionnement simultané.
L’étude actuelle impliquait des cas appariés primaire-secondaire pour déterminer l’intervalle en série – la période allant du début du cas primaire au début du cas secondaire. Cette analyse est importante pour distinguer les raisons de la propagation rapide d’une nouvelle variante.
À Singapour, le séquençage génomique est effectué sur tous les échantillons des voies respiratoires des patients atteints de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) qui ont été testés positifs pour le virus par amplification en chaîne par polymérase (PCR) avec un seuil de cycle de 30 ou moins. Ce processus a conduit à la première identification du variant B.1.617.2 dans ce pays fin avril 2021.
Même si l’utilisation stricte du masque et la distanciation sociale continuaient d’être mises en œuvre dans le pays, la nouvelle souche a continué à apparaître dans des grappes d’infection, dont certaines ont explosé rapidement en très peu de temps.
Mise en place des cas et des contrôles
Pour mesurer les intervalles en série, l’étude actuelle s’est concentrée sur l’intervalle en série, qui est un substitut utile à l’intervalle de génération, dans 32 paires de cas primaire-secondaire du même ménage. Tous ces cas ont été examinés pour s’assurer qu’ils étaient 1) infectés par la variante B.1.617.2 (28/32 paires), ou 2) ont été détectés dans l’intervalle entre le 27 avril et le 22 mai 2021, et n’étaient pas encore séquencé ou n’a pas pu être séquencé.
Cette période a été choisie car 97 % des échantillons séquencés pendant cette période dans cette région étaient infectés par le variant B.1.617.2. Pour obtenir des estimations précises, toutes les infections secondaires qui avaient été exposées à plusieurs cas primaires au sein du ménage ont été exclues. Il en était de même pour les cas secondaires en dehors du même ménage et les cas secondaires au sein du même ménage s’ils avaient des dates de début différentes.
Ceux-ci ont été appariés avec 63 paires de ménages primaire-secondaire à Singapour qui se sont produits avant le verrouillage partiel. Tous les cas primaires avaient des intervalles de début d’isolement similaires à ceux des cas primaires de la cohorte de test, c’est-à-dire une médiane de trois jours.
Intervalle de série des paires de transmission domestique. (a) cas B.1.617.2 (vert) ou cas identifiés entre le 27 avril et le 22 mai 2021 et dont les échantillons n’avaient pas encore été séquencés (vert clair), (b) fonction de densité de probabilité de l’intervalle de série des cas identifiés avant le verrouillage partiel du 7 avril 2020, (c) fonction de densité cumulée (b). La majorité des cas primaires avaient une ou des expositions connues en dehors du foyer et les cas secondaires n’ont pas la même exposition que le cas primaire, ce qui nous permet d’identifier la direction de l’infection. Des intervalles en série négatifs, ce qui signifie une transmission pré-symptomatique, sont également inclus dans l’analyse.
Les intervalles de série pour ces paires ont été calculés et l’intervalle de série moyen a été estimé en répétant le processus mille fois. Cela leur a permis d’arriver à une gamme d’intervalles en série pour les variantes précédentes, mais avec le même intervalle de début d’isolement que la nouvelle variante.
Constatations et implications
Les scientifiques ont découvert que le mode de l’intervalle en série était de 2,8 jours pour les cas pré-confinement, mais de 2 jours pour la cohorte de test. Cela suggère que l’intervalle en série n’a pas changé de manière significative avec la nouvelle variante.
Cela confirme l’hypothèse selon laquelle la croissance rapide récente est potentiellement due à une augmentation du nombre moyen de cas secondaires générés par un cas infecté par le variant B.1.617.2., écrit l’équipe.
Ce type d’étude est essentiel pour comprendre les facteurs qui sous-tendent l’essor rapide de la variante B.1.617.2. En l’absence de toute preuve de virulence réduite dans le cas de cette souche, mais avec une valeur R plus élevée, il semble que des tests rigoureux, la recherche des contacts et l’isolement continueront à jouer un rôle central pour contenir la propagation du virus dans le proche futur.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ou traités comme des informations établies.
