Les matins de Carol Wilusz commencent maintenant souvent à 4 heures du matin, analysant le contenu des excréments des étudiants de premier cycle. Plus précisément, analyser les données sur la quantité de coronavirus qu'ils ont déversée dans l'ombre, destinée à être extraite de 17 trous d'homme connectés à des dortoirs sur le campus de Fort Collins de l'Université d'État du Colorado.
« Il y a un nombre assez important de blagues de merde », a déclaré Wilusz, un biologiste moléculaire de la CSU.
Des recherches émergentes suggèrent que les personnes infectées commencent à répandre le coronavirus dans leur caca au début de leur infection, et peut-être quelques jours avant de commencer à l'excréter de leur bouche et de leur nez. «Cela signifie que nous pouvons les attraper avant qu'ils ne propagent réellement l'infection», dit-elle.
En temps normal, Wilusz étudie les cellules souches et la dystrophie musculaire. Maintenant, son équipe est aux premières lignes de la défense contre les épidémies massives de COVID-19 qui, pour un campus comptant à lui seul plus de 23000 étudiants de premier cycle, semblent toujours se cacher au coin de la rue. L'examen des eaux usées fait partie d'une attaque à plusieurs volets qui comprend l'arme habituelle de la recherche des contacts ainsi qu'une forme spécialisée de «mise en commun par paires» de tests d'échantillons de salive. Jusqu'à présent, l'école a eu environ 500 cas depuis le début du semestre, environ la moitié de celle de la seule université un peu plus grande du Colorado-Boulder.
Au milieu des recommandations scientifiques fluctuantes et d'un virus qui contient toujours des incertitudes, les collèges du pays adoptent une approche de choisir votre propre aventure face au COVID-19. Pour ceux qui organisent des cours en personne, l'aventure comprend un casse-tête supplémentaire: comment concentrer beaucoup de gens en un seul endroit sans qu'une épidémie déchire le corps étudiant et se répande dans la communauté, le tout sans précautions de sécurité qui feraient sauter la banque. Les tests sont au cœur de ces plans.
« Beaucoup de ces établissements ont commencé à tester uniquement des étudiants symptomatiques. Et ce n'est vraiment pas bon, pour dire les choses franchement, car comme nous l'avons vu au cours des deux derniers mois, les étudiants ont tendance à être asymptomatiques », a déclaré Chris Marsicano, un assistant. professeur au Davidson College en Caroline du Nord qui dirige une initiative de suivi de la réaction des universités face à la pandémie. « Les établissements qui ont le plus réussi sont ceux qui testent chaque étudiant au moins une fois par semaine. »
Selon les données recueillies à la mi-septembre, seulement environ 6% des grandes universités proposant des cours en personne testent régulièrement tous les étudiants, selon une analyse NPR des données de son groupe. L'Université de l'Illinois à Urbana-Champaign mène le peloton, testant environ 10 000 étudiants chaque jour en utilisant une méthode simplifiée de test de la broche. Mais c'est cher. Malgré la réduction du coût d'un test individuel à environ 10 $, Paul Hergenrother, un chimiste à la tête de l'effort, a déclaré que l'école dépensait toujours environ 1 million de dollars par semaine.
À l'Université d'État du Colorado, Lori Lynn, coprésidente de l'équipe d'intervention en cas de pandémie de l'école, a déclaré qu'au départ, l'école payait 93 $ par pop pour tester les étudiants en utilisant la méthode habituelle de prélèvement nasal.
«Nous avons rapidement dépensé plusieurs millions de dollars en tests», a déclaré Lynn, qui a ajouté que le coût n'est qu'un facteur limitant. « Nous ne pouvons pas tester tout le monde dans la communauté, vous savez, chaque semaine ou deux fois par semaine. »
Au lieu de cela, Mark Zabel, un biologiste moléculaire et immunologiste de la CSU qui étudie généralement les maladies neurodégénératives, a déclaré que son groupe avait récemment découvert comment dépister la salive pour moins de 20 dollars par personne. Il s'agit de mettre en commun des échantillons de bave d'une manière stratégique qui rappelle le jeu pour enfants Battleship.
Traditionnellement, la mise en commun consiste à mélanger des échantillons de plusieurs personnes et à les tester tous en une seule fois, pour économiser du temps et du matériel. Si le pool revient négatif pour le virus, tout le monde dans le pool peut être considéré comme négatif. S'il est positif, les échantillons de chaque personne de ce pool doivent être retestés. S'il y a des taux élevés d'infection, cela signifie beaucoup de nouveaux tests.
Au lieu de regrouper des échantillons bon gré mal gré, Zabel et ses collègues font quelque chose qu'il appelle la mise en commun par paires: ils commencent avec une grille de huit par huit de salive provenant de 64 personnes, disposées presque comme un plateau de cuirassé. L'échantillon de broche de chaque personne est divisé et analysé en deux pools, un pool pour la ligne dans laquelle il se trouve et un pour la colonne dans laquelle il se trouve, pour un total de 16 pools par grille.
Si le test contenant les échantillons de la ligne A et le test contenant les échantillons de la colonne 1 semblent positifs, cela indiquerait que la personne dont la broche se trouve dans la case A-1 est un cas positif.
« Donc, c'est super facile si nous avons un positif parmi 64 », a déclaré Zabel. Dans ce cas, ils ont dépisté 64 personnes avec seulement 16 tests. Aucun nouveau test nécessaire.
Un nouveau test limité n'est nécessaire que si au moins quatre pools sont positifs.
Ils utilisent également un type de test PCR différent de celui habituel, dans le but d'éviter de se faire concurrence pour des réactifs limités, dont les pénuries ont entravé les laboratoires à l'échelle nationale.
Zabel a déclaré qu'il fallait entre huit et 24 heures pour obtenir des résultats. Cependant, certains inconvénients existent. Si un nouveau test est nécessaire, le délai d'exécution total peut atteindre trois jours. Et si l'épidémie devait se développer au-delà d'un certain point, dans lequel au moins 5% des personnes testées sont positives, le processus deviendrait plus fastidieux car elles devraient ajouter plus de couches de tests.
C'est un objectif changeant et l'université réévalue continuellement sa stratégie de test, mais Zabel s'attend à ce que son laboratoire puisse tester jusqu'à 3000 personnes par jour, ce qui permettrait de tester l'ensemble du corps étudiant toutes les deux semaines.
Selon d'autres chercheurs, cela pourrait ne pas suffire.
Daniel Larremore et d'autres personnes écrivant dans le New England Journal of Medicine ont déclaré qu'il était temps d'abandonner toute approche reposant sur des tests très précis, et d'adopter à la place des tests d'antigènes, qui sont bon marché et rapides – bien que moins précis – et peuvent être administrés fréquemment.
« Vous avez la science des tests, qui dit que si vous testez tout le monde deux fois par semaine, vous ne devriez avoir pratiquement aucun cas », a déclaré Larremore, biologiste informatique à l'Université du Colorado-Boulder, faisant référence aux études de modélisation de son laboratoire et autres.
Mais alors, il y a la réalité. Et aucun système de test ne résoudra à lui seul le problème, a déclaré Larremore, « parce qu'il y a des humains impliqués ».
Wilusz, le professeur CSU, sait à quel point c'est difficile. Souvent, les gens continuent à répandre le virus dans leurs excréments longtemps après leur guérison, donc au cours du semestre, de plus en plus de dortoirs ont commencé à produire des eaux usées séropositives.
«Et puis il y a aussi, nous ne pouvons pas empêcher les étudiants de faire caca dans le mauvais dortoir. Donc, on pourrait faire caca dans ce dortoir un jour, puis à côté l'autre jour», dit-elle, rendant difficile de savoir avec quel dortoir filtrer tests de salive.
En outre, seuls environ 5 000 des 28 000 étudiants inscrits à l'école vivent dans des dortoirs, bien que Wilusz ait déclaré que ces quartiers proches créent un risque élevé de propagation de la maladie parce que «ce sont essentiellement des maisons de retraite pour les jeunes».
Elle se demande combien de temps les élèves resteront en jeu pour cracher dans des tubes avant de s'ennuyer. Les chercheurs de l'Université de l'État du Michigan qui expérimentent la mise en commun et la salive ont pris l'habitude de vérifier que les étudiants ont soumis des crachats au lieu de quelque chose d'autre. (Le tabac à chiquer et quelque chose de la couleur du bleu Gatorade ont souillé jusqu'à présent quelques échantillons de CSU.)
Mais l'approche changeante et multiforme semble aider l'État du Colorado. En septembre, Wilusz a remarqué une augmentation inquiétante de la quantité de virus dans les eaux usées reliées à deux dortoirs qui abritaient collectivement environ 900 étudiants. L'université a fermé les dortoirs et a testé tout le monde à l'intérieur, révélant neuf cas positifs qui n'avaient pas été trouvés en utilisant d'autres méthodes.
Maintenant, avec le dépistage des crachats groupés, Zabel a déclaré que l'équipe avait été en mesure d'identifier les éléments positifs sans verrouiller des dortoirs entiers, et pouvait ensuite utiliser des niveaux de diminution dans les eaux usées pour confirmer qu'aucune infection n'a glissé entre les mailles du filet.
Le but est de se rendre à Thanksgiving, lorsque les élèves rentrent chez eux. Mais vient ensuite 2021. « Nous verrons si nous pouvons garder le contrôle », a déclaré Zabel, frappant à son bureau pour avoir de la chance.
|
|
