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Transformer la bile rejetée en source d’informations génomiques
Distinguer les sténoses biliaires malignes des sténoses biliaires bénignes reste un défi clinique majeur. La cytologie et la biopsie guidées par cholangiopancréatographie rétrograde endoscopique (CPRE) peuvent ne pas être concluantes, en particulier à un stade précoce de la maladie ou lorsque les tissus sont rares. L’antigène glucidique sérique 19-9 (CA19-9) a également une spécificité limitée car la cholestase et l’inflammation peuvent augmenter considérablement sa concentration.
Une étude publiée dans eGastro-entérologie suggère que la bile collectée au cours de la CPRE de routine pourrait constituer une source supplémentaire d’informations génomiques dérivées de la tumeur. Rojo et ses collègues ont évalué le séquençage ultra-bas du génome entier (ULP-WGS) de l’ADN sans cellules biliaires comme une approche potentiellement évolutive et rentable pour la détection des tumeurs malignes, la classification de l’origine des tumeurs et la stratification pronostique.
Analyse prospective de 95 sténoses biliaires
L’étude a inclus 95 patients subissant leur première CPRE pour une sténose biliaire suspecte radiologiquement de malignité. L’évaluation pathologique initiale a classé 26 sténoses comme malignes et 69 comme indéterminées. Après 12 mois de suivi, 45 cas initialement indéterminés ont été confirmés comme malins et 24 comme bénins. La dernière cohorte maligne comprenait 40 cholangiocarcinomes (CCA) et 31 adénocarcinomes canalaires pancréatiques (PDAC).
En utilisant seulement 2 ng d’ADN sans cellules biliaires, les chercheurs ont réalisé l’ULP-WGS avec une couverture génomique d’environ 0,2 ×. Le pipeline open source ichorCNA a été utilisé pour identifier les altérations du nombre de copies (CNA) à grande échelle et estimer la fraction tumorale (TF), avec TF ≥ 10 % indiquant un ADN tumoral circulant détectable.
Haute spécificité et détection plus précoce
Parmi les patients avec un diagnostic pathologique initial de malignité, l’ULP-WGS biliaire a détecté l’ADN tumoral dans 73 % des cas, dont 82 % des CCA et 56 % des PDAC.
Dans le groupe le plus cliniquement difficile de sténoses initialement indéterminées qui ont ensuite été confirmées comme malignes, la sensibilité était de 51 %. Il est important de noter que 23 des 24 cas finalement bénins ont été testés négatifs, ce qui correspond à une spécificité de 96 %. En comparaison, le CA19-9 au seuil prédéfini de 44 U/mL n’a atteint qu’une spécificité de 53 % dans les cas bénins évaluables.
Chez les 23 patients positifs à l’ULP-WGS dont la malignité n’avait pas été établie lors de la première CPRE, l’ADN tumoral a été détecté en moyenne 38 jours avant le diagnostic conventionnel. Chez sept patients, le signal génomique a précédé le diagnostic de plus de 100 jours, l’intervalle le plus long atteignant 499 jours.
Le séquençage ciblé de la bile à l’aide du test Bilemut de 52 gènes des enquêteurs est resté plus sensible, détectant des mutations dans 94,7 % des sténoses malignes évaluables. L’ULP-WGS, cependant, nécessitait moins d’ADN et fournissait des informations sur l’ADNC à l’échelle du génome que l’analyse de mutation ciblée ne pouvait pas capturer.
Identifier l’origine probable de la tumeur
Les profils CNA reproduisaient les altérations génomiques décrites précédemment dans le tissu tumoral pancréatobiliaire, notamment des pertes récurrentes de 9p, 17p et 18q et des gains de 7p, 7q, 8q et 19q.
Un classificateur CNA supervisé de 50 régions a distingué le CCA du PDAC avec une précision de 86,4 % dans la cohorte de référence et de 85,0 % dans une cohorte de validation distincte. La perte de 1p était enrichie en PDAC, alors que la perte de 9p se produisait plus fréquemment en CCA. Ces résultats suggèrent que le modèle CNA intégré, plutôt qu’une seule altération, pourrait coder des informations sur le tissu d’origine.
L’intégration génomique peut améliorer la stratification des risques
Ni le TF ni la charge mutationnelle tumorale ciblée (TMB) seuls n’ont stratifié de manière significative la survie globale. Cependant, les patients qui étaient à la fois positifs au TF et présentaient des mutations dans au moins trois gènes avaient une survie globale médiane de 5,1 mois, contre 13,7 mois parmi les patients restants.
Après ajustement pour la prise en charge initiale, le CA19-9 et l’antigène carcinoembryonnaire, ce profil génomique combiné est resté associé de manière indépendante à une survie plus faible (rapport de risque ajusté 2,51, IC à 95 % 1,22-5,14).
Rôle clinique potentiel
L’ULP-WGS biliaire n’est pas suffisamment sensible pour exclure une malignité lorsque le résultat est négatif et ne doit pas remplacer l’histopathologie. Son rôle le plus prometteur pourrait être celui de test complémentaire après une première CPRE non concluante. Un résultat positif pourrait justifier un prélèvement accéléré, une cholangioscopie, une biopsie endoscopique échoguidée ou une surveillance multidisciplinaire plus étroite.
On estime que la réduction de la profondeur de séquençage de 30 à 50 × WGS conventionnels à 0,2 × réduirait les coûts de séquençage d’environ 130 à 215 fois. Néanmoins, la cohorte monocentrique était modeste, le groupe bénin était petit et le classificateur CCA – PDAC nécessite une validation externe. Des études multicentriques prospectives doivent déterminer si cette stratégie peut réduire les procédures répétées, raccourcir les délais de diagnostic et, à terme, améliorer les résultats pour les patients.
