Selon une équipe de recherche dirigée par l’Université de l’Alberta qui a utilisé le séquençage du génome pour donner à ces créatures particulières leur propre maison de classification, environ 600 champignons apparemment disparates qui n’ont jamais trouvé leur place dans l’arbre généalogique des champignons ont un ancêtre commun.
« Ils n’ont aucune caractéristique particulière que vous pouvez voir à l’œil nu où vous pouvez dire qu’ils appartiennent au même groupe. Mais quand vous allez au génome, tout à coup cela émerge », explique Toby Spribille, chercheur principal sur le projet. et professeur agrégé au Département des sciences biologiques.
« J’aime penser à ceux-ci comme à l’ornithorynque et à l’échidné du monde fongique. »
Spribille, titulaire de la chaire de recherche du Canada en symbiose, fait référence aux célèbres monotrèmes australiens défiant le système de classification linnéen – ; qui produisent du lait et ont des mamelons, mais pondent des œufs – ; qui ont été la source d’un débat quant à savoir s’ils étaient même réels.
« Bien que personne ne pensait que nos champignons étaient faux, c’est similaire parce qu’ils ont tous l’air totalement différents. »
En utilisant des techniques de datation basées sur l’ADN, l’équipe a découvert que cette nouvelle classe de champignons, appelée Lichinomycètesdescendant d’une même origine il y a 300 millions d’années, soit 240 millions d’années avant l’extinction des dinosaures.
David Díaz-Escandón, qui a effectué la recherche dans le cadre de sa thèse de doctorat, explique que ces champignons « excentriques » étaient auparavant dispersés dans sept classes différentes – ; un groupement de haut niveau qui chez les animaux serait équivalent aux groupes appelés mammifères ou reptiles.
Travaillant avec une équipe de chercheurs de sept pays pour obtenir du matériel à partir des champignons, il a séquencé 30 génomes et a découvert que toutes les classes sauf une descendaient d’une seule origine.
« Ils ont été classés, mais ils ont été classés dans des parties si différentes du côté fongique de l’arbre de vie que les gens n’ont jamais soupçonné qu’ils étaient liés les uns aux autres », explique Díaz-Escandón.
Ces champignons comprennent des formes aussi variées que des langues de terre – ; d’étranges champignons en forme de langue qui jaillissent verticalement du sol ; des microbes intestinaux de coléoptères et un champignon trouvé dans la sève des arbres dans le nord de l’Alberta. Ils comprennent également des lichens inhabituels qui survivent dans des habitats extrêmes tels que le désert d’Atacama en Amérique du Sud, le désert non polaire le plus sec du monde.
« Ce qui est vraiment fascinant, c’est que malgré l’apparence si différente de ces champignons, ils ont beaucoup en commun au niveau de leurs génomes », explique Spribille. « Personne n’a vu cela venir. »
Sur la base de leurs génomes, qui sont petits par rapport à ceux d’autres champignons, l’équipe prédit que ce groupe de champignons dépend d’autres organismes pour la vie.
« Leurs petits génomes signifient que cette classe de champignons a perdu une grande partie de sa capacité à intégrer certains glucides complexes », a déclaré Spribille. « Lorsque nous revenons sur chacun de ces champignons, nous voyons soudain qu’ils sont tous dans une sorte de symbiose. »
Il note que la nouvelle recherche sera importante pour l’étude plus large de l’évolution fongique, en particulier comment les champignons héritent d’importantes caractéristiques biotechnologiques telles que les enzymes qui décomposent la matière végétale.
Le nouveau groupe pourrait également être une source de nouvelles informations sur les extinctions fongiques passées.
« Nous pensons qu’il est probable que la diversité que nous voyons aujourd’hui n’est que la pointe de l’iceberg qui a survécu. Et nous n’avons pas beaucoup d’exemples de ce genre de choses chez les champignons. »
