Le SRAS-CoV-2 était à New York un bon mois avant son identification initiale, selon des chercheurs

Des chercheurs de la Icahn School of Medicine du Mount Sinai à New York ont ​​fourni des preuves suggérant que le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2) – l’agent responsable de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) – infectait des personnes à New York City (NYC) au moins un mois avant que le premier cas ne soit officiellement documenté dans la ville.

L’étude de surveillance moléculaire de l’équipe, qui comprenait des échantillons de plus de 3000 patients, a détecté l’ARN du SRAS-CoV-2 dans des échantillons prélevés au cours de la semaine se terminant 25^e Janvier.

Les échantillons étaient des spécimens négatifs aux agents pathogènes respiratoires (RPN) prélevés sur des patients évalués pour une maladie pseudo-grippale et des symptômes respiratoires au cours des dix premières semaines de 2020.

Emilia Sordillo et ses collègues affirment que les résultats indiquent que des infections par le SRAS-CoV-2 étaient présentes chez un petit nombre de personnes recherchant des soins au Mount Sinai Health System (MSHS) plusieurs semaines avant la flambée de cas qui a inondé le système de santé de New York..

Les chercheurs conseillent que le dépistage systématique des personnes atteintes de maladies respiratoires inexpliquées pour la présence de virus émergents doit devenir un élément essentiel des approches visant à empêcher les infections locales de devenir des épidémies incontrôlables.

Une version pré-imprimée du document de recherche est disponible sur le medRxiv* serveur, tandis que l’article est soumis à un examen par les pairs.

NYC est rapidement apparu comme l’un des premiers épicentre du COVID-19

Suite à l’identification initiale du SRAS-CoV-2 à Wuhan, en Chine, en décembre 2019, le virus s’est propagé à d’autres pays d’Asie, en Europe et en Amérique du Nord, en quelques semaines.

Aux États-Unis, la première infection identifiée le 20^e Janvier 2020 a été suivi de cas sporadiques d’infection dans tout le pays.

Après le premier diagnostic de SRAS-CoV-2 à New York le 29^e En février, la ville est rapidement devenue l’un des premiers épicentre du COVID-19.

«Cependant, avant la mi-mars 2020, la détection des cas de COVID-19 était limitée par la disponibilité limitée des tests de diagnostic et le chevauchement de la présentation des symptômes avec d’autres maladies respiratoires et virales», écrit Sordillo et ses collègues. «Ainsi, les preuves moléculaires directes du SRAS-CoV-2 à New York avant le premier cas signalé font défaut.»

Qu’ont fait les chercheurs?

Pour délimiter systématiquement l’émergence du SRAS-CoV-2 à New York, les chercheurs ont appliqué une stratégie de regroupement d’échantillons pour cribler des échantillons de RPN nasopharyngés provenant de 3040 personnes qui présentaient des symptômes respiratoires ou une maladie de type grippal au MSHS au cours des dix premières semaines de 2020.

Cela a donné 304 pools de RPN qui ont ensuite été criblés pour l’ARN du SRAS-CoV-2 en utilisant des tests d’amplification d’acide nucléique (NAAT).

Ce test a testé la présence du gène ORF1ab spécifique du SARS-CoV-2 (cible 1) et du gène de l’enveloppe du pan-Sarbecovirus (E) (cible 2).

Les résultats ont été classés comme positifs pour l’ARN du SRAS-CoV-2 si la cible 1 ou les deux cibles étaient détectées, «présomptives positives» si seule la cible 2 était détectée et négatifs si aucune des deux cibles n’était détectée.

Détection des acides nucléiques du SRAS-CoV-2 dans les échantillons nasopharyngés collectés au cours des dix premières semaines de 2020. (A) Représentation schématique de la conception de l’étude. Les échantillons sur écouvillon nasopharyngés qui se sont révélés négatifs pour les agents pathogènes respiratoires (RPN) ont été regroupés. Chaque pool était composé de 10 échantillons de la même semaine provenant de l’un des cinq sites hospitaliers. Des tests d’amplification d’acide nucléique (TAAN) ont été effectués et l’ARN a été traité pour l’assemblage du génome du SRAS-CoV-2. (B) Certains événements et réponses à l’évolution de la pandémie de SRAS-CoV-2 sont annotés sur la période couverte par l’enquête. Les cas confirmés à New York au cours des deux dernières semaines sont notés. Les décomptes absolus des pools testés positifs, présumés positifs et négatifs par RT-PCR sont représentés par semaine de collecte. (C) Distribution des pools positifs (solides) et présumés positifs (hachurés) dans les cinq sites hospitaliers différents à New York.

Qu’a trouvé l’étude?

Sur les 304 pools RPN qui ont été criblés, neuf (3%) ont été testés positifs pour l’ARN du SRAS-CoV-2, huit (2,6%) ont été testés positifs et 287 (94,4%) ont été testés négatifs.

Cinq des pools présumés positifs comprenaient des échantillons prélevés au cours des semaines se terminant 18^e 25 janvier^e Janvier et 1^st Février.

Aucun des pools de RPN comprenant des échantillons prélevés au cours des trois semaines suivantes n’a donné d’ARN détectable du SRAS-CoV-2.

L’ARN viral a été détecté dans 5,4% des pools de RPN comprenant des échantillons prélevés dans la semaine se terminant 29^e Février et dans 33,3% des pools contenant des échantillons prélevés au cours de la semaine se terminant le 7^e Mars.

Pour valider les résultats du TAAN, l’équipe a effectué le séquençage du génome de l’ARN viral extrait de tous les pools RPN positifs et présumés positifs.

Trois pools contenant des échantillons prélevés au cours des semaines se terminant le 25^e Janvier et 1^st Février a donné des lectures de SARS-CoV-2 dispersées dans tout le génome viral, confirmant ainsi la présence de l’ARN du SRAS-CoV-2.

Quelles sont les implications de l’étude?

«Pris ensemble, nous fournissons des preuves claires que les infections par le SRAS-CoV-2 étaient présentes à New York au moins 6 à 8 semaines avant la flambée de cas qui a inondé le système de santé de New York», écrit Sordillo et ses collègues.

L’équipe affirme que le nombre élevé de pools de RPN positifs pour le SRAS-CoV-2 au cours de la première semaine de mars explique l’augmentation exponentielle «soudaine» du nombre de cas graves de COVID-19 admis dans les hôpitaux MSHS à partir de la mi-mars 2020.

«Une surveillance systématique et impartiale des échantillons cliniques obtenus d’individus présentant des présentations cliniques inexpliquées ou inhabituelles de maladie respiratoire pour la présence d’agents pathogènes viraux émergents doit être un élément clé de tout futur programme sentinelle d’alerte précoce», déclarent les chercheurs.

«Ces mesures systématiques devront devenir des éléments essentiels de notre nouvelle normalité afin d’empêcher les infections et les transmissions locales de se transformer en épidémies incontrôlées», concluent-ils.

*Avis important

medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas examinés par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique / les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.