Dans un récent rapport de cas publié dans la revue Maladies infectieuses émergentes, des chercheurs ont décrit une maladie neurologique causée par le paramyxovirus aviaire du pigeon de type 1 (PPMV-1) qui a entraîné la mort d’un enfant immunodéprimé en Australie. Ils ont découvert que les tests métagénomiques sans hypothèse étaient un outil utile pour diagnostiquer des étiologies indéfinies, comme dans ce cas.
Recherche : Infection neurologique humaine mortelle causée par le paramyxovirus aviaire pigeon-1, Australie. Crédit d’image : THANAN KONGDOUNG/Shutterstock
Sommaire
Arrière-plan
Le paramyxovirus aviaire de type 1 (APMV-1) est un virus à ARN simple brin connu pour provoquer la maladie de Newcastle, une maladie infectieuse avec des manifestations neurologiques, digestives et respiratoires chez les oiseaux. Chez l’homme, cette maladie zoonotique se manifeste généralement par une légère conjonctivite et est rarement mortelle. Dans le cas présent, les chercheurs ont signalé une maladie neurologique causée par une variante pigeonnelle de l’APMV-1 (PPMV-1), propagée principalement par des pigeons et des tourterelles, qui a entraîné la mort d’un patient pédiatrique immunodéprimé.
L’affaire
Une fillette de 2 ans ayant des antécédents de leucémie lymphoblastique aiguë (LAL) pré-B, traitée par blinatumomab il y a six mois, a présenté des nausées et des vomissements suite à des symptômes des voies respiratoires supérieures pendant trois semaines. Elle avait subi la deuxième série de chimiothérapie de réinduction avec de la 6-mercaptopurine, de la cytarabine et du cyclophosphamide il y a six semaines. Il n’y avait aucun antécédent d’exposition à la maladie, aux animaux domestiques ou aux voyages. Au fur et à mesure que son état progressait au cours des quatre jours suivants, elle a développé le syndrome d’épilepsie lié à une infection fébrile (FIRES).
L’image initiale par résonance magnétique (IRM) du cerveau était sans particularité. Les tests de recherche d’encéphalite auto-immune se sont révélés négatifs. Une inflammation significative a été observée dans le système nerveux central (SNC), comme l’indiquent les taux élevés de neurotropine (1 752 nmol/L) dans le liquide céphalo-rachidien. Les résultats du séquençage de l’exome ne suggèrent aucune anomalie génétique. Aucun agent pathogène bactérien, fongique, viral ou mycobactérien n’a été trouvé lors des tests de culture et de réaction en chaîne par polymérase (PCR).
Imagerie par résonance magnétique du cerveau d’un enfant immunodéprimé infecté par le paramyxovirus aviaire de type 1, Australie. L’image, prise 16 jours après l’admission à l’hôpital, montre une hyperintensité du signal T2 frontal et insulaire principalement gauche évoluant vers une nécrose laminaire (flèche blanche) et une hyperintensité des structures profondes de matière grise (flèches rouges).
Une biopsie cérébrale suivie d’une coloration à l’hématoxyline et à l’éosine des échantillons, réalisée 20 jours après l’admission, a révélé une nécrose corticale étendue avec une épargne sous-piale limitée. Des macrophages mousseux et des lymphocytes T CD3-positifs dispersés ont remplacé le cortex, accompagnés de gliose. Les inclusions virales, les nodules microgliaux ou les effets cytopathiques viraux se sont révélés absents. L’immunocoloration NeuN a indiqué de rares petits neurones restants. Il est important de noter qu’aucun agent pathogène viral n’a été détecté dans le LCR, le plasma ou les tissus cérébraux, excluant divers virus, notamment le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2). Des résultats négatifs ont été obtenus pour les cultures bactériennes et fongiques, la PCR pan-mycobactérienne et la PCR de l’acide ribonucléique (ARN) ribosomal 16S.
L’état du patient ne s’est pas amélioré malgré un traitement avec des immunomodulateurs, des antimicrobiens, des anticonvulsivants et un régime cétogène. Une IRM réalisée après deux semaines a montré des altérations inflammatoires évolutives et diffuses, caractérisées par une hyperintensité croissante des signaux T2 frontaux et insulaires gauches, évoluant vers une nécrose laminaire. De plus, une hyperintensité T2 a été observée dans les structures profondes de matière grise.
Le traitement a été interrompu et le patient est décédé après 27 jours d’hospitalisation. Bien qu’aucune autopsie n’ait été réalisée, des tests métagénomiques agnostiques complets et un séquençage méta-transcriptomique impartial ont été effectués en parallèle sur le tissu cérébral biopsié. Les résultats ont révélé la présence dominante d’une souche virulente d’APMV-1 et de faibles niveaux de pégivirus humain (HPgV) sous forme de séquences non humaines. L’analyse phylogénétique a suggéré que le virus provenait d’une lignée australienne putative de PPMV-1, appartenant à la classe II, génotype VI, sous-lignée 2.1.1.2.2.
La PCR quantitative spécifique au virus et l’immunohistochimie ont été utilisées pour confirmer l’infection par l’APMV-1 dans l’échantillon de tissu. Des cellules regroupées en nucléoprotéines et des neurones pyramidaux ont été observés dans l’échantillon de tissu, et aucune coloration n’a été identifiée dans les contrôles négatifs (cerveau juvénile et tissu lymphoïde).
Discussion
Des études antérieures ont mis en évidence la virulence du PPMV-1 et son potentiel de maladie grave par rapport aux autres génotypes d’APMV-1. Comme le HPgV n’est jusqu’à présent pas associé à une maladie humaine et qu’aucune autre co-infection n’a été trouvée, le décès du patient a été attribué à une encéphalite due à une infection du SNC par le PPMV-1. Compte tenu des symptômes respiratoires observés chez l’enfant, il semble que l’infection ait commencé dans les voies respiratoires supérieures suite à une exposition accidentelle à des excréments ou à des liquides de pigeons infectés.
Il s’agit du premier rapport marquant une association entre FIRES et les virus aviaires. Comme l’AMPV-1 a déjà été utilisé comme agent oncolytique, les chercheurs de la présente étude recommandent d’examiner attentivement la virulence de diverses souches de ce virus et les effets indésirables potentiels de l’utilisation du PPMV-1.
Conclusion
En résumé, ce cas met en évidence l’interaction complexe entre un traitement antérieur contre la leucémie, les déclencheurs infectieux et les complications neurologiques chez les patients pédiatriques. Il démontre l’importance de l’utilisation de la métagénomique pour identifier de nouveaux agents pathogènes, diagnostiquer des cas cliniques complexes et simplifier le flux de travail global. Cependant, l’intégration de la métagénomique dans les diagnostics de routine est limitée par son coût et le besoin de main-d’œuvre qualifiée. Des recherches et développements supplémentaires visant à relever ces défis pourraient contribuer à accroître l’accessibilité et le prix abordable de cette technique, améliorant ainsi les résultats pour la santé des patients atteints de maladies infectieuses émergentes.
