Dans une récente étude publiée sur bioRxiv* serveur de préimpression, les enquêteurs ont analysé l’échappement de neutralisation de la variante Omicron BA.2.75 du coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère 2 (SRAS-CoV-2).
Sommaire
Arrière plan
L’émergence de la variante SARS-CoV-2 Omicron d’ici la fin de 2021 a entraîné une augmentation extraordinaire des cas de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) dans le monde. Omicron a montré une évasion significative de l’immunité induite par l’infection et le vaccin. En outre, l’apparition récente de sous-variantes d’Omicron a déclenché davantage de vagues d’infection.
La sous-variante Omicron BA.1 a provoqué la première onde Omicron et a été rapidement remplacée par BA.2, qui a montré une transmissibilité et une résistance légèrement améliorées aux anticorps induits par BA.1. Par la suite, diverses sous-variantes de descendance ont évolué à partir de BA.2, comme la variante BA.2.12.1, qui est devenue plus tard prédominante dans le monde. Notamment, les variantes BA.5 et BA.4, qui possèdent des protéines de pointe (S) similaires et développées à partir de BA.2, dominent actuellement le monde.
Une autre sous-variante unique à tige BA.2, BA.2.75, a été découverte récemment. Par rapport à la variante ancêtre Omicron BA.2, la variante SARS-CoV-2 Omicron BA.2.75 nouvellement découverte affiche neuf mutations supplémentaires alarmantes dans sa protéine S. Ces mutations ont soulevé des inquiétudes concernant l’évasion immunitaire future, en particulier les mutations du domaine de liaison au récepteur (RBD).
À propos de l’étude
Dans la recherche actuelle, les scientifiques ont étudié l’échappement de l’anticorps neutralisant (nAb) de la variante Omicron BA.2.75 chez les individus vaccinés par l’acide ribonucléique messager COVID-19 (ARNm) et infectés par BA.1. Ils ont également analysé le fondement moléculaire des altérations fonctionnelles à travers la protéine BA.2.75 S.
L’équipe visait à évaluer la sensibilité de la variante BA.2.75 78 à l’immunité induite par le vaccin contre le SRAS-CoV-2 chez 15 travailleurs de la santé vaccinés ou boostés par l’ARNm du centre médical Wexner de l’Ohio State University. Les échantillons de sérum ont été prélevés trois à quatre semaines après la vaccination avec une deuxième dose de vaccin COVID-19 Pfizer/BioNTech BNT162b2 ou Moderna mRNA-1273 et une à 12 semaines après la vaccination avec un rappel homologue. Les sérums des patients ont été testés pour les titres de nAb envers les lentivirus pseudotypés avec S du SRAS-CoV-2 archaïque S contenant uniquement la mutation D614G et S de BA.2, BA.1, BA.4/5, BA.2.12.1 et BA .2.75.
Les chercheurs ont également examiné les réactions de nAb dans un groupe de 30 patients atteints du SRAS-CoV-2 en unité de soins non intensifs (USI) admis au centre médical Wexner de l’Ohio State University pendant la vague Omicron BA.1 de la pandémie de COVID-19. En outre, ils ont évalué les neuf mutations ponctuelles dans le fond BA.2 et les neuf mutations de réversion comparables dans le fond BA.2.75 pour comprendre les facteurs contribuant à la résistance à la neutralisation dans la souche BA.2.75. De plus, les auteurs ont examiné la fusogénicité, l’infectiosité et le traitement S du BA.2.75.
Résultats
Les résultats de l’étude ont démontré que la sous-variante Omicron BA.2.75 affiche une résistance à la neutralisation améliorée par rapport à la souche ancestrale BA.2 pour les travailleurs de la santé vaccinés à triple dose d’ARNm et les patients COVID-19 hospitalisés pendant la vague Omicron. Pourtant, il avait beaucoup moins de résistance à la neutralisation que BA.5/BA.4.
Fait important, les auteurs ont montré que les mutations N460K et G446S de la protéine BA.2.75 S étaient responsables de sa plus grande résistance à la neutralisation. En revanche, la mutation R493Q, une mutation de réversion, rend BA.2.75 plus sensible à la neutralisation. Ces observations pourraient indiquer des mutations compensatoires qui ont émergé pour améliorer la fonction S tout en préservant la résistance à la neutralisation.
Les évaluations structurelles impliquent que l’incorporation de la chaîne latérale par G446S établit une collision stérique avec les régions déterminant la complémentarité (CDR) des attrapes de classe 3, entravant ainsi potentiellement leur reconnaissance. Par conséquent, l’échange de ces mutations pourrait modifier la vulnérabilité de BA.2.75 aux nAb de classe 3 et de classe 2.
Les scientifiques ont décrit que BA.2.75 affiche une meilleure fusion cellulaire déclenchée par S par rapport à BA.2, bien qu’à un degré moindre que BA.4/5. Ils ont découvert que le phénotype de fusion augmentée dépend de la mutation N460K dans BA.2.75.
conclusion
Les résultats de l’étude ont montré que la variante SARS-CoV-2 Omicron BA.2.75 possède une résistance à la neutralisation supérieure à celle de la variante Omicron BA.2, alors qu’elle est inférieure à la variante BA.4/BA.5. Les mutations N460K et G446S de BA.2.75 étaient principalement responsables de leur résistance accrue aux attrapes.
L’équipe a découvert que la résistance à la neutralisation de BA.2.75 était diminuée par la mutation R493Q, représentant une réversion de séquence prototype. L’influence mutationnelle de ces mutations était constante avec leurs placements dans des épitopes fréquents de nAb.
De plus, par rapport à BA.2, la variante BA.2.75 présente une fusion cellule à cellule améliorée, probablement attribuable à la mutation N460K, qui stimule le traitement S. En outre, la modélisation structurelle a soutenu une voie d’utilisation des récepteurs régulée à la hausse et de génération de syncytia en identifiant une nouvelle interaction de récepteur introduite par N460K.
Dans l’ensemble, les données de l’étude ajoutent à la connaissance de l’évolution du SRAS-CoV-2 et aideront à lutter contre le défi permanent posé par les variantes du SRAS-CoV-2.
*Avis important
bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
