Le nombre mondial de décès résultant de la pandémie de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) est de 4,43 millions. Ainsi, la nécessité de maintenir une surveillance virale constante pour détecter les variantes nouvellement émergentes, peut-être plus pathogènes, du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) est primordiale.
Une nouvelle étude détaille les caractéristiques génomiques et la descendance d’une variante d’intérêt appelée B.1.621, qui montre de multiples substitutions d’acides aminés au sein de la protéine Spike tout en discutant de l’impact de ces variantes sur la santé publique.
Étude : Caractérisation de la variante émergente d’intérêt B.1.621 du SARS-CoV-2. Crédit d’image : Cristian Moga/Shutterstock
Sommaire
Fond
La diversification génétique du SARS-CoV-2 peut augmenter la transmissibilité du virus et lui permettre d’échapper à la neutralisation par les anticorps générés en réponse à une infection naturelle ou à la vaccination. Au cours de la première année de la pandémie, le modèle d’évolution moléculaire semblable à une horloge a été observé dans le SRAS-CoV-2.
A partir de septembre 2020, des substitutions ont commencé à être observées sur l’ensemble du génome du SARS-CoV-2. Les variantes émergentes préoccupantes et les variantes intéressantes (COV et VOI, respectivement) présentent des mutations dans la protéine de pointe. Cette glycoprotéine virale médie la fixation virale au récepteur de l’enzyme de conversion de l’angiotensine 2 (ACE2) de la cellule hôte. Ainsi, la protéine de pointe est la cible principale des anticorps neutralisants.
La lignée B.1.621
La présente étude publiée dans la revue Science rapporte sur le variant d’intérêt B.1.621 concernant son efficacité de neutralisation par les anticorps polyclonaux, sa transmissibilité et son affinité de liaison pour l’ACE2.
La lignée B.1 a fait surface en Colombie en mars-avril 2021, marquant un changement de lignée avec de multiples mutations accumulées. B.1.621, un membre de cette lignée, a l’insertion 146N, ainsi que plusieurs substitutions telles que I95I, 144T et Y145S, toutes au niveau du domaine N-terminal ; R346K, E484K, N501Y (tous les trois au domaine de liaison au récepteur, RBD); et P681H (ce dernier à l’interface S1/S2).
Qu’a montré l’étude ?
Alors qu’une surveillance de routine a été effectuée en Colombie pour les variantes émergentes, en janvier 2021, elle a été renforcée pour récupérer les COV importés. À la fin de la première semaine de mai, plus de 900 séquences avaient été téléchargées dans la base de données GISAID, dont les plus fréquentes étaient la lignée B.1, en circulation depuis que la pandémie s’est installée.
Le B.1.621 a montré une montée en fréquence à partir de janvier 2021 pour atteindre la cinquième place en fréquence. L’étude actuelle a inclus tous les génomes de cette lignée séquencés jusqu’à fin avril 2021.
Les analyses phylogénétiques de cette lignée ont suggéré la descendance de la lignée de B.1 assez récemment, et plusieurs codons de la protéine Spike étaient des signaux de sélection positive. Aucun événement de recombinaison n’a été observé.
Quelles sont les implications ?
La lassitude sociale des directives pandémiques et les caractéristiques génétiques de la souche B.1.621 elle-même ont conduit à des changements dans la transmissibilité de ce VOI. Dont le combat a été aidé par l’augmentation de la surveillance génomique du SRAS-CoV-2 pendant la troisième vague de COVID-19 dans le pays.
Le séquençage génomique devrait couvrir un pour cent de tous les cas, permettant une meilleure image de la fréquence réelle de cette lignée en Colombie et si sa dominance augmente ou diminue
Les substitutions convergentes observées dans les lignées SARS-CoV-2 dans le monde sont probablement dues au taux élevé de variabilité génétique au sein du nombre très élevé de personnes non exposées dans le monde, couplé à l’utilisation d’anticorps monoclonaux thérapeutiques qui exercent des pressions de sélection sur le génome viral.
Certaines de ces mutations courantes sont associées à des changements de fonction pertinents. E484K confère la résistance à la neutralisation par les anticorps dans le plasma convalescent, en présence de N501Y et la délétion à 69/70 (del69/70). Inversement, l’insertion 145N est une nouvelle mutation, et ses implications sont inconnues.
Il est important de noter que certaines des substitutions dans B.1.621 affectent les résidus à des emplacements ciblés par la réaction en chaîne par polymérase de la transcriptase inverse (RT PCR), ce qui peut entraîner une interférence avec les résultats des tests et augmenter à tort le nombre de cas supposés être dus à d’autres COV.
Cette lignée a maintenant été identifiée au Mexique, à Curaçao, aux États-Unis, en Espagne, aux Pays-Bas, au Danemark et en Allemagne. Une évaluation plus approfondie de ses contributions biologiques et épidémiologiques à la pandémie est nécessaire pour évaluer l’épidémiologie de la lignée.
