Une nouvelle étude publiée dans le medRxiv* Le serveur de préimpression a découvert que la variante Omicron contient un certain nombre de mutations qui diminuent l’activité des anticorps neutralisants et l’échappement immunitaire. Cependant, une troisième dose de l’un ou l’autre des vaccins à ARNm a augmenté la liaison des anticorps et la protection contre Omicron. Omicron diffère des variantes précédentes du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) car il ne favorise pas la fusion syncytiale et infecte les cellules via une voie d’entrée endosomale.
Étude : La variante hypertransmissible du SARS-CoV-2 Omicron présente un changement antigénique significatif, un échappement du vaccin et un changement dans le mécanisme d’entrée dans les cellules. Crédit d’image: Kavic.C/Shutterstock
Sommaire
Changements mutationnels dans la protéine de pointe
Les variantes Omicron contiennent de nombreuses mutations sur le domaine de liaison au récepteur (RBD) de la glycoprotéine de pointe, sur des régions ciblées par différentes classes d’anticorps dirigés contre le RBD et au sein du supersite du domaine N-terminal (NTD).
Grâce à une analyse mutationnelle profonde, les chercheurs ont découvert que les sites contenant des mutations étaient plus susceptibles d’avoir une liaison aux anticorps monoclonaux et polyclonaux plus faible. De plus, les mutations ont modifié la liaison avec la protéine ACE2 humaine. Au total, 14 mutations étaient prédictives d’une évasion ou d’une diminution de la liaison aux anticorps, y compris sept mutations spécifiques d’Omicron sur le RBD.
Propagation d’Omicron
En moins d’un mois, la variante Omicron a remplacé les variantes Alpha et Delta en tant que variante dominante du SARS-CoV-2 préoccupante. Malgré des taux de vaccination élevés et une immunité acquise naturellement dans la population, Omicron a provoqué une vague d’infections et de réinfections chez les individus vaccinés et non vaccinés.
Les 8 premiers cas d’Omicron au Royaume-Uni se sont produits au cours de la dernière semaine de novembre. Les 10 premiers jours de l’épidémie d’Omicron ont apporté 111 nouveaux cas de COVID-19 en Écosse. Le séquençage génétique a révélé que la variante Omicron a évolué pour avoir environ 1 à 7 polymorphismes nucléotidiques simples.
Des vaccins à deux doses moins efficaces pour neutraliser Omicron
Des échantillons de sérum provenant d’individus vaccinés ont montré une corrélation entre la vaccination et la protection par anticorps neutralisants. Cependant, une diminution des taux d’anticorps était associée à une efficacité réduite du vaccin.
Les chercheurs ont étendu ces résultats en étudiant l’efficacité du vaccin contre la variante Omicron. Les personnes vaccinées avec l’un des vaccins à ARNm ont montré des réponses en anticorps plus importantes au RBD et aux NTD du SRAS-CoV-2 par rapport aux personnes immunisées avec le vaccin AstraZeneca.
Le vaccin Moderna a montré les titres d’anticorps neutralisants les plus élevés par rapport aux titres d’anticorps produits à partir du vaccin Pfizer-BioNTech ou AstraZeneca.
Néanmoins, les chercheurs ont observé une activité neutralisante en baisse significative contre la variante Omicron. Plus précisément, Omicron a provoqué une baisse de 33 fois de la neutralisation du vaccin Pfizer-BioNTech, une baisse de 14 fois pour le vaccin AstraZeneca et une baisse de 74 fois pour Moderna.
Les injections de rappel inversent l’immunité en déclin
Sans le rappel, les injections à deux doses d’AstraZeneca avaient une efficacité vaccinale négligeable contre Delta et seulement 16% contre Delta.
Deux doses des injections Pfizer-BioNTech ont produit une efficacité vaccinale de 6,84 % contre Omicron et une protection de 56,53 % contre Delta. Les vaccins Moderna ont produit une efficacité vaccinale de 8,83 % contre Omicron et de 60,07 % contre Delta.
Les injections de rappel ont augmenté l’activité neutralisante contre Omicron. Une troisième dose du vaccin Pfizer-BioNTech a augmenté l’efficacité du vaccin à 91,87 % contre Delta et à 67,57 % contre Omicron. Une troisième dose du vaccin Moderna a augmenté l’efficacité du vaccin à 89,28% contre Delta et 71,15% contre Omicron.
Omicron ne provoque pas de syncytia cellulaire
Les virus peuvent favoriser la formation syncytiale, c’est-à-dire lorsque les cellules infectées fusionnent avec les cellules voisines pour former des cellules agrandies et anormales. Il a été démontré que les variantes Alpha et Beta induisent des syncytia. Les chercheurs ont étudié la fusion cellulaire dans des cellules infectées par Omicron, Delta et la souche originale du SRAS-CoV-2. Les résultats ont montré que Delta avait les niveaux les plus élevés de fusion cellulaire avec la souche originale de Wuhan arrivant en deuxième position. Cependant, les chercheurs ont été surpris de voir qu’Omicron n’induisait pas de fusion cellulaire, malgré une infection virale confirmée dans les cellules. Omicron a également montré une faible réplication virale dans les poumons – une magnitude inférieure à celle de Delta et de la souche Wuhan.
Le mécanisme d’action d’Omicron
L’entrée du SRAS-CoV-2 dans les cellules hôtes peut se produire par fusion de surface cellulaire après protéolyse par TMPRSS2 ou fusion de l’endosome après endocytose et activation de protéases endosomales. Les variantes antérieures du SRAS-CoV-2 ont tendance à suivre l’option de fusion de surface cellulaire, ce qui est cohérent avec des niveaux élevés de TMPRSS2. Dans les cellules cultivées qui supportent la fusion à la surface cellulaire, Delta a causé des infections environ quatre fois plus élevées qu’Omicron.
Omicron a atteint des taux d’infection plus élevés – 10 fois plus que Delta – dans les cellules HEK, qui soutiennent principalement l’entrée endosomale. Des preuves supplémentaires ont été observées lorsque les cellules traitées avec des inhibiteurs de l’entrée endosomique étaient résistantes à l’infection par Omicron.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ou traités comme des informations établies.
