Les chercheurs du Texas Children's Neurological Research Institute (NRI) et du Baylor College of Medicine ont développé un nouvel outil puissant au sein de la base de données d'agrégation du génome (GNOMAD) pour aiguiser la précision des tests génétiques – une percée avec des implications directes pour les diagnostics et les soins des patients dans le monde.
L'œuvre, publiée dans Communications de la nature, Applique une méthode appelée inférence locale d'ascendance (LAI), qui divise le génome en segments spécifiques à l'ascendance pour fournir des informations plus précises sur les différences génétiques.
Cette recherche met à jour nos ressources génomiques pour mieux refléter le spectre complet de la variation génétique. En affinant les estimations de fréquence des allèles pour les populations adminées, nous pouvons améliorer la précision des diagnostics génétiques et réduire le risque de classification erronée – profitant finalement aux patients dans tous les horizons. «
Dr Elizabeth Atkinson, professeur adjoint, Département de génétique moléculaire et humaine au Baylor College of Medicine et chercheur principal au NRI chez Texas Children's
L'étude appelée amélioration des fréquences des allèles dans Gnomad par l'inférence locale d'ascendance, représente une étape majeure dans le domaine des tests génétiques et de la médecine personnalisée. Le Dr Atkinson est l'auteur principal de l'étude, et Pragati Kore et Michael Wilson sont co-premier auteurs.
Les tests génétiques sont un outil puissant pour diagnostiquer la maladie. Si les variantes génétiques sont courantes dans la population générale, elles sont plus susceptibles d'être bénignes. Cependant, les estimations de la plupart des fréquences de population sont basées sur des moyennes entre les grands groupes. Pour les personnes dont le contexte génétique reflète l'ascendance de plusieurs continents, tels que ceux classés comme African / Afro-américain ou Latino / Adminéé Américain à Gnomad, cette approche globale peut masquer des différences importantes entre leurs composants ancestraux.
L'équipe du Dr Atkinson a appliqué l'inférence locale d'ascendance (LAI) pour résoudre ce problème. Au lieu de regarder le génome dans son ensemble, Lai le décompose en segments reversant dans différentes ancêtres continentaux (par exemple, africain, européen ou autochtone américain). L'équipe a ensuite calculé à quel point chaque variante est courante dans chaque segment d'ascendance. Cela a révélé que de nombreuses variantes considérées comme rares dans les données mondiales sont en fait courantes dans certains antécédents.
« Ces différences ne sont pas seulement académiques », a déclaré le Dr Atkinson. « Ils ont des conséquences cliniques. »
Les chercheurs ont constaté que dans les groupes américains africains / afro-américains et latinos / mélangés, plus de 80% des sites génétiques avaient une fréquence plus élevée dans au moins un tractus spécifique à l'ascendance que précédemment. Dans certains cas, cela pousse la variante au-dessus d'un seuil clinique clé utilisé par l'American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG) pour classer une variante comme bénigne. Cela pourrait conduire à une reclassification plus précise des variantes qui pourraient autrement être mal interprétées.
Les nouvelles données spécifiques à l'ascendance sont désormais accessibles au public via Gnomad, fournissant aux chercheurs, aux cliniciens et aux laboratoires de tests génétiques du monde entier avec un outil plus précis pour interpréter la variation génétique.
« L'ascendance est un complexe, et mettre une seule étiquette sur les patients n'est pas le moyen le plus précis de les diagnostiquer », a déclaré le Dr Atkinson. « Avec cette recherche, nous nous dirigeons vers une considération plus nuancée de l'ascendance. »
