Des chercheurs aux États-Unis ont décrit une nouvelle méthode rapide pour identifier les mutants résistants aux anticorps dans le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2).
Le SRAS-CoV-2 est l’agent causal sous-jacent de la pandémie mondiale de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19), identifiée pour la première fois à Wuhan, en Chine, en décembre 2019. Depuis lors, plusieurs variantes du virus sont apparues avec certaines mutations leur permettant de être plus transmissible, ou pour échapper à la neutralisation des anticorps.
Ces mutations d’échappement sont une préoccupation majeure, car les souches virales résistantes aux anticorps peuvent réduire considérablement l’efficacité des vaccins actuels et des thérapies par anticorps.
Maintenant, une équipe de scientifiques de l’Université du Colorado et d’autres institutions rapportent une méthode de dépistage des levures qui peut être utilisée pour identifier rapidement les mutants d’échappement pour neutraliser les anticorps (nAbs).
Nous avons identifié des mutants d’échappement pour cinq nAbs, dont trois de la classe germinale publique VHC-53 provoquée par une infection naturelle au COVID-19 », expliquent les auteurs. «Nous fournissons des bibliothèques, des méthodes et des logiciels en tant que ressource communautaire librement disponible pour accélérer les nouvelles stratégies thérapeutiques contre le SRAS-CoV-2.»
Une version pré-imprimée du document de recherche est disponible pour lecture complète sur le bioRxiv*serveur.
Qu’ont fait les chercheurs?
Comprendre les rôles et les fonctions des mutations du SRAS-CoV-2 jouera un rôle énorme dans le développement de vaccins, de rappels et d’anticorps thérapeutiques suffisants. La seule protéine membranaire virale responsable de l’entrée cellulaire est la protéine de pointe (S), qui se lie aux hôtes via le domaine de liaison au récepteur (RBD). Les chercheurs souhaitaient développer un test de criblage fonctionnel qui serait capable d’identifier les mutants d’échappement nAb à grande échelle.
Une plate-forme d’affichage de surface de levure S RBD (YSD) a été créée et testée pour mesurer et prédire l’évasion RBD. Grâce à des tests avec un panel de onze anticorps anti-S RDB, ils ont pu conclure que (à l’exception de l’épitope S309), la plate-forme de levure était capable d’émuler «fidèlement» les interactions de liaison des anticorps neutralisants avec S RBD.
Les chercheurs ont ensuite tenté d’identifier les mutants d’échappement S RBD, en utilisant cinq nAbs capables de bloquer la liaison ACE2 du SARS-CoV-2. Ils ont identifié 97 mutantations S RBD dans les pseudovirus du SRAS-CoV-2 qui pourraient échapper à la reconnaissance par au moins un anticorps neutralisant. Principalement, les mutations F486I, E484K, T478R, K417N, K417T et D420K ont pu complètement échapper à la neutralisation des anticorps courants et ont confirmé les études précédentes confirmant que la mutation N501Y – présente dans de nombreux variants préoccupants – n’avait aucun rôle dans la résistance aux anticorps, probablement augmentant plutôt l’affinité de liaison pour ACE2.
Ces résultats ont été conférés à l’aide de répliques biologiques d’une bibliothèque publique de variantes du SRAS-CoV-2, confirmant que les mutants d’échappement avaient des taux de résistance aux anticorps inférieurs à ceux des autres variantes.
Qu’est-ce que ça veut dire?
Les auteurs rapportent certains avantages majeurs de la méthode de criblage à base de levure. À savoir, que la méthode peut imiter avec précision l’infection virale et la liaison aux anticorps, mais fournit en outre un environnement de travail sûr, avec une identification relativement rapide des mutants d’échappement, ainsi qu’un algorithme d’identification «robuste et rigoureux» de ces mutants.
L’équipe présente cette nouvelle méthode de criblage des levures comme une ressource communautaire ouverte aux scientifiques pour aider à accélérer le développement de stratégies thérapeutiques contre le SRAS-CoV-2, et comme un nouvel outil pour identifier des mutations spécifiques résistantes au nAb.
Avis important
bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique / les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
