Fin 2019, le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2), l’agent causal de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19), a été détecté à Wuhan, en Chine, et le risque pour la santé humaine mondiale a été rapidement identifié. Les risques que le COVID-19 pose pour la santé humaine sont clairs, mais les données concernant le risque pour la faune font défaut.
Suite à la découverte d’un bêtacoronavirus étroitement apparenté chez une chauve-souris en fer à cheval en Asie de l’Est, les chauves-souris ont été au centre des préoccupations; néanmoins, la recherche empirique pour quantifier directement les dommages que le SRAS-CoV-2 cause aux chauves-souris est limitée.
Sommaire
Arrière-plan
La première évaluation des risques pour évaluer le risque de transmission du SRAS-CoV-2 des humains aux chauves-souris nord-américaines (NA) a été entreprise en avril 2020. L’évaluation des risques a révélé une faible possibilité de transmission pendant les activités de travail d’été sur la base des meilleures preuves disponibles et s’appuyant largement sur le jugement d’experts. À la suite de cette évaluation, d’autres informations et données sont devenues disponibles, telles que des tests de provocation virale de chauve-souris, qui ont aidé à clarifier les dangers de la transmission de l’homme à la chauve-souris et ont conduit à une deuxième évaluation des risques à l’automne 2020.
En mai 2021, les vaccinations contre le COVID-19 étaient relativement répandues, ce qui a potentiellement réduit le niveau d’excrétion virale chez l’homme.
Dans un article récent publié dans La société de la fauneles évaluations des risques pour la recherche, l’enquête, la surveillance, la gestion (RSM), la réhabilitation de la faune (WR) et le contrôle de la faune (WC) ont été mises à jour.
L’étude
Les auteurs ont d’abord vérifié que les caractéristiques structurelles de la structuration des décisions des recherches antérieures étaient toujours applicables aux agences envisageant des opérations estivales de chauves-souris, puis ils ont mis à jour la probabilité des estimations de sensibilité pour les petites chauves-souris brunes (LBB). Enfin, pendant les opérations estivales RSM, WC et WR, le risque de transmission du SRAS-CoV-2 de l’homme à la chauve-souris a été réévalué et l’efficacité des techniques d’atténuation des risques nouvelles et actuelles a été évaluée.
Qu’ont-ils fait?
Le cadre comprenait une gamme variée de décideurs fédéraux et étatiques américains, qui incluaient bon nombre des objectifs et des options de gestion à l’étude à l’époque. Des changements peuvent survenir dans le cadrage d’une décision au fil du temps, ce qui peut entraîner des variations dans la structure du problème et les modèles qui en résultent. En conséquence, les auteurs ont réévalué le cadre de décision initial pour les travaux de printemps et d’été avec les premiers décideurs de la recherche originale afin de réviser l’évaluation des risques d’été.
Les employés manipulant des chauves-souris, les travailleurs à proximité immédiate des chauves-souris dans un environnement clos partagé et les travailleurs à proximité immédiate des chauves-souris mais pas dans un espace clos partagé ont été utilisés pour créer le modèle de risque d’infection RSM.
La manipulation des chauves-souris et les employés en contact étroit avec les chauves-souris mais pas dans un environnement clos partagé ont été utilisés pour créer le modèle de risque d’infection WR. La manipulation des chauves-souris et les travailleurs à proximité immédiate des chauves-souris mais pas dans un environnement clos partagé ont été utilisés pour générer le modèle de risque d’infection WC.
Résultats
La probabilité médiane prédite de sensibilité au LBB était de 0,44, en supposant une dose suffisante de SRAS-CoV-2 pour chaque infection de chauve-souris. Une élicitation de suivi par un expert a déterminé que la probabilité médiane de sensibilité était inférieure de 89 % et avait moins d’incertitude après la collecte de nouvelles informations. De nouvelles informations, telles que l’homologie des récepteurs de l’enzyme de conversion de l’angiotensine 2 (ACE2) humains et de chauve-souris, ont été utilisées pour réviser l’estimation.
Lorsque les auteurs ont réanalysé les modèles de risque d’infection, ils ont découvert une réduction de 87 à 88 % du nombre prévu de chauves-souris infectées pour 1 000 chauves-souris rencontrées par rapport aux résultats précédents. Selon des recherches antérieures, le nombre médian de chauves-souris infectées pour 1 000 lors des activités du RSM a été calculé à 6,96.
En utilisant des estimations révisées de la probabilité de sensibilité, les auteurs ont découvert que le nombre médian de chauves-souris infectées était inférieur à un pour 1 000, soit une réduction de 88 % par rapport à l’estimation précédente. Le nombre médian de chauves-souris infectées pour 1 000 dans les interactions WR a été abaissé de 13,03 à 1,56, ce qui représente une baisse de 88 % de la valeur médiane. Le nombre médian de chauves-souris infectées pour 1 000 dans les contacts WC a été abaissé de 3,72 à 0,47, soit une baisse de 87 %.
Dans les trois types de rencontres, les résultats indiquent que le nombre médian de chauves-souris infectées par le SRAS-CoV-2 pour 1 000 rencontrées a diminué de 65 à 67 %. De plus, par rapport aux recherches précédentes, la nouvelle estimation a diminué de 88 à 89 %. Quel que soit le type de rencontre, l’estimation médiane de la vaccination a diminué de 86 à 88 %. Les risques ont diminué de 98 à 99 % lorsque le test COVID-19 et la vaccination ont été administrés ensemble.
Conséquences
Les effets à long terme du SRAS-CoV-2 chez les animaux agricoles ou sauvages, ainsi que leur propension à fonctionner comme hôtes réservoirs, sont inconnus. Comme le montre l’avènement de la variante hautement transmissible d’Omicron chez l’homme, les virus mutent, se recombinent et évoluent rapidement dans les espèces hôtes.
On ne sait pas comment les souches émergentes modifient la vulnérabilité de la faune au virus. Pour réduire le risque de transmission zoonotique future, des méthodes généralisables d’atténuation des risques guidées par One Health pourraient être efficaces dans une variété d’interactions homme-animal.
Au fur et à mesure que les agents pathogènes progressent et que leur compréhension progresse, l’analyse des décisions peut être utilisée pour conduire des évaluations de risques plus spécifiques et guider les choix organisationnels concernant les interactions homme-faune.