Dans un article récent publié dans Le microbe Lancet, les chercheurs ont décrit les discussions d’un groupe de travail d’experts réuni par le Consortium de surveillance et d’épidémiologie des infections résistantes aux médicaments (SEDRIC) pour évaluer l’utilité de la génomique pour la surveillance de la résistance aux antimicrobiens (RAM). Ils ont examiné les avantages et les défis de l’approche et ont formulé des recommandations pour sa mise en œuvre efficace.
Étude : Examen des données probantes et recommandations pour la mise en œuvre de la génomique pour la surveillance de la résistance aux antimicrobiens : rapports d’un groupe d’experts international Crédit d’image : Sergei Drozd/Shutterstock
Sommaire
Arrière-plan
La RAM est un problème de santé mondial qui touche des millions de personnes et entraîne une mortalité et une morbidité importantes. Le Plan d’action mondial de l’OMS contre la RAM a été élaboré en 2015 pour renforcer la sensibilisation, réduire l’incidence et promouvoir la recherche et la surveillance. L’émergence de la pandémie de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) a mis en évidence l’importance de la surveillance génomique, en accélérant son intégration dans les programmes de surveillance de routine. Par conséquent, SEDRIC a formé un groupe de travail pour examiner les preuves et proposer des recommandations pour la surveillance de la RAM basée sur la génomique.
À propos du groupe de travail
Le groupe de travail SEDRIC, composé d’environ 100 experts internationaux, a organisé quatre ateliers et une enquête en ligne pour évaluer l’utilité de la génomique dans la surveillance de la RAM. Identifiant les membres par divers moyens, les ateliers se sont concentrés sur la surveillance bactérienne de la RAM, produisant des analyses panoramiques et des recommandations aux parties prenantes. Un dernier atelier a exploré des innovations telles que la métagénomique, le suivi génétique et l’apprentissage automatique. Les résultats ont éclairé une position consolidée élargie à la communauté via une enquête, générant ainsi des avis et des recommandations d’experts.
Constatations et recommandations
Les neuf recommandations du groupe sont résumées ci-dessous :
- Les objectifs, les méthodes et les résultats des données de surveillance génomique de la RAM doivent être clairement définis à tous les niveaux.
- La rentabilité de la génomique varie en fonction du débit et de la situation géographique. Il est possible de surmonter ces défis en mettant en œuvre des modèles régionaux en étoile qui consolident la formation, les chaînes d’approvisionnement et les infrastructures.
- Les scientifiques de la santé, nouveaux et existants, doivent être formés pour développer des compétences en épidémiologie génétique.
- La surveillance doit être standardisée en développant et en se mettant d’accord sur une liste commune de combinaisons bug-médicament, de normes cliniques, de lignes directrices fondées sur des preuves, de portails utilisateur à accès unique et de cadres d’échantillonnage.
- Pour maximiser les avantages de l’approche, un partage ouvert, équitable et immédiat des données, accompagné d’une gouvernance solide, est crucial.
- Il est essentiel de favoriser une meilleure communication, une meilleure confiance et de meilleurs partenariats entre les parties prenantes, notamment les décideurs politiques, les prestataires de soins de santé et les chercheurs.
- Des modèles de financement sont nécessaires pour les programmes de recherche et de renforcement des capacités, la mise en œuvre de la surveillance et les améliorations ultérieures. La rentabilité en temps réel doit être évaluée.
- Bien que les innovations en matière de surveillance génomique, notamment la métagénomique clinique et environnementale, l’apprentissage automatique et le suivi des gènes ou des plasmides, soient avantageuses, des recherches sont nécessaires pour établir leurs associations avec les résultats en matière de santé.
- Le réservoir environnemental des gènes AMR doit être exploré davantage. Dans le domaine agricole en particulier, l’impact de la surveillance et des interventions a été caractérisé et doit être exploité.
Avantages
L’utilisation de la génomique permet le suivi précis de souches individuelles d’agents pathogènes résistants aux antimicrobiens. De plus, l’analyse numérique des données post-séquençage contribue à une meilleure gestion des données et à une meilleure assurance qualité. La surveillance génomique des bactéries résistantes aux médicaments est particulièrement intéressante car :
- Les génotypes associés à la résistance à plusieurs médicaments peuvent être analysés simultanément.
- L’émergence de la RAM dans des lignées nouvelles et existantes peut être efficacement suivie.
- La base génétique de la résistance peut être identifiée pour étayer les liens avec les épidémies et prédire la propagation de la RAM.
Le développement et l’amélioration continue d’une infrastructure de surveillance génomique de la RAM, en termes d’installations et de main-d’œuvre, peuvent contribuer efficacement aux efforts de préparation à une pandémie.
Applications
Les applications de la surveillance génomique de la RAM peuvent être classées dans trois contextes différents :
- Paramètres hospitaliers :
- Détection des épidémies
- Fournir des informations exploitables aux équipes pour la prévention et le contrôle des infections
- Soutenir la prise de décision clinique au niveau du patient
- Niveau de santé publique :
- Détecter les menaces émergentes
- Concevoir et évaluer les interventions
- Soutenir les recommandations de traitement
- Façonner les formulations de vaccins
- Interfaces One Health :
- Agir efficacement contre les maladies d’origine alimentaire
- Cadres d’évaluation des risques de transmission
- Exploiter la surveillance environnementale
Défis
Les défis soulignés par le groupe peuvent être classés comme suit :
- Défis courants :
- Manque de ressources et manque de volonté politique
- L’accent est mis sur des cas d’utilisation clairs et sur un plaidoyer parallèlement à de solides études coût-efficacité.
- Besoin de formation complémentaire, notamment en bioinformatique
- Prévention et contrôle des hôpitaux et des infections :
- Manque d’infrastructures efficaces de surveillance épidémiologique
- Mauvaise chaîne d’approvisionnement et structure de prix
- Les défis d’une coopération efficace au sein d’un modèle en étoile
- Santé publique et sphère internationale :
- Nécessité d’améliorer la coopération entre les parties prenantes
- Travailler à une surveillance harmonisée avec une solide gouvernance des données
- Interfaces One Health :
- Des relations complexes pour définir des objectifs communs
- Les défis de la coopération entre les ministères et les secteurs
- Nécessité de prédéfinir l’utilisation des informations de surveillance
Conclusion
En résumé, les données exploitables à haute résolution sur la surveillance de la RAM fournies par la génomique peuvent offrir des informations précieuses pour prévenir la propagation de la RAM. Ces recommandations interconnectées fournies par le groupe d’experts sont essentielles pour obtenir des résultats optimaux de la surveillance génomique de la RAM, servant de guide aux discussions entre toutes les parties prenantes pour améliorer les résultats en matière de santé publique.
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