Dans une récente étude publiée sur medRxiv* serveur de prétirage, les chercheurs ont évalué les différences entre les distributions d’intervalle de génération et les périodes d’incubation des variantes Delta et Omicron du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2).
L’estimation des différences entre les variantes du SRAS-CoV-2 en ce qui concerne l’intervalle de série, les périodes d’incubation et les distributions d’intervalle de génération est essentielle pour comprendre la transmission de ces variantes. Cependant, l’effet de la dynamique épidémique est le plus souvent négligé lors de l’estimation de la durée de l’infection et de sa transmission.
Sommaire
À propos de l’étude
Dans la présente étude, les chercheurs ont analysé les données d’intervalle de série ainsi que les périodes d’incubation qui décrivent les schémas de transmission correspondant aux variantes SARS-CoV-2 Omicron et Delta.
L’équipe a analysé les séries chronologiques liées aux cas signalés de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) et le nombre de variantes du SRAS-CoV-2 trouvées du 29 novembre 2021 au 30 janvier 2022 aux Pays-Bas. Les paires d’infecteur-infecté ont été reconnues grâce à la recherche des contacts tandis que les données relatives à l’apparition des symptômes ont été recueillies à partir de la base de données de surveillance nationale. Les intervalles de série ont ensuite été calculés en tenant compte de la différence entre les dates d’apparition des symptômes correspondant à l’infecté et à l’infecteur. Une personne infectée a été choisie au hasard pour chaque infecteur afin d’éviter toute dépendance entre les deux intervalles de série.
De plus, les données accessibles au public ont été agrégées en fonction de la durée de l’intervalle de série et n’incluaient pas d’informations telles que les dates d’apparition des symptômes, les dates d’exposition ou l’âge. Les données agrégées comprenaient un total de 2 529 paires de transmission qui ont été divisées en fonction de la présence ou de l’absence de l’échec de la cible du gène de pointe du SRAS-CoV-2 (SGTF), de la semaine au cours de laquelle la date d’apparition des symptômes de l’infecteur était, et si la transmission était incidente à l’intérieur ou entre les ménages. L’équipe a combiné les informations rapportées entre le 13 décembre et le 26 décembre 2021 qui ont été divisées en semaines 50 et 51. Dans l’étude, les paires de transmission qui ont affiché et n’ont pas affiché de SGTF ont été appelées paires Omicron et Delta, respectivement.
Les données sur la période d’incubation ont été obtenues à partir d’un total de 513 personnes, dont 255 cas de Delta et 258 cas d’Omicron qui ont signalé l’apparition de symptômes entre le 1er décembre 2021 et le 2 janvier 2022. L’équipe a pris en compte les taux de croissance afin d’évaluer avec précision l’intervalle de génération. distributions et période d’incubation des variantes Omicron et Delta. Les taux de croissance pour les deux variantes ont été estimés en calculant d’abord le nombre total de cas de COVID-19 causés par chaque variante en multipliant le nombre de cas signalés par semaine par la proportion de variantes Omicron et Delta détectées.
Les périodes d’incubation ont été estimées de deux manières distinctes : en avant et en arrière. L’équipe a calculé les périodes d’incubation vers l’avant à partir d’un groupe de patients qui ont été infectés presque au même moment. D’autre part, des périodes d’incubation en arrière d’un groupe de patients qui présentaient des symptômes presque au même moment.
Résultats
Les résultats de l’étude ont montré que le nombre d’infections par le SRAS-CoV-2 infectées par la variante delta du SRAS-CoV-2 a continué de diminuer tout au long de la source de l’étude tandis que les taux de croissance variant dans le temps sont passés de près de -0,01 par jour à -0,09. par jour au 16 janvier 2022. Le taux de croissance est ensuite passé à -0,04 par jour au 31 janvier 2022. L’équipe a noté que les variations du taux de croissance ont coïncidé avec le début des réglementations de confinement le 19 décembre 2021 et leur assouplissement à partir du 15 janvier 2022. De plus, les différences de taux de croissance entre les variantes Omicron et Delta se sont réduites avec le temps.
Lorsque les différences de taux de croissance ont été prises en compte, les variantes Delta et Omicron se sont avérées avoir des distributions de période d’incubation comparables avec une moyenne de 4,1 jours pour la variante Delta et de 4,2 jours pour la variante Omicron. De plus, la différence entre les périodes d’incubation moyennes avant et arrière était de 7 % et -22 % de biais pour les variantes Delta et Omicron, respectivement.
Dans le cas des paires de transmission au sein du ménage, la variante Omicron affichait un intervalle sériel moyen plus court de 3,1 jours par opposition à celle de la variante Delta qui avait un intervalle de 3,7 jours. La prise en compte des variations du taux de croissance a révélé que l’intervalle moyen entre générations était de 3,0 jours pour Omicron et de 3,8 jours pour Delta. D’autre part, les paires de transmission entre ménages ont montré que la variante Omicron avait un intervalle de série moyen de 3,0 jours tandis que la variante Delta avait un intervalle de 3,3 jours.
Conclusion
Dans l’ensemble, les résultats de l’étude ont montré que les infections à SARS-CoV-2 Omicron avaient des périodes d’incubation similaires mais des intervalles de génération plus courts que les infections à Delta. Les chercheurs pensent que la surveillance des changements dans les paramètres épidémiologiques importants liés à l’évolution du SRAS-CoV-2 est essentielle pour estimer sa dynamique future.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
