Les scientifiques ont travaillé d’arrache-pied pour contenir la pandémie de maladie à coronavirus (COVID-19) causée par la transmission rapide du coronavirus-2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2). Ils ont développé des kits de diagnostic pour une détection rapide du virus et développé de nombreux moyens pharmaceutiques et non pharmaceutiques pour réduire la transmission du virus ainsi que le taux de mortalité.
Sommaire
Contexte
À l’heure actuelle, la technique de détection standard du SRAS-CoV-2 est le test de réaction en chaîne par polymérase en temps réel (RT-PCR) utilisant des échantillons d’écouvillonnage nasopharyngé (NPS). La collecte d’échantillons nasaux est souvent une expérience inconfortable pour les patients. Les scientifiques ont révélé que les prélèvements de salive et d’écouvillonnage oropharyngé (OPS) sont des méthodes moins invasives. Un autre avantage du prélèvement de salive est que l’échantillon peut être auto-prélevé et ne nécessite pas de personnel soignant formé et équipé de mesures de protection.
Des études antérieures ont révélé que l’OPS est moins sensible que le NPS. Cependant, une combinaison d’échantillonnage NPS et OPS offre une meilleure sensibilité de détection des virus par rapport à une seule méthode d’échantillonnage NPS. Des études antérieures ont indiqué que la salive pourrait être un échantillon alternatif pour la détection basée sur la PCR du virus SARS-CoV-2. Surtout, une étude récente a rapporté que dans le cas de la variante SARS-CoV-2 Omicron, les échantillons de salive présentaient une sensibilité plus élevée par rapport au NPS.
Une nouvelle étude
Une nouvelle étude publiée le medRxiv* Le serveur de préimpression s’est concentré sur l’évaluation des performances relatives de l’OPS, du NPS et de la salive pour les variantes Delta et Omicron SARS-CoV-2. Dans cette étude, les personnes présentes au centre de dépistage d’Ypres, en Belgique, entre le 3 décembrerd, 2021 et 15 févriere, 2022, pour un test SARS-CoV-2 RT-PCR ont été invités à participer. Les participants volontaires ont reçu un questionnaire contenant des questions sur leur état d’alimentation, de boisson, de mastication ou de tabagisme 30 minutes avant le test Rt-PCR.
Dans cette étude, les infirmières ont collecté séparément des échantillons d’OPS et de NPS, tandis que des échantillons de salive ont été collectés dans un récipient stérile sans tampon étiqueté CE en crachant. Pour identifier les variantes du SARS-CoV-2 qui ont infecté chaque participant, les scientifiques ont effectué le séquençage du génome entier du SARS-CoV-2 (WGS). Les scientifiques ont inclus un total de 246 participants, parmi lesquels 124 hommes et 122 femmes, dont l’âge moyen était de 39 ans. 155 participants étaient positifs au SRAS-CoV-2 sur au moins un des trois types d’échantillons.
Principales conclusions
Les chercheurs ont comparé les valeurs Ct des trois types d’échantillons considérés dans cette étude. Ils ont trouvé des valeurs Ct statistiquement significatives plus élevées pour l’OPS par rapport au NPS et à la salive. Ce résultat indique fortement une sensibilité plus faible et une valeur de prédiction négative (NPV) quel que soit le type de variant du SARS-CoV-2.
Sur 155 échantillons positifs au SARS-CoV-2, 152 échantillons ont été détectés avec précision pour le virus SARS-CoV-2 en utilisant à la fois des échantillons OPS et NPS. Une augmentation marginale de la sensibilité a été observée lorsque les échantillons OPS et NPS ont été combinés. Pour comprendre quel système d’échantillonnage est le meilleur pour la détection des variantes du SRAS-CoV-2, les scientifiques ont comparé les performances du NPS et de la salive dans les groupes Delta et Omicron.
Ils ont observé une valeur Ct inférieure statistiquement significative pour tous les gènes testés dans les échantillons NPS, par rapport aux échantillons de salive, pour les variantes Delta et Omicron. De plus, la détection de la variante Delta était comparable entre le NPS et la salive. Surtout, les chercheurs ont trouvé une sensibilité plus élevée pour la détection des variantes du SRAS-CoV-2 Omicron à l’aide d’échantillons de salive par rapport au NPS. Cependant, dans le cas de la détection du variant Delta, aucune différence statistiquement significative n’a été trouvée entre le NPS et la salive.
Fait intéressant, plusieurs échantillons (deux infections Delta et dix infections Omicron) ont été testés négatifs en utilisant le NPS et positifs sur des échantillons de salive. Les chercheurs ont effectué des tests de suivi parmi ces candidats après deux à quatre jours et ont signalé que onze patients étaient positifs pour le SRAS-CoV-2. Parmi ces onze candidats, dix étaient positifs au SARS-CoV-2 sur les échantillons NPS en plus des échantillons de salive. Les scientifiques ont effectué des régressions logistiques et ont révélé que manger, boire, mâcher ou fumer 30 minutes avant le test SARS-CoV-2 n’avait aucun impact sur la sensibilité pour les trois types d’échantillons.
Conclusion
Les auteurs de cette étude ont révélé que les échantillons de salive sont supérieurs au NPS pour détecter la variante SARS-CoV-2 Omicron. L’étude actuelle a en outre révélé que les tests RT-PCR utilisant des échantillons de salive sont plus sensibles pour la détection de la phase précoce de l’infection à Omicron. L’échantillon OPS est l’échantillon le moins sensible pour la détection basée sur la PCR du virus SARS-CoV-2 par rapport à l’échantillon NPS et à la salive.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
