Depuis le premier cas de coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2), le virus a évolué vers des variantes plus infectieuses et mortelles, par exemple avec la propagation de Delta et d’Omicron.
Étude : La pandémie de COVID-19 se terminera-t-elle avec les variantes Delta et Omicron ? Crédit d’image : G.Tbov/Shutterstock
Une nouvelle analyse, publiée dans la revue Lettres de chimie environnementale, analyse ce que les scientifiques savent actuellement sur Delta et prédit à quoi pourrait ressembler la fin de la pandémie.
Fond
À la mi-juillet, la baisse des cas de COVID-19 a repris avec plus d’un million de nouveaux cas en Europe et 370 000 nouveaux cas aux États-Unis. La Chine avait maintenu moins de 500 cas hebdomadaires de coronavirus, mais a également commencé à voir de nouveaux cas près de deux mille.
L’émergence de Delta a entraîné une deuxième vague de cas de mars à mai 2021. Dans la semaine du 18 septembre, Delta représentait 99,9 % des cas aux États-Unis. En décembre 2021, 176 pays avaient signalé des infections liées au Delta.
La propagation universelle de Delta est due à de nouvelles mutations qui favorisent une transmission plus rapide que la souche SARS-CoV2 d’origine. Delta a sept mutations sur sa protéine de pointe ainsi que cinq acides aminés connectés qui créent une chaîne d’acides aminés appelée site de clivage de la furine. Lorsque le variant a évolué, la proline sur le site de clivage de la furine a été remplacée par l’arginine, réduisant l’acidité de la séquence. Cela a également rendu Delta plus efficace pour couper les protéines de pointe pour la réplication virale et l’infectivité dans les cellules hôtes.
Comparé à d’autres variantes du SRAS-CoV-2 où 50 % de la protéine de pointe envahit les cellules, Delta en utilise 75 %.
La mutation L452R optimise également l’infectivité de Delta en améliorant les interactions entre la protéine de pointe et le récepteur ACE2. D’autres mutations de la protéine de pointe aident à échapper à la réponse immunitaire en rendant plus difficile la détection des régions antigéniques de la protéine de liaison au récepteur. Ces changements expliquent probablement la diminution de l’efficacité du vaccin envers Delta.
Efficacité du vaccin vers Delta
Les vaccins sont l’outil le plus efficace pour prévenir la propagation du SRAS-CoV-2 et de ses variantes. Avec Delta, l’efficacité du vaccin a diminué et certaines infections percées ont été signalées chez les personnes vaccinées. Cependant, il n’a pas complètement disparu.
Les données des essais cliniques ont montré que les vaccins Pfizer-BioNTech étaient efficaces à 88 % contre Delta. Le vaccin AstraZeneca était efficace à 67 %. Une autre étude portant sur le vaccin chinois à deux doses contre le coronavirus a montré une efficacité globale de 59% contre Delta.
Il a été conclu que, bien que leurs taux d’efficacité aient diminué dans une certaine mesure, les vaccins actuels développés pour le SRAS-CoV-2 offrent toujours une protection considérable contre la variante Delta», explique l’équipe.
Futur projeté après Delta
Delta est l’une des cinq variantes du SRAS-CoV-2 désignées par l’Organisation mondiale de la santé comme variantes préoccupantes. Le SRAS-CoV-2 est un virus à ARN qui est communément connu pour avoir des taux de mutation élevés.
Depuis la publication de l’article, les scientifiques ont trouvé 407 lignées distinctes de variantes du SARS-CoV-2. Deux en particulier, B.1.617.2.1 et Lambda, ont des mutations qui améliorent leur capacité à échapper à la détection des anticorps neutralisants. Leur capacité d’évasion immunitaire devrait être supérieure à la variante Delta actuelle.
Une autre variante connue sous le nom de « Delta Plus » fait également sa tournée au Royaume-Uni. Comparé à la variante Delta d’origine, Delta Plus est estimé être 10% plus transmissible.
Avec le SRAS-CoV-2 original et les variantes associées circulant dans le monde entier, le nombre estimé de nouveaux cas de COVID-19 dans le monde est d’au moins 3 millions par semaine depuis le début de juillet 2021.
Le SRAS-CoV-2 devrait avoir des taux de mutation 50 % plus élevés que les estimations précédentes. Les auteurs de l’article avertissent que si le monde ne limite pas la propagation du SRAS-CoV-2 et de ses variantes, le virus continuera d’évoluer et de le rendre encore plus difficile à contenir.
Il est possible que le virus développe une nouvelle mutation qui rende les vaccins actuels inefficaces. Comme on le voit avec Omicron, cette possibilité est plus proche que jamais.
Omicron a été découvert fin novembre 2021 et a rapidement désigné une variante préoccupante pour son nombre élevé de mutations impliquées dans l’infectiosité et l’évasion immunitaire. Avec 32 mutations de protéines de pointe, Omicron a provoqué une vague de réinfections et d’infections chez des individus entièrement vaccinés.
Les auteurs conseillent de se faire vacciner et de continuer à porter un masque facial. Des recherches supplémentaires sont également nécessaires pour examiner tout changement dans les voies de transmission du SRAS-CoV-2 et pour développer des boosters spécifiques aux variantes.
