Dans une étude récente publiée sur le medRxiv serveur de préimpression*, les chercheurs ont établi un programme de test du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) basé sur la réaction en chaîne par polymérase (PCR) dans un établissement d’enseignement, analysant des échantillons de salive obtenus auprès d’étudiants et de membres du personnel asymptomatiques.
Les tests SARS-CoV-2 dans la communauté ont été cruciaux pendant la pandémie de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19), avec de vastes installations et des bénévoles des universités mettant en place des programmes de tests de masse. Cependant, la recherche des contacts et la gestion de ces grands établissements étaient complexes et les tests étaient limités aux individus symptomatiques. Les universités offrent un avantage en offrant une main-d’œuvre flexible, des espaces disponibles et une expérience dans la prestation et la gestion de services.
Étude : KCL TEST : un programme de surveillance asymptomatique du SRAS-CoV-2 inspiré de l’open source dans un établissement universitaire. Crédit d’image : Dizfoto/Shutterstock
*Avis important: medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ni être traités comme des informations établies.
À propos de l’étude
Dans la présente étude de cohorte prospective, les chercheurs ont développé un service automatisé basé sur la PCR pour détecter le SRAS-CoV-2 à partir d’échantillons de salive et permettre la surveillance des résidents asymptomatiques de la communauté.
L’étude a été menée entre décembre 2020 et juillet 2022. Le test KCL, financé par le Kings College de Londres, comprenait plusieurs équipes, dont les opérations, le laboratoire et la direction. Au total, il y avait 18 centres dotés de personnel situés autour de Londres, au Royaume-Uni (UK), où les étudiants et les travailleurs pouvaient récupérer des kits d’échantillonnage de salive et soumettre leurs échantillons de salive. Les auteurs ont créé leur système de gestion des informations de laboratoire (LIMS) pour enregistrer les échantillons et réduire les temps de manipulation en utilisant les codes-barres présents sur les tubes. L’acide ribonucléique (ARN) du SRAS-CoV-2 a été détecté dans les échantillons de salive d’étudiants asymptomatiques, de membres du personnel et de leurs contacts à domicile par PCR quantitative en temps réel (RT-qPCR).
L’examen a été créé selon les critères du ministère britannique de la Santé et des Affaires sociales (DHSC). Les personnes asymptomatiques étaient motivées à se tester tous les jours (et deux fois par semaine sur le campus). Les principaux critères de jugement étaient le nombre de tests COVID-19 effectués, le nombre de personnes testées et le taux de positivité du SRAS-CoV-2. Les échantillons ont été traités à l’aide d’un cadre automatisé, open source et peu coûteux utilisant des réactifs de type non commercial. Le traitement des échantillons était anonymisé puisque le personnel du laboratoire utilisait uniquement les codes-barres présents sur les tubes.
Les résultats ont été transmis aux utilisateurs du service (qui ont été comparés à l’aide de données de codes-barres) ainsi qu’au programme Test and Trace du National Health Service, qui a contribué aux efforts nationaux de test. L’équipe de direction a également reçu des informations sur les personnes positives au SRAS-CoV-2 et sur la probabilité d’éventuelles épidémies, par exemple si les échantillons positifs étaient regroupés dans certaines zones. Des tests triplex ont été effectués pour identifier l’ARN du SRAS-CoV-2 en utilisant les gènes de la nucléocapside (N) et de l’enveloppe (E) du SRAS-CoV-2 et la ribonucléase P humaine (RNAseP) comme contrôle de résultat négatif et séquences d’amorce fournies par les États-Unis. Centres de contrôle et de prévention des maladies (CDC des États-Unis).
Les données acquises à partir de centaines d’échantillons d’ARN ont été utilisées pour générer des valeurs de seuil de détection et de cycle (Ct) afin de déterminer la meilleure plage d’amplification de la ribonucléase P humaine. Dans le cadre des critères d’accréditation, l’équipe a complété des examens de compétences, comprenant des questions théoriques concernant les tests. Les chercheurs ont créé une technique « homebrew » pour l’extraction de l’ARN à partir d’écouvillons nasaux qui a été améliorée pour extraire l’ARN des échantillons salivaires, et ses performances ont été évaluées à l’aide de 980 échantillons. Les chercheurs ont également évalué la spécificité et la sensibilité du test, en testant 250 échantillons négatifs et 150 positifs à l’aide de kits commerciaux, en comparant les résultats à ceux d’un laboratoire d’essais accrédité par le Service d’accréditation du Royaume-Uni (UKAS) et en analysant 67 des échantillons à l’aide du système intégré. technique de la maison. Les chercheurs ont comparé des échantillons de salive et d’écouvillonnage du même individu avec des échantillons d’écouvillons traités dans un autre établissement accrédité par l’UKAS.
Résultats
Au total, 58 277 tests PCR salivaires ont été réalisés, dont 2 989 positifs (1,9 %), collectés auprès de 20 186 individus. Au cours de la période d’étude, 160 000 échantillons ont été traités selon la méthodologie KCL. Chaque jour pendant 18,0 mois, entre 10,0 et 30,0 % de la fréquentation du campus a été évaluée. Pour détecter le SRAS-CoV-2, le délai d’exécution était de huit heures et la limite de détection était de 100 copies par ml. À l’exception de la période de prédominance de la variante préoccupante (VOC) Delta du SRAS-CoV-2, le taux de positivité du SRAS-CoV-2 était comparable à celui rapporté par l’Office for National Statistics du Royaume-Uni ; Les infections Delta étaient minimes dans la cohorte d’étude.
Le service de surveillance automatisé du SRAS-CoV-2, rapidement construit, a reçu l’accréditation du Service d’accréditation du Royaume-Uni (UKAS) selon la norme 15189 de l’Organisation internationale de normalisation (ISO). Le système a permis une mise à l’échelle réduite et croissante, le rendant adaptable et applicable dans différents contextes et pour divers objectifs. L’approche homebrew correspondait à la méthode commerciale d’extraction d’ARN pour détecter le SRAS-CoV-2 dans la salive, indiquant que les réactifs non commerciaux fournissaient des résultats équivalents à une fraction du coût des réactifs commerciaux et pouvaient être utilisés et accrédités à des fins de diagnostic.
Selon les critères du gouvernement britannique en matière de dépistage et de tests de santé et de santé publique, une sensibilité de 85 % et une spécificité de 100 % ont été observées. Restreindre l’analyse aux échantillons contenant plus de 106 copies/mL ont augmenté la sensibilité à 95 %. L’identification du SRAS-CoV-2 différait entre les échantillons de salive combinés et les écouvillons nasopharyngés et oropharyngés, la détection salivaire diminuant plus rapidement que les écouvillons nasopharyngés et oropharyngés combinés. Cela est dû à une clairance plus rapide du SRAS-CoV-2 de la muqueuse buccale, ce qui indique que la salive peut fournir une mesure plus précise de l’infectiosité que les échantillons sur écouvillon.
Malgré la cohérence du nombre de tests et le retour aux rassemblements universitaires survenus en septembre, la proportion d’échantillons positifs au SRAS-CoV-2 a montré des tendances similaires par rapport à celle documentée par l’Office for National Statistics (ONS) du Royaume-Uni, à l’exception de une onde delta pratiquement manquante. Les résultats ont également montré une augmentation significative de la positivité du SRAS-CoV-2 entre fin mai et début juin 2022.
Les résultats de l’étude ont montré que le cadre de détection de l’ARN du SRAS-CoV-2 fournissait un échantillonnage mini-invasif, des rapports précis et des diagnostics à faible coût. Les tests de dépistage asymptomatiques du COVID-19 dans la communauté sont précieux, et les gouvernements devraient collaborer avec les centres universitaires pour développer des pipelines et alléger les systèmes de santé surchargés.
*Avis important: medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ni être traités comme des informations établies.
