Alors que la pandémie de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19), causée par le syndrome respiratoire aigu sévère coronavirus 2 (SRAS-CoV-2), continue de faire souffrir dans le monde entier, de nouvelles variantes émergent qui menacent la possibilité de confinement par les vaccins actuels ou les anticorps thérapeutiques .
Sommaire
Des variantes préoccupantes peuvent entraîner une transmission plus élevée
Celles-ci, appelées les variantes préoccupantes (COV), ont été appelées variantes britanniques, brésiliennes et sud-africaines, selon l’endroit où elles ont été identifiées pour la première fois.
Maintenant, un nouveau document de recherche pré-imprimé publié sur le medRxiv * Le serveur rapporte les effets estimés de ces variantes sur les paramètres épidémiologiques de la propagation du virus, y compris le taux d’incidence sur sept jours.
La désignation COV vient du fait qu’ils ont été associés, pour des raisons épidémiologiques, à une transmissibilité plus élevée basée sur des souches antérieures.
Les pays et régions qui ont signalé pour la première fois l’émergence de ces COV ont connu une augmentation simultanée des infections vers la fin de 2020 et le début de 2021. Cette augmentation s’est produite malgré les niveaux élevés de distanciation sociale qui étaient pratiqués à l’époque. Il y a eu une augmentation estimée de 50% à 70% du risque d’infection par la variante britannique.
Certains résultats préliminaires ont également montré que les taux de mortalité sont en hausse au Royaume-Uni. De plus, les épidémiologistes savent que lorsque de nouvelles variantes se propagent rapidement au niveau local, elles augmenteront certainement également les taux de transmission internationaux.
COV en Allemagne
Les trois COV ont été identifiés en Allemagne à la mi-janvier 2021, après avoir été importés via des voyageurs de retour en provenance de pays où ils se propageaient dans une large mesure. Les chercheurs ont cherché à identifier tout lien entre les cas de COV et les taux d’infection.
Distribution temporelle et spatiale des cas de COV en Allemagne. Le panneau A compte les régions NUTS-3 avec des cas confirmés de COV au fil du temps. Le panel B révèle que le taux d’incidence sur 7 jours (par jour de notification) diminue pour l’Allemagne et le Schleswig-Holstein mais augmente à Flensburg (une région avec de nombreux cas confirmés de COV). Le panneau C montre la propagation spatiale des cas de COV au 4 février 2021. Flensburg et Cologne, Düren et Leverkusen rapportent la plupart des cas confirmés de COV.
Le taux d’incidence sur sept jours fait référence au nombre de nouvelles infections au cours des sept derniers jours signalées pour 1 00 000 personnes. Les données sur les COV ont été obtenues à partir d’une base de données qui recueille des informations sur les cas confirmés de ces trois COV, sur la base de journaux et de documents de santé publique. Les données ont été comparées aux données agrégées du premier institut de lutte contre la maladie en Allemagne, le Robert Koch Institute (RKI).
Les chercheurs ont découvert que dans plus de la moitié des quelque 400 régions NUTS-3, un ou plusieurs cas d’infection par les COV avaient été documentés au début du mois de février. Le nombre de ces régions a connu une croissance exponentielle à la fin du mois de janvier. Parmi celles-ci, Flensburg et trois localités de la région de Rhénanie du Nord-Westphalie (NRW) figuraient parmi les 5% des régions les plus touchées.
Taux d’infection locale induits par les COV
Les chercheurs ont agrégé les infections par COV avec les taux d’infection quotidiens pour chaque région NUTS-3 et calculé les effets des COV sur cette dernière.
À Flensburg, une ville de 90 000 habitants, les taux d’infection étaient constamment inférieurs à la moyenne allemande en 2020. Cependant, en janvier 2021, l’incidence sur sept jours a fortement augmenté. Le principal moteur était les fêtes de la Saint-Sylvestre en violation des règles de verrouillage.
À Flensburg, les taux d’incidence sur sept jours ont triplé dans les 20 jours suivant le 5 janvier 2021, date de début du groupe d’étude. On pensait que cela était dû aux événements potentiels de grande diffusion lors des fêtes illégales de la Saint-Sylvestre.
Parmi plusieurs infections attribuables à ces parties et certaines sans lien avec elles, la variante britannique a été identifiée pour la première fois le 24 janvier 2021. En dix jours, le nombre d’infections aux COV avait grimpé à près de 150.
Dans le groupe de villes NRW, l’augmentation était d’environ 40%, 20 jours après la date de début. Ceci est plus conforme aux résultats antérieurs.
Comparaison des régions avec les COV
Dans toutes les régions avec un ou plusieurs COV, le taux d’incidence a augmenté de 15/1 000 000. Ceci est comparable à d’autres régions. Supposons que l’échantillon comprenne ceux pour lesquels le COV a été confirmé avant le 22 janvier, ou pour lesquels neuf cas ou plus ont été signalés. Dans ce cas, le taux d’incidence est 37% plus élevé en moyenne, ce qui correspond à 40 cas de plus pour 1,00,000 par rapport aux 109/100,000 dans les régions de comparaison.
La taille de l’effet est plus petite si cette période est prolongée d’une, deux ou trois semaines. Cela suggère que les taux d’infection changent au moment où le COV est documenté.
Étude d’événement de panel
Lorsqu’il est mesuré 20 jours après le début de la période de traitement, le taux d’incidence sur sept jours s’avère presque deux fois plus élevé qu’avant cette période. Les changements les plus importants se produisent dans les régions où il y avait neuf cas ou plus de COV, et des changements plus petits sont observés dans les régions où le COV est apparu avant le 22 janvier.
L’explication peut être que les stratégies de confinement qui ont permis d’isoler les premières infections de COV importées de l’extérieur ont échoué avec le temps.
Quelles sont les implications?
Les chercheurs soulignent que la première date de déclaration des COV dans une région n’est que cela et ne doit pas être considérée comme représentant l’heure d’arrivée réelle de la variante. Les taux de tests de COV spécifiques sont inférieurs en Allemagne aux taux internationaux, ce qui laisse place à de nombreuses infections non reconnues de COV.
L’association entre les cas confirmés de COV et les taux d’incidence sur sept jours ne montre pas directement si les COV sont réellement plus infectieux que les variantes plus anciennes. Enfin, les taux de dépistage peuvent être plus élevés dans les régions où des infections aux COV ont été signalées, ce qui peut lui-même conduire à une augmentation des taux d’incidence par rapport à d’autres régions.
L’étude montre que l’émergence d’un COV fait augmenter les taux d’infection de 10 à 40%. Lorsque les régions à forte numération de COV sont considérées séparément, l’incidence peut doubler ou tripler les taux au niveau local, dans les régions sans COV déclarés.
L’augmentation considérable des infections estimées est inquiétante car les COV peuvent encore ne représenter qu’environ 6% dans la semaine entre le 22 janvier et le 29 janvier 2021. Avec ce faible niveau d’infections par COV dans de nombreuses régions, il est possible que les estimations soient faussées. faible.
Cela ne peut être corrigé qu’en fournissant des informations sur la propagation de ces variantes. « Nous espérons que notre évaluation précoce pourra combler l’éminent manque de connaissances concernant les effets épidémiologiques des COV et informer les autorités chargées de la politique sanitaire de la nécessité de prendre des mesures rapides pour contrôler la transmission locale. «
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique / le comportement lié à la santé ou être traités comme des informations établies.
