Dans une récente étude publiée sur Place de la recherche* serveur de préimpression, et actuellement à l’étude dans un Nature Portfolio Journal, les chercheurs ont caractérisé plus de 100 CD4 spécifiques au coronavirus 2 (SARS-CoV-2) du syndrome respiratoire aigu sévère+ Epitopes des lymphocytes T.
De plus, ils ont cartographié 21 CD4+ Épitopes des lymphocytes T à trois protéines du SRAS-CoV-2 – pointe (S), nucléocapside (N) et membrane (M).
Sommaire
Contexte
CD4+ Les lymphocytes T, un élément clé de l’immunité adaptative, génèrent une réponse plus durable aux infections virales, y compris les infections par le SRAS-CoV-2. Ils dominent également les réponses des lymphocytes T mémoire au SRAS-CoV-2 S chez les individus vaccinés et précédemment infectés.
Cependant, des études basées sur des tests n’ont cartographié que quelques CD4 du SRAS-CoV-2+ épitopes de lymphocytes T utilisant des concentrations élevées de peptides, et en silicone les algorithmes de liaison à l’antigène leucocytaire humain (HLA) ont aidé à déduire les restrictions HLA dans les épitopes. Les trois aspects suivants du CD4 spécifique au SRAS-CoV-2+ Les lymphocytes T sont inconnus –
- la spécificité des CD4+ Réponses des lymphocytes T au niveau de l’épitope,
- la mesure dans laquelle ces réponses réagissent de manière croisée avec d’autres coronavirus humains (HCoV), et
- CD4+ Sensibilité des lymphocytes T aux mutations des variants préoccupants du SRAS-CoV-2 (VOC).
À propos de l’étude
Dans la présente étude, les chercheurs ont prélevé des échantillons de sang de 20 travailleurs de la santé (HCW) infectés par la souche D614G de type sauvage (wt) du SRAS-CoV-2 lors de la première vague de la pandémie de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) au Royaume-Uni (Royaume-Uni) en 2020. De même, ils ont recueilli des échantillons du groupe témoin d’individus qui ont été confirmés séronégatifs pour le SRAS-CoV-2.
Les chercheurs ont isolé des cellules mononucléaires du sang périphérique (PBMC) et du plasma à partir d’échantillons de sang de donneurs et ont généré des PBMC appauvries en CD8 à l’aide de Dynabeads anti-CD8 à > 94 %, tel que mesuré par cytométrie en flux. Ils ont exécuté ex vivo Tests Elispot interféron-gamma (IFNg) sur des PBMC entiers ou appauvris en CD8 pour quantifier les réponses spécifiques à l’antigène, exprimées en cellules formant des taches (sfc) pour 106 cellules.
De plus, l’équipe a utilisé un test immuno-enzymatique (ELISA) pour tester la libération d’IFNg dans le milieu surnageant utilisé pour les lignées de cellules T polyclonales, et un test sérologique multiplex pour quantifier les titres d’anticorps d’immunoglobuline G (IgG) contre le SRAS-CoV-2 Protéines S et N et HCoV de la famille S.
Les chercheurs ont également évalué le CD4 S-spécifique du SARS-CoV-2+ Clones de lymphocytes T contre le SRAS, le coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS), le coronavirus humain (HKU1) et les pepmix OC43 S1 ou S2. Dans la mesure du possible, ils ont testé plusieurs clones de lymphocytes T par épitope.
Enfin, l’équipe a évalué la reconnaissance des COV du SRAS-CoV-2 au niveau de l’épitope, en particulier pour les COV – Alpha (B.1.1.7), Gamma (P1), Beta (B.1.351), Delta (B.1.617 .2) et Omicron (B.1.1.529).
Résultats de l’étude
Les réponses des lymphocytes T CD4 +, à un pepmix témoin d’épitopes restreints au HLA de classe I, ont diminué de manière significative dans les PBMC appauvris en CD8, alors que ces réponses ont augmenté pour les protéines S (S1 et S2), M et N, indiquant ainsi une prédominance de CD4+ Mémoire des lymphocytes T.
Les auteurs ont détecté de faibles réponses à trois protéines du SRAS-CoV-2 dans les PBMC appauvris en CD8 de 14 individus du groupe témoin, sans réponses d’anticorps spécifiques à S ou N, représentant très probablement des cellules T à réaction croisée amorcées par une exposition antérieure aux HCoV.
Lors des tests contre des peptides 20-mer individuels, les auteurs ont noté que le CD4 polyclonal S-spécifique+ La lignée de lymphocytes T a affiché des réponses contre plusieurs peptides, y compris les régions du domaine de liaison au récepteur (RBD), S1 et S2. De même, il a largement répondu aux protéines SARS-CoV-2 M et N, indiquant que le SARS-CoV-2 a induit un large CD4+ Réponse des lymphocytes T.
Les chercheurs ont isolé le CD4+ Clones de cellules T spécifiques de 21 épitopes, épitopes 17 S, 2 N et 2 M, provenant de six participants à l’étude avec différents types HLA-II. Les clones de lymphocytes T spécifiques de 17 épitopes au sein des lignées de cellules lymphoblastoïdes autologues reconnues par S (LCL) pré-exposées à de faibles concentrations de protéine S purifiée, démontrant que la voie de traitement du complexe majeur d’histocompatibilité (MHC) II a généré efficacement les 21 épitopes.
Les auteurs ont également observé que l’infection et la vaccination par le SRAS-CoV-2 induisaient également un large CD4+ Les réponses des lymphocytes T aux épitopes partagés et le génotype HLA-II étaient un déterminant clé de ces réponses.
Tous les clones de lymphocytes T ont montré des niveaux similaires de reconnaissance contre le pepmix S1 ou S2 SARS-CoV-2 et le peptide épitope lié au clone de lymphocyte T. Cependant, ils n’ont détecté aucune réactivité croisée contre tout autre HCoV dans la région S1 plus divergente. Dans l’ensemble, les CD4 spécifiques de l’épitope S+ Les lymphocytes T isolés après une infection par le SRAS-CoV-2 pourraient reconnaître des épitopes hautement homologues dans la région S2 du SRAS, mais n’ont pas réagi de manière croisée avec le MERS ou les HCoV distants, tels que HKU1 et OC43.
Les mutations de COV dans certains épitopes n’ont pas affecté le CD4 spécifique à l’épitope+ reconnaissance des lymphocytes T, tandis que d’autres ont diminué ou supprimé la reconnaissance. Les épitopes avec la plupart des mutations étaient présents dans la région RBD, la cible la plus courante des mutations dans les COV.
Dans l’ensemble, les données mettent en évidence l’ultra-sensibilité du CD4 S-spécifique du SARS-CoV-2+ Les lymphocytes T aux petits changements d’acides aminés (aa) dans les séquences d’épitopes et le potentiel d’évasion d’épitopes par des mutations mineures du SRAS-CoV-2.
conclusion
Les données de l’étude sur les clones de lymphocytes T et ex vivo Les expériences PBMC ont démontré des effets variables des mutations intra-épitopiques sur CD4+ Reconnaissance des lymphocytes T. Bien que l’effet global des mutations ponctuelles soit complexe, les triples délétions aa et les multiples substitutions aa au sein d’épitopes individuels ont eu un impact considérable sur CD4+ Reconnaissance des lymphocytes T.
L’étude a également souligné l’importance de la cartographie des épitopes pour rationaliser la stratification des risques de COV. En outre, il a souligné la nécessité d’une caractérisation minutieuse des CD4 immunodominants+ épitopes des lymphocytes T individuellement.
Tous les travailleurs de la santé avaient une immunité basée sur les anticorps contre les bêta-HCoV endémiques, ce qui correspond à une infection antérieure par ces virus, ce qui indique que les clones de lymphocytes T ont été amorcés par une infection par le SRAS-CoV-2. Surtout, large CD4+ L’épitope des lymphocytes T ciblait une évasion potentiellement limitée par les COV actuels du SRAS-CoV-2. Par conséquent, des efforts continus de surveillance génomique sont justifiés pour aider à identifier de nouvelles mutations conférant CD4+ Capacités d’évasion de l’immunité des lymphocytes T aux COV.
*Avis important
Research Square publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
