Une équipe de chercheurs du Laboratoire national de Los Alamos a récemment publié l’étude la plus complète sur les transitions mondiales des variantes du COVID-19, qui a montré une diversité significative dans la propagation des variantes dans le monde liée aux taux de vaccination, au nombre de variantes co-circulantes et à l’immunité contre une infection antérieure. L’article a été publié dans eBioMedicine.
Ce travail rassemble un ensemble diversifié de flux de données – ; démographique, clinique, comportemental et autres – ; pour vraiment creuser à quoi ressemblaient les transitions de variantes passées à l’échelle mondiale. Cela aide également à identifier les explications possibles pour lesquelles ces transitions différaient si sensiblement à travers la planète. »
Lauren Beesley VanDervort du groupe des sciences statistiques du laboratoire et auteur principal de l’article
Depuis que la première séquence virale du SRAS-CoV-2 est devenue disponible en janvier 2020, il y a eu plus de 660 millions de cas confirmés de COVID-19 dans le monde, entraînant 6,7 millions de décès. Le virus continue d’évoluer et les transitions mondiales vers de nouvelles variantes peuvent générer des vagues de propagation de la maladie.
« Cette étude fournit une vue intégrée des transitions de variantes du SRAS-CoV-2, démontrant que les facteurs contribuant à l’aptitude relative d’une nouvelle variante sont complexes », a déclaré Bette Korber du groupe de biologie théorique et biophysique de Los Alamos. « La vitesse d’une transition et son degré d’achèvement dépendent de l’historique de l’infection par le SRAS-CoV-2 dans la population humaine à travers laquelle elle se déplace. »
L’équipe de recherche a examiné les données pandémiques pour caractériser les différences de vitesse, de calendrier et d’ampleur de 16 transitions de variantes COVID-19 pour 230 pays et régions entre octobre 2020 et janvier 2023. En utilisant ces données, ils ont découvert que les vaccins COVID-19 aidaient à ralentir la vitesse des nouvelles transitions de variantes avant l’émergence de la variante Delta. Cependant, l’évolution virale continue a contribué à de nouvelles vagues de propagation de la maladie, avec des variants viraux qui sont devenus progressivement plus infectieux et résistants aux anticorps protecteurs.
L’équipe a également constaté que la dynamique de transition des variantes historiques différait considérablement d’un endroit à l’autre et était associée aux taux de vaccination, aux taux d’infection antérieurs, au temps écoulé depuis le dernier pic de COVID-19, à la démographie de la population et au nombre de variantes co-circulantes en compétition avec la variante émergente. .
Plus précisément, ils ont découvert qu’une immunité plus forte acquise lors d’une infection antérieure, en raison de taux d’infection antérieurs plus élevés et d’un temps plus court depuis le dernier pic de COVID-19, était associée à des transitions de variants de prévalence maximale plus tardives et plus faibles par rapport aux autres pays. Cela suggère que les nouvelles transitions de variantes peuvent être plus lentes dans les endroits où une importante épidémie de maladie a récemment éclaté.
Alors que des taux de vaccination plus élevés étaient associés à des transitions plus lentes avant les variantes Delta et Mu, Delta et Mu étaient des points d’inflexion clés. Parmi les variantes d’Omicron, cette association a été réduite, conformément à la résistance d’Omicron aux anticorps créés par le vaccin, qui sont un aspect clé de la protection contre l’infection.
« Ce travail peut être en mesure d’éclairer les approches de modélisation qui prévoient comment les variantes émergentes peuvent se comporter pour atténuer leur impact », a déclaré Sara Del Valle du groupe Systèmes d’information et modélisation de Los Alamos.
