Annonce d'une nouvelle publication d'article pour Zoonoses journal. Il a été constaté que la transmission zoonotique du coronavirus respiratoire aigu sévère 2 (SRAS-CoV-2) entraîne des infections chez plus de 30 espèces de mammifères. La protéine de pointe du SRAS-CoV-2 se lie au récepteur de surface cellulaire de l'enzyme de conversion de l'angiotensine 2 (ACE2) de l'hôte pour pénétrer dans la cellule. La conservation de la séquence protéique ACE2 a donc été évaluée pour toutes les espèces, et les espèces présentant des substitutions d'acides aminés dans ACE2 ont été classées comme étant peu susceptibles à l'infection par le SRAS-CoV-2. Cependant, bon nombre de ces espèces ont été infectées par le virus.
Cette étude a examiné la conservation de 24 cibles protéiques de l’hôte, notamment les protéines d’entrée ACE2 et la sérine protéase transmembranaire 2 (TMPRSS2) ; 21 protéines dans la voie de réponse antivirale de l’interféron-I (IFN-I) ; et la téthrine, une protéine qui supprime la libération de nouveaux virions par les cellules. Des approches bioinformatiques, notamment Sequence Alignment to Predict Across Species Susceptibility (SeqAPASS), Molecular Operating Environment (MOE) et le logiciel iCn3D, ont été utilisées pour comparer la similarité des séquences protéiques, les domaines conservés et les acides aminés critiques pour les interactions protéine-protéine hôte-virus. Les types d'interactions de liaison ont été notés et les résultats ont été comparés aux données empiriques indiquant quelles espèces ont été infectées ou non.
Cette approche de voie a révélé que 1) 13 protéines étaient conservées, alors que cinq manquaient de données suffisantes pour déterminer des acides aminés critiques spécifiques ; 2) la variation des interfaces protéine-protéine est tolérée pour de nombreuses substitutions d'acides aminés, et ces substitutions suivent les clades taxonomiques plutôt que d'être en corrélation avec le statut d'infection des espèces déterminé empiriquement ; et 3) quatre protéines (MDA5, NEMO, IRF3 et ISG15) contenaient des domaines potentiels ou des acides aminés spécifiques dont la substitution pourrait entraîner une perturbation de l'IPP.
Ce travail fournit la preuve que certaines substitutions dans quatre protéines de la voie antivirale de l'IFN-I semblent capables de perturber les interactions et peuvent être distinctives des espèces résistantes, aidant ainsi potentiellement à déterminer la probabilité qu'une espèce transmette le SRAS-CoV-2.
