Lexogen, leader des technologies de séquençage d'ARN, est ravi d'annoncer le lancement du kit d'appauvrissement d'ARNr RiboCop pour poissons, une solution dédiée pour faciliter l'analyse du transcriptome des espèces de poissons en éliminant efficacement l'ARN ribosomique (ARNr) indésirable des échantillons d'ARN total.
Analyse du transcriptome sans obstruction pour les poissons
Poisson zèbre (Danio rerio) est un organisme modèle important pour la biologie du développement et est également utilisé comme modèle de maladie humaine pour le criblage de médicaments et la découverte de biomarqueurs. D'autres espèces de poissons sont des indicateurs importants utilisés pour la surveillance environnementale ou pour la production alimentaire en aquaculture. L'analyse du transcriptome de diverses espèces de poissons donne un aperçu des processus de développement et de régulation, permet de surveiller la qualité des conditions environnementales ou de détecter des infections par des agents pathogènes et des réponses immunitaires.
L'ARN total des poissons est principalement composé d'ARN ribosomique (ARNr), qui représente environ 86 % de tous les transcrits. Le kit de déplétion d'ARNr RiboCop pour poissons élimine efficacement l'ARNr cytoplasmique (5,8S, 18S et 28S) et mitochondrial (mt16S, mt12S et 5S) indésirable, offrant une vue complète du transcriptome des poissons. La ribodéplétion permet d'analyser les ARNm codants ainsi que les transcrits non codants et non polyadénylés pour des informations plus approfondies sur les transcriptomes et les réseaux d'expression des poissons couvrant une variété de sous-classes d'ARN.
Intégration transparente avec le séquençage de nouvelle génération
RiboCop utilise un ensemble de sondes d'affinité et un flux de travail sans enzyme qui préserve les transcriptions complètes. Par conséquent, RiboCop est parfaitement adapté aux applications de séquençage de nouvelle génération (NGS) et est également compatible avec le séquençage de lecture longue.
RiboCop for Fish s'intègre parfaitement aux kits de préparation de bibliothèque CORALL RNA-Seq V2 de Lexogen pour le séquençage sur les machines Illumina ou AVITI d'Element. RiboCop est également compatible avec les kits de préparation de bibliothèque d'ARN total à amorçage aléatoire d'autres fournisseurs, garantissant ainsi la flexibilité des flux de travail expérimentaux.
Technologie fiable et co-déplétion pratique en une seule étape pour l'analyse multi-espèces
RiboCop est bien établi pour l'épuisement de l'ARNr et de la globine chez l'homme/la souris/le rat, l'épuisement des échantillons bactériens, des levures et des plantes. Avec l'ajout le plus récent pour l'épuisement des échantillons de poissons, la compatibilité des espèces de RiboCop est encore étendue. Les kits RiboCop peuvent être facilement combinés pour permettre une co-épuisement simultané en une seule étape de l'hôte et du pathogène, offrant ainsi un aperçu des interactions poisson-pathogène, de la réponse immunitaire et des mécanismes de défense.
Le kit de déplétion d'ARNr RiboCop pour poissons est désormais disponible à la commande.
