Dans une récente étude publiée sur bioRxiv* serveur de préimpression, les chercheurs rapportent que les sous-lignées de la variante Omicron du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) échappent efficacement aux réponses immunitaires des lymphocytes B en modifiant les épitopes des anticorps neutralisants.
Comparativement, l’immunité des lymphocytes T, qui cible principalement la protéine de pointe virale (S), est moins susceptible d’être affectée par les variantes du SRAS-CoV-2 et, par conséquent, peut rester efficace pour prévenir les symptômes graves associés à la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19[FEMININE)
Étudier: La perte progressive des sites d’anticorps neutralisant les protéines de pointe conservées dans les sous-lignées omicron est compensée par des épitopes de reconnaissance des lymphocytes T préservés. Crédit d’image : milliards de photos / Shutterstock.com
Sommaire
Arrière plan
Bien que la plupart des mutations virales n’aient pas d’impact significatif sur leurs propriétés, des mutations spécifiques peuvent altérer la transmissibilité virale, la gravité de la maladie et l’efficacité des médicaments thérapeutiques, des outils de diagnostic, des mesures de santé publique et des vaccins. Par conséquent, la menace de ces types de mutations a conduit les scientifiques du monde entier à dépister en continu les variantes émergentes et circulantes du SRAS-CoV-2.
La variante SARS-CoV-2 Omicron a évolué en plusieurs sous-lignées, dont la plus ancienne comprenait BA.1, BA.2, BA.4 et BA.5. Plus récemment, des sous-lignées Omicron supplémentaires, notamment BA.4.6, BF.7, BA.2.75, BA.2.75.2, BQ.1.1 et XBB, ont été identifiées et émergent actuellement comme des souches circulantes dominantes pour remplacer la BA.5 précédemment dominante. .
En plus de comprendre la transmissibilité, la pathogénicité et les propriétés d’évasion immunitaire de ces nouvelles variantes, les chercheurs ont également examiné les schémas immunitaires des populations humaines. Ces schémas sont souvent déterminés par des infections répétées avec des variantes préoccupantes du SRAS-CoV-2 (COV) et des doses de vaccination.
À propos de l’étude
Les chercheurs de la présente étude ont utilisé leur système d’alerte précoce basé sur l’intelligence artificielle et l’apprentissage automatique pour évaluer les réponses immunitaires des individus vaccinés naïfs, ainsi que ceux qui ont subi des infections percées, contre les sous-lignées Omicron BA.4.6, BF. 7, BA.2.75, BA.2.75.2, BQ.1.1 et XBB.
Trois cohortes d’étude ont été évaluées, dont 18 personnes naïves d’infection qui ont reçu trois doses du vaccin à acide ribonucléique messager (ARNm) Pfizer-BioNTech BNT162b2 et étaient âgées de 55 ans ou moins. Quinze personnes âgées de 60 ans ou plus ayant reçu quatre doses de vaccin BNT162b2 ont également été incluses.
De plus, les personnes triplement vaccinées qui ont subi des percées infectieuses avec les sous-lignées Omicron ont été incluses dans l’étude. Quatorze de ces individus étaient infectés par BA.1, 19 étaient infectés par BA.2 et 17 étaient infectés par BA.4/BA.5.
La neutralisation sérique a été évaluée par 50 % de neutralisation du pseudovirus (pVN50) moyenne géométrique des titres (GMT). De plus, un total de 506 épitopes de neutralisation des lymphocytes B au sein de la protéine de pointe ont été examinés pour déterminer le degré auquel la conservation des épitopes des lymphocytes B correspond à la neutralisation croisée de la variante SARS-CoV-2 individuelle.
BA.2.75.2 et XBB échappent à la neutralisation par vaccination et infection par Omicron
Lorsque les sérums d’individus ayant reçu trois et quatre doses de vaccin ont été testés contre BA.4/BA.5, les valeurs de MGT étaient cinq à six fois inférieures à celles de la souche de type sauvage. Des valeurs de MGT similaires ont été rapportées lorsque les sérums d’individus vaccinés infectés par BA.1 ont été testés contre BA.4/BA.5 ; cependant, des antécédents d’infection par BA.2 et BA.4/BA.5 ont entraîné des titres de MGT plus élevés contre BA.4/BA.5.
Les titres neutralisants des trois groupes de patients qui ont subi une percée d’infection étaient plus significatifs contre Omicron BA.4.6/BF.7 et BA.2.75 par rapport aux receveurs naïfs du vaccin SARS-CoV-2. De plus, des titres faibles ont été observés contre BQ.1.1 lorsque les sérums de convalescents naïfs et BA.1 ont été testés, tandis que les convalescents BA.2 et BA.4/BA.5 présentaient des titres neutralisants modérément plus élevés contre ce sous-variant.
Des antécédents de percée d’infection par BA.2 chez des individus vaccinés ont entraîné une plus grande neutralisation croisée contre BA.4/BA.5 et BA.4.6/BF.7 par rapport aux individus triplement vaccinés. Cette neutralisation était encore plus significative après une percée d’infection avec BA.4/BA.5, même lorsque les receveurs du quadruple vaccin étaient pris en compte.
Ces résultats indiquent qu’une infection antérieure avec certaines sous-lignées d’Omicron continue de protéger contre certaines de ces sous-variantes. Cependant, BA.2.75.2 et XBB ont évolué pour échapper avec succès aux réponses d’anticorps neutralisants chez les individus vaccinés naïfs et chez ceux qui ont subi une infection percée avec des sous-variantes précédentes d’Omicron.
Conservation des épitopes des lymphocytes B et des lymphocytes T
Sur les 506 épitopes neutralisants des lymphocytes B analysés, 91 % comprenaient une position altérée par au moins une variante du SARS-CoV-2. Bien que jusqu’à 43 % des épitopes des cellules B aient été partiellement conservés dans les variantes Alpha, Beta et Delta, cette conservation a considérablement diminué à moins de 22 % dans la variante Omicron BA.1 et à moins de 12 % dans BA.2.75.2 et les sous-variantes XBB.
Un total de 260 séquences uniques d’épitopes de classe I de l’antigène leucocytaire humain (HLA) ont été analysées, dont 244 ont été trouvées dans la protéine de pointe de type sauvage du SRAS-CoV-2. Parmi ces épitopes, environ 27 % comprenaient une position mutée dans au moins une variante analysée du SARS-CoV-2. A l’inverse, sur les 468 épitopes HLA de classe II analysés, 49% étaient localisés dans une région mutée.
Néanmoins, environ 90% des CD8+ et CD4+ Les épitopes des lymphocytes T ont été conservés dans les variantes Alpha, Beta et Delta. De même, des taux élevés de 80 % et d’environ 70 % de CD8+ et CD4+ La conservation des épitopes des lymphocytes T a été observée dans les souches Omicron BA.2.75.2, BQ.1.1 et XBB.
Cette découverte est cohérente avec les preuves précédentes qui décrivent le maintien de l’immunité des lymphocytes T contre les sous-variants d’Omicron chez les personnes ayant des antécédents d’infection de type sauvage par le SRAS-CoV-2.
Les épitopes des lymphocytes T de la glycoprotéine SARS-CoV-2 S de type sauvage, mais pas les épitopes des anticorps neutralisants, sont largement conservés dans toutes les variantes.
conclusion
Les résultats de l’étude indiquent que les COV du SRAS-CoV-2 sont moins susceptibles de violer l’immunité à médiation cellulaire T au niveau de la population. Ainsi, l’immunité des lymphocytes T peut limiter efficacement les symptômes graves du COVID-19, même en l’absence d’anticorps neutralisants.
Pris ensemble, ces résultats soulignent l’importance de renforcer l’immunité des lymphocytes T grâce à des stratégies vaccinales ciblées qui induisent CD8+ Immunité des lymphocytes T en plus de la production d’anticorps.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
