L’Agence britannique de sécurité sanitaire (UKHSA) a publié aujourd’hui sa stratégie de génomique des agents pathogènes, établissant un plan quinquennal pour le rôle de l’organisation dans la diffusion plus large de la génomique des agents pathogènes afin de se préparer et de répondre aux menaces de maladies infectieuses pour la santé publique.
La nouvelle stratégie définit un programme visant à améliorer la capacité de l’UKHSA à détecter et à comprendre les agents pathogènes qui présentent les plus grands risques pour la population britannique, ce qui contribuera à garantir que les décisions politiques et de santé publique reposent sur les meilleures preuves scientifiques possibles.
Le séquençage des génomes pathogènes pour examiner leur code génétique peut révéler des informations vitales sur leur identité et leur ascendance. Lorsqu’elle est combinée à d’autres données et recherches sur la santé, elle devient un outil puissant pour comprendre comment un agent pathogène se comporte dans une population humaine et pourquoi.
Nous pouvons utiliser la génomique pour détecter de nouvelles menaces, pour :
- identifier les épidémies et trouver leur source
- suivre la transmission des maladies entre les personnes
- comprendre si les réponses immunitaires humaines seront protectrices
- choisir les vaccins les plus efficaces pour la population
- détecter la résistance aux antimicrobiens et déterminer les traitements optimaux pour les individus
La réponse à la pandémie de COVID-19 nous a montré que la génomique peut être pleinement intégrée aux systèmes de santé publique et éclairer la prise de décision aux niveaux local, national et mondial. Le Royaume-Uni a soumis plus de 3 millions de séquences du SRAS-CoV-2 à l’international GISAID base de données au cours de la pandémie, soit un quart du total mondial et plus que tout autre pays à l’exception des États-Unis.
Depuis lors, la génomique a continué de montrer sa valeur : elle identifie les épidémies d’origine alimentaire, nous aide à évaluer le risque lié à des agents pathogènes émergents comme le mpox et la grippe et aide à éclairer le choix du traitement pour des maladies comme la tuberculose.
La stratégie de génomique des agents pathogènes de l’UKHSA reconnaît que la génomique des agents pathogènes est un élément crucial du contrôle moderne des maladies infectieuses et garantira que le Royaume-Uni reste à l’avant-garde de la recherche génomique, développant et mettant en œuvre la génomique au profit de la santé publique, protégeant les vies et les moyens de subsistance.
En tirant parti des infrastructures, des capacités et des capacités scientifiques existantes, la stratégie décrit la vision de l’UKHSA en matière de génomique des agents pathogènes au cours des cinq prochaines années à travers sept objectifs stratégiques. Ceux-ci sont:
- utiliser les données génomiques des agents pathogènes pour optimiser la prise de décision clinique/de santé publique, du local au mondial ;
- utiliser les données génomiques des agents pathogènes pour améliorer les diagnostics, les vaccins et les traitements ;
- fournir un service de génomique des agents pathogènes coordonné et élargi à l’échelle nationale ;
- soutenir une transformation de la main-d’œuvre en génomique des agents pathogènes au sein et au-delà de l’UKHSA ;
- s’engager en faveur du partage de données génomiques sur les pathogènes et de la collaboration mondiale ;
- stimuler l’innovation en génomique des agents pathogènes ;
- créer des services génomiques d’agents pathogènes à fort impact et avec un bon rapport qualité-prix
Chacun de ces objectifs stratégiques soutiendra et renforcera les capacités du Royaume-Uni dans 3 domaines prioritaires de santé publique, directement alignés sur les priorités de l’UKHSA :
- résistance aux antimicrobiens;
- infections émergentes et biosécurité ;
- maladies évitables par la vaccination et programmes d’élimination.
M. Meera Chand, directeur adjoint pour les infections émergentes et responsable clinique du programme de génomique à l’UKHSA, a déclaré :
La génomique des agents pathogènes est un élément essentiel de la capacité du monde à réagir rapidement aux menaces de maladies infectieuses, que ce soit en augmentant la vitesse à laquelle nous pouvons identifier les agents pathogènes émergents ou contrôler les épidémies, ou en améliorant notre compréhension des traitements ou des vaccins qui pourraient être efficaces.
La nouvelle stratégie génomique des agents pathogènes de l’UKHSA nous fournira un cadre pour nous appuyer sur notre capacité déjà importante dans ce domaine et pour mettre en œuvre la génomique dans tous nos travaux afin de protéger le public des menaces pour sa santé.
Le professeur Dame Jenny Harries, directrice générale de l’UKHSA, a déclaré :
Les experts britanniques dans le domaine de la génomique des agents pathogènes ont apporté une contribution essentielle à la réponse à la pandémie de COVID-19 et la génomique des agents pathogènes reste au cœur des efforts nationaux et internationaux visant à protéger le public de nombreux autres types de menaces de maladies infectieuses, de la tuberculose au mpox et aux maladies aviaires. grippe.
Nous savons que cela deviendra encore plus important dans les années à venir, et notre nouvelle stratégie garantira que l’UKHSA continue d’être à l’avant-garde de la mise en œuvre de cette technologie pour assurer la sécurité de nos communautés, sauver des vies et protéger les moyens de subsistance.
La ministre de la Stratégie pour la santé des femmes, Maria Caulfield, a déclaré :
Détecter les nouvelles menaces de maladies infectieuses, identifier les épidémies et trouver leur source, ainsi que suivre la transmission des maladies à travers la communauté sont d’une importance cruciale pour protéger le pays des menaces pour la santé publique.
Cette nouvelle stratégie publiée par l’UKHSA nous aidera à identifier et à analyser les agents pathogènes qui représentent la plus grande menace pour la population britannique, et à y répondre rapidement et efficacement. »
Sommaire
Études de cas sur l’impact récent de UKHSA Genomics
Salmonelle
En avril 2022, l’UKHSA a utilisé le séquençage du génome entier (WGS) pour identifier et éclairer la réponse aux produits chocolatés contaminés. Le chocolat était contaminé par un type très distinct de salmonelle, issu d’un groupe génétique jamais vu auparavant au Royaume-Uni.
Avant l’avènement du génotypage, nous ne pouvions pas toujours confirmer avec certitude quels organismes étaient présents dans les produits contaminés, ce qui entravait la prise de décision concernant les rappels d’aliments. Désormais, le séquençage du génome fournit la base de données probantes nécessaire pour éclairer ces décisions avec un niveau de confiance bien plus élevé.
La notification précoce de la détection de l’épidémie, ainsi que les enquêtes épidémiologiques et le partage rapide des informations sur la séquence microbiologique, ont permis de confirmer le lien entre les produits de l’entreprise et l’épidémie. Surveillance de routine à l’aide WGS était crucial dans la détection du groupe génétique unique.
Suite à l’alerte, les comparaisons des données britanniques avec les séquences nationales d’autres pays ont révélé davantage de cas liés à l’épidémie dans toute l’Europe. Une enquête plus vaste menée dans plusieurs pays a été lancée et a abouti à l’identification de produits chocolatés provenant de la même entreprise que la source de l’épidémie.
Variante du SRAS-CoV2 : Alpha
En mars 2020, alors qu’ils enquêtaient sur une augmentation inexpliquée des cas de COVID-19 dans le Kent, des scientifiques de l’organisation prédécesseur de l’UKHSA, Public Health England, ont séquencé les génomes d’échantillons prélevés sur des personnes atteintes de COVID-19.
Leur analyse a montré qu’un grand nombre de ces séquences étaient très similaires et génomiquement distinctes des autres échantillons de SARS-CoV-2 séquencés jusqu’alors au Royaume-Uni. Il s’agissait de la première identification de la variante Alpha du SRAS-CoV-2, une variante avec des niveaux de transmissibilité beaucoup plus élevés que les variantes dominantes de l’époque.
Sans l’utilisation du séquençage génomique, il aurait fallu beaucoup plus de temps aux responsables de la santé publique pour comprendre l’importance de l’augmentation des cas dans le Kent, et les interventions visant à ralentir sa propagation auraient été considérablement retardées. En fait, le recours au séquençage génomique a permis d’éviter l’hospitalisation, voire le décès, d’un nombre bien plus important de personnes.
Variante du SRAS-CoV2 : Omicron
En novembre 2021, le programme de séquençage génomique de l’UKHSA a identifié les premiers cas de la variante Omicron du SRAS-CoV-2 au Royaume-Uni, après avoir été précédemment identifié en Afrique du Sud, au Botswana et à Hong Kong.
La rapidité de cette détection – qui n’aurait pas été possible sans le séquençage du génome entier (WGS) – a permis aux équipes de protection de la santé du Royaume-Uni de prendre des mesures rapides pour ralentir sa propagation.
Omicron est devenu la variante dominante du SRAS-CoV-2 dans le monde, mais le retard avec lequel l’utilisation de WGS Le rachat du Royaume-Uni signifiait une fois de plus que des interventions pouvaient être mises en place avant qu’il ne prenne le relais, réduisant ainsi son impact potentiel et réduisant le nombre de personnes risquant d’être hospitalisées ou décédées.
Variante du SRAS-CoV2 : BA.2.86
L’année dernière, les scientifiques ont utilisé des données de séquence globales pour identifier une lignée du SRAS-CoV2 présentant une mutation inhabituelle. Une fois reconnus comme une nouvelle variante, nous avons pu suivre son apparition au Royaume-Uni et identifier et contrôler rapidement les épidémies locales.
Notre connaissance des mutations nous a rapidement permis d’établir l’efficacité des vaccins et des tests de diagnostic via un programme de travaux de laboratoire visant à déterminer que les vaccins et dispositifs à flux latéral (LFD) actuels étaient efficaces contre BA.2.86.
Tuberculose (tuberculose) et la résistance aux antimicrobiens (RAM)
En 2017, Public Health England (PHE), l’une des organisations qui ont précédé l’UKHSA, a annoncé son utilisation pionnière du séquençage du génome entier (WGS) dans le diagnostic et la gestion tuberculose. Le Royaume-Uni utilise désormais WGS comme outil de routine dans tuberculose surveillance, ce qui le distingue de la plupart de ses voisins européens.
Avant l’adoption de WGS dans les laboratoires, notre capacité à retracer la propagation tuberculose entre les gens était beaucoup plus limité et moins précis.
Pour dresser un tableau de la façon dont le virus pourrait se propager à travers les populations, les scientifiques déterminent d’abord si différents cas de tuberculose sont liés.
Les méthodes précédentes reposaient sur l’identification de segments répétitifs trouvés dans le code génétique de la bactérie, puis sur leur comparaison à ceux trouvés dans les bactéries provenant d’autres échantillons. En revanche, le séquençage du génome entier prend l’intégralité du code génétique de tuberculose bactéries provenant de différents échantillons, ce qui permet de les comparer à un niveau très détaillé.
Depuis 2015, de nombreuses améliorations ont été apportées tuberculose diagnostics grâce à l’introduction du séquençage du génome entier, y compris la capacité de déterminer et de surveiller tuberculose transmission, réduire le délai de diagnostic des nouveaux cas de plus d’un mois à un peu plus d’une semaine et faire les choix de traitement les mieux adaptés à chaque individu – ralentissant ainsi la progression de la résistance aux antimicrobiens dans les pays multirésistants. tuberculose.
Alors qu’auparavant, cela pouvait prendre jusqu’à un mois pour confirmer un diagnostic de tuberculose, confirmer les choix thérapeutiques et détecter la propagation entre les cas, cela peut désormais se faire en un peu plus d’une semaine. Cela ralentit la propagation de la maladie, permet de choisir les médicaments appropriés et contribue à la lutte contre la résistance aux antimicrobiens.
