Depuis le début de la pandémie de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19), l’évolution génomique du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) a été largement rapportée. En raison de mutations génomiques, plusieurs variantes du SRAS-CoV-2 sont apparues et ont été classées comme variantes préoccupantes (VOC) et variantes d’intérêt (VOI) par l’Organisation mondiale de la santé (OMS) en fonction de leur transmissibilité, de leur capacité à échapper au système immunitaire réactions et virulence.
Étude : Un modèle de répétition des événements de fondateur pour les variantes SARS-CoV-2 en Alaska. Crédit d’image : hyotographies / Shutterstock.com
Sommaire
Arrière plan
Certaines variantes du SRAS-CoV-2, en particulier les COV, ont réduit l’efficacité des vaccins COVID-19 disponibles ; ainsi, leur circulation a augmenté les taux d’infection à l’échelle mondiale. Semblable à de nombreuses régions du monde, l’Alaska a connu une propagation accrue de la variante SARS-CoV-2 Alpha (B.1.1.7) entre la fin de 2020 et le début de 2021. L’Alaska est considéré comme un État distinct aux États-Unis en tant que résultat de sa grande taille, de sa population unique, diversifiée et dense, et de sa distance physique des États-Unis contigus.
Contrairement à d’autres régions contiguës des États-Unis, l’Alaska a été principalement touché par la lignée B.1.1.519 au début de 2021. Au cours de la même période, les chercheurs ont observé 77,9 % de la prévalence de B.1.1.51 en Alaska, contre 4,9 % dans les autres régions. États américains contigus. Cette découverte indique un événement fondateur B.1.1.519 en Alaska.
Bien qu’initialement l’Alaska et d’autres États américains aient présenté des schémas différentiels associés à des variantes du SRAS-CoV-2 à circulation dominante, les deux régions ont finalement présenté un schéma similaire au cours des ondes à dominante delta et omicron. Bien que l’incidence de la variante Omicron en Alaska et dans d’autres États américains soit similaire, l’émergence de sous-lignées au sein de la classification plus large des variantes était différente.
Plusieurs études ont indiqué que les sous-lignées Omicron présentent une divergence significative qui a un impact sur les réponses immunitaires. Ces sous-lignées présentent le risque d’infections récurrentes, ce qui pourrait prolonger la pandémie de COVID-19.
À propos de l’étude
Une nouvelle étude publiée sur le medRxiv* Le serveur de préimpression évalue le schéma d’émergence de la variante SARS-CoV-2 à travers l’Alaska. La sous-lignée Omicron rapportée dans la présente étude, BA.2.3, contient plusieurs mutations, dont L140F dans la protéine à cadre de lecture ouvert (ORF3a), ainsi que A2909V dans ORF1a. Ces mutations sont responsables de la capacité du variant à échapper aux réponses immunitaires et à l’augmentation du taux de réplication.
Dans cette étude, les chercheurs ont obtenu des séquences génomiques de l’Initiative mondiale sur le partage de toutes les données sur la grippe (GISAID) pour étudier le schéma d’incidence et de transmission de la sous-lignée Omicron BA.2.3, également connue sous le nom de B.1.1.529.2.3, dans Alaska. Ici, les scientifiques ont comparé ce schéma avec le schéma d’émergence du SRAS-CoV-2 associé au « bas », qui fait référence aux États des États-Unis contigus, ainsi qu’à d’autres États américains majeurs, dont New York, la Californie et Washington.
Résultats de l’étude
Une prévalence plus élevée de la lignée Omicron BA.2.3 a été signalée en Alaska par rapport au Bas. Pour étudier le modèle d’émergence, les scientifiques ont déterminé la date de la première détection et l’incidence de BA.2.3 dans les deux régions.
À cette fin, les chercheurs ont observé que la variante Omicron avait été signalée pour la première fois dans la région d’Anchorage-Mat Su en Alaska, qui est une zone densément peuplée le 19 décembre 2021. Peu de temps après son incidence, cette variante a remplacé la variante Delta préexistante. et est devenue la souche dominante en Alaska et dans le Bas.
La sous-lignée Omicron BA.1.1 a prévalu à la fois en Alaska (66,3%) et dans le Bas (67,2%). Pendant ce temps, la sous-lignée Omicron BA.2 a été détectée dans certaines parties des États-Unis
Au 16 janvier 2022, bien que la région inférieure ait présenté une prévalence de 0,2% de BA.2, l’Alaska n’a montré aucune prévalence de ce type. Au cours de la même période, l’Alaska a signalé une incidence de 2,7% de la sous-lignée BA.2.3 (2,7%), ce qui est comparable à la prévalence de 0,1% signalée dans le Bas.
Le pourcentage de séquences par semaine (prévalence estimée) colorées par les lignées SARS-CoV-2 détectées du 2021-11-28 au 2022-04-03 dans (A) l’Alaska et (B) les 48 inférieurs. Lignées BA d’Omicron sauf BA .1.1, BA.2 et BA.2.3 sont regroupés en B.1.1.529. BA.2 inclut toutes les sous-lignées de BA.2 détectées à l’exception de BA.2.3.
Peu de temps après, les cas de BA.2.3 ont considérablement augmenté en Alaska à 45,3% par rapport au Bas (6,1%), à New York (5,5%), à Washington (17,6%) et en Californie (16,2%). Cette différence de prévalence met en évidence les schémas divergents de BA.2.3.
Le pourcentage de séquences par semaine (prévalence estimée) appartenant à BA.2.3 colorées par des États comme l’Alaska, la Californie, New York et Washington détectées du 2021-11-28 au 2022-04-03.
La composition des lignées SARS-CoV-2 en Alaska et dans le Bas contenait des ensembles différentiels de mutations. L’absence d’autres lignées en Alaska a permis la fondation de BA.2.3 dans la population. La variation spatio-temporelle de l’incidence et de la transmission des lignées du SRAS-CoV-2 a été identifiée sur une vaste zone géographique.
L’Alaska contient six régions économiques définies par le Département américain du travail et du développement de la main-d’œuvre, qui comprenait les régions du sud-ouest, d’Anchorage-Mat Su, de la côte du golfe, de l’intérieur, du sud-est et du nord. Des études de modèles ont montré que parmi les régions économiques de l’Alaska, la côte du Golfe a enregistré la première détection du BA.2.3., Qui est finalement devenu la souche dominante en circulation de la région.
conclusion
Dans l’étude actuelle, le référentiel GISAID a été utilisé pour démontrer les modèles d’émergence et de transmission distincts de la sous-lignée SARS-CoV-2 Omicron BA.2.3 en Alaska par rapport aux régions inférieures et autres des États-Unis. origines des cas BA.2.3 en Alaska et sa propagation dans la région économique de l’État. L’emplacement unique de l’Alaska pourrait influencer l’émergence de variantes distinctes du SRAS-CoV-2.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.