Une étude récente publiée sur bioRxiv* Le serveur de préimpression a évalué l’impact des mutations dans les variantes préoccupantes (COV) du coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère-2 (SRAS-CoV-2) sur les lymphocytes T, en particulier sur la protéine de pointe (S) du SRAS-CoV-2.
Étudier: Mutations des variantes du SRAS-CoV-2 préoccupantes échappant aux lymphocytes T spécifiques de Spike. Crédit d’image : Imilian/Shutterstock
L’une des caractéristiques uniques des organismes vivants est qu’ils évoluent et s’adaptent aux changements environnementaux. Les mutations sont acquises au hasard lors de la réplication et celles qui présentent des avantages et une persistance deviennent sélectivement dominantes, tandis que les mutations nocives ou neutres sont éliminées. Le SRAS-CoV-2, qui cause la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19), a évolué au cours des deux dernières années, acquérant de nombreuses mutations principalement dans sa protéine S, qui est impliquée dans l’entrée dans la cellule hôte, et est apparu comme de nouvelles variantes avec une amélioration caractéristiques. Environ cinq COV ont été identifiés à ce jour et la variante SARS-CoV-2 Omicron est le dernier COV à émerger avec plus de 30 substitutions.
Malgré les campagnes de vaccination massives, les infections au COVID-19 continuent d’augmenter avec plusieurs rapports de cas de percée vaccinale et de réinfections documentés lors de la dernière poussée provoquée par la variante Omicron. Un vaccin contre le SARS-CoV-2 provoque des réponses immunitaires en sensibilisant les lymphocytes B et T. Les lymphocytes B produisent des immunoglobulines contre l’antigène SARS-CoV-2 qui circulent dans la circulation sanguine et les lymphocytes T effecteurs agissent sur les cellules hôtes infectées. Les individus infectés ou vaccinés conservent la mémoire de l’exposition antigénique et maintiennent un petit sous-ensemble de cellules B et T sensibilisées comme cellules mémoire pour contrer les expositions futures à l’antigène.
Sommaire
L’étude
Dans la présente étude, les chercheurs ont évalué les effets des mutations des COV du SRAS-CoV-2 sur les réponses des lymphocytes T chez les personnes vaccinées et convalescentes. Les lymphocytes T spécifiques de la protéine S ont été quantifiés chez 35 et 31 individus convalescents, respectivement, par le test ELISpot à l’interféron (IFN)-γ.
La réactivité des lymphocytes T a été testée contre sept pools de peptides de 33 à 39 15-mères se chevauchant couvrant approximativement une longueur de 180 à 200 acides aminés (AA). Le sang total de 100 personnes vaccinées avec le vaccin BNT162b2 a été stimulé avec trois pools de peptides couvrant 1) la région S entière (253 peptides), 2) les régions mutées de la protéine Delta S (24 peptides) et 3) la même région que 2 mais sans substitutions ou délétions pour observer les réponses des lymphocytes T spécifiques de la protéine S.
Résultats
Les auteurs ont observé une hétérogénéité considérable dans la quantité de cellules T et ont noté que la plupart des individus avaient des cellules T spécifiques de la protéine S reconnaissant les sept pools. Cependant, la réactivité des lymphocytes T était plus élevée contre un pool de peptides spécifique couvrant la région de pointe 886-1085 chez 65 % et 34 % des individus vaccinés et convalescents. Ce tronçon est assez conservé à travers les COV, mais quelques mutations sont observées dans cette région dans les variantes Alpha (S982A), Gamma (T1027I), Delta (D950N) et Omicron (S954H, S969K et S981F).
Les auteurs ont noté une réduction de 20 % des réponses des lymphocytes T spécifiques du S chez environ 3 % des donneurs vaccinés. L’équipe a étudié l’impact combiné des mutations communes à cinq COV et a observé que la combinaison de 30 substitutions réduisait la réponse des lymphocytes T de 11 % chez les personnes vaccinées et de 15 % chez les personnes convalescentes.
Les lymphocytes T ont pu proliférer après stimulation avec un seul pool de peptides couvrant toute la région S pour caractériser la spécificité de l’épitope et le phénotype CD4 ou CD8 dans les lymphocytes T induits par le vaccin et induits par l’infection. Environ 18 et 17 épitopes distincts des lymphocytes T CD4 et CD8, respectivement, ont été trouvés et les chercheurs ont rapporté que plus de la moitié d’entre eux pouvaient reconnaître 30 mutations distinctes sur 55 observées dans cinq COV.
De plus, les mutations L452R et N501Y ont montré un effet inhibiteur sur la reconnaissance des lymphocytes T CD8 et une analyse plus approfondie a confirmé que la mutation N501Y pouvait complètement annuler la reconnaissance des lymphocytes T CD8.
conclusion
Les travaux en cours ont démontré la multi-spécificité des lymphocytes T spécifiques de S et la hiérarchie entre les lymphocytes T pour reconnaître différentes régions de la protéine S. Une région de la protéine de pointe (886-1082) a été sélectivement ciblée par les cellules T, qui ont des sites mutants observés dans les variantes Alpha, Gamma, Delta et Omicron. De plus, il a été constaté que la combinaison de mutations observées dans divers COV était assez tolérée par les lymphocytes T, ce qui indique la préservation des réponses des lymphocytes T contre la variante Omicron.
Plus particulièrement, les auteurs ont observé que la reconnaissance des cellules CD8 était abolie par la mutation N501Y dans un échantillon. Il a été proposé que les mutations d’évasion immunitaire sont sélectionnées chez les patients atteints d’infections virales chroniques et que la mutation d’évasion immunitaire dans une variante était peu susceptible de provoquer un effet généralisé dans une population plus large. Cependant, les variantes présentant une infectiosité accrue et des caractéristiques d’évasion immunitaire pourraient avoir un impact négatif sur une partie plus large de la population.
*Avis important
bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies
