Dans une étude récente, des chercheurs japonais rapportent que la nouvelle variante du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2), Omicron, a une stabilité environnementale plus élevée que les variantes précédentes.
Étude : Différences de stabilité environnementale parmi les variantes préoccupantes du SARS-CoV-2 : Omicron a une plus grande stabilité. Ajustement Ztudio/Shutterstock
L’étude, publiée sur le serveur de prépublication bioRxiv*, a comparé la souche SARS-CoV-2 Wuhan et les variantes préoccupantes (COV) – variantes Alpha, Beta, Delta et Omicron pour leur capacité de survie et leur infectiosité.
À l’aide de modèles de peau humaine construits et de substrats en plastique, les chercheurs ont évalué la stabilité environnementale des variantes
Sommaire
introduction
Comprendre la pathogenèse du SRAS-CoV-2 et sa stabilité dans l’environnement est essentiel pour atténuer la pandémie en cours qui a causé des dommages débilitants à l’échelle mondiale.
Dès les premiers jours, le virus ancestral SARS-CoV-2 a montré une transmissibilité élevée. Avec l’émergence de nombreuses variantes, le virus a acquis une transmissibilité plus élevée, comme en témoigne le nombre de cas d’infection malgré les vaccins et les confinements dans le monde entier.
Plusieurs facteurs sont attribués à l’infectiosité et à la transmissibilité accrues du SRAS-CoV-2, telles qu’une augmentation de la charge virale excrétée par les personnes infectées, une période d’excrétion virale prolongée, une diminution de la charge virale minimale requise pour établir l’infection, des modifications du site cible de l’infection , et une stabilité environnementale accrue.
Cependant, à ce jour, aucune étude ne compare directement en détail la stabilité du virus ancestral et de ses variantes préoccupantes et ne rend compte de leur stabilité environnementale. Il existe des études antérieures qui ont rapporté que l’Alpha (lignée Pango : B.1.1.7) et Beta (lignée Pango : B.1.351) ont une stabilité similaire. Certaines études ont comparé la stabilité du SARS-CoV-2 avec celle du coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-1) et du virus de la grippe.
La présente étude a évalué précisément les différences de stabilité virale de la souche Wuhan (lignée Pango : A) et de tous les COV, y compris les Omicron (lignée Pango : B.1.1.529) et Delta (lignée Pango : B.1.617.2) une variante. Ils ont également analysé l’efficacité de la désinfection entre la souche Wuhan et tous les COV.
L’étude
Tous les virus (souche Wuhan (lignée Pango : A, hCoV-19/Japon/TY/WK-521/2019), variante Alpha (lignée Pango : B.1.1.7, hCoV-19/Japon/QK002/2020), bêta variante (lignée Pango : B.1.351, hCoV-19/Japon/TY8-612/2021), variante Gamma (lignée Pango : P.1, hCoV-19/Japon/TY7-501/2021), variante Delta (lignée Pango : B.1.617.2, hCoV-19/Japan/TY11-927/2021) et la variante Omicron (lignée Pango : B.1.1.529, hCoV-19/Japan/TY38-873/2021)) dans l’étude étaient fourni par l’Institut national des maladies infectieuses (Tokyo, Japon). Les chercheurs ont utilisé les cellules VeroE6/TMPRSS2 pour cultiver les virus.
Les chercheurs ont évalué la stabilité du virus sur des surfaces en plastique (plaque de polystyrène) et en peau humaine. À l’aide de la peau humaine prélevée sur des échantillons d’autopsie médico-légale, les chercheurs ont mis au point un ex vivo maquette.
Après avoir appliqué le virus sur la surface en plastique/peau, ils ont testé la capacité de survie du virus. Ils ont évalué la stabilité de différents virus à la surface du modèle de peau humaine et ont également découvert l’efficacité de différents désinfectants contre les virus sur la peau humaine. Les désinfectants à base d’alcool, l’éthanol et l’isopropanol ont été utilisés dans l’étude.
Les chercheurs ont défini la limite de détection du titre du virus restant à la surface comme étant de 100,5 TCID50, et le temps de survie comme le temps jusqu’à ce que le virus à la surface ne soit plus détecté.
Sur la surface en plastique, les chercheurs ont analysé les temps de survie de la souche Wuhan, de la variante Alpha, de la variante Beta, de la variante Gamma, de la variante Delta et de la variante Omicron à 56,0 h, 191,3 h, 156,6 h, 59,3 h, 114,0 h et 193,5 h, respectivement.
Sur la surface de la peau humaine, ils ont analysé les temps de survie de la souche Wuhan, de la variante Alpha, de la variante Beta, de la variante Gamma, de la variante Delta et de la variante Omicron à 8,6 h, 19,6 h, 19,1 h, 11,0 h, 16,8 h et 21,1 h, respectivement ; avec la variante Omicron ayant le temps de survie le plus long. Les chercheurs ont rapporté que les valeurs de demi-vie avaient la même tendance que le temps de survie.
Les désinfectants étaient efficaces contre tous les virus en 15 secondes. Cependant, les COV étaient légèrement plus résistants que la souche Wuhan. Sur la peau humaine, un ex vivo l’évaluation a montré une inactivation complète de tous les virus avec une exposition à 35 % d’éthanol en 15 secondes. Par conséquent, les chercheurs recommandent fortement de poursuivre le protocole actuel de pratiques d’hygiène des mains pour le contrôle des infections, comme l’a conseillé l’Organisation mondiale de la santé.
Ainsi, cette étude a montré que sur les surfaces plastiques et cutanées, les COV présentaient des temps de survie plus de deux fois plus longs que ceux de la souche Wuhan et restaient infectieux sur les surfaces cutanées pendant plus de 16h.
Limites de l’étude
L’étude n’aborde pas les raisons de la plus grande stabilité environnementale observée des variantes.
D’autres recherches utilisant des virus recombinants pourraient identifier les facteurs à l’origine de cela, ont observé les chercheurs. Fait important, le temps de survie évalué et la demi-vie dans cette étude dépendent de l’environnement externe et de la composition du liquide corporel.
Dans cette étude, le virus a été ultracentrifugé et dispersé dans du solvant PBS (phosphate buffer saline). Par conséquent, il est susceptible de changer en fonction du nombre de variables dans l’environnement.
De plus, la relation entre la charge virale à la surface et le risque de transmission n’est pas claire.
Par conséquent, il pourrait être raisonnable d’interpréter la valeur du temps de survie dans cette étude comme une valeur de référence », ont observé les chercheurs dans l’article.
Conclusion
Les informations sur la stabilité du virus et de ses variantes responsables de la pandémie en cours sont cruciales pour le contrôle et l’atténuation des infections. Cette étude a examiné la stabilité environnementale du SRAS-CoV-2 et de ses variantes préoccupantes. Il a montré que la variante Omicron a la stabilité environnementale la plus élevée parmi les COV ; évocateur de la façon dont Omicron a rapidement remplacé la variante Delta et s’est férocement répandu à travers le monde.
De plus, ces découvertes contribueront grandement à élucider le mécanisme de propagation des COV avec l’ajout d’analyses génétiques, concluent les chercheurs.
*Avis important
bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
