Optibrium, l'un des principaux développeurs de logiciels et de solutions d'IA pour la conception moléculaire, a annoncé aujourd'hui la publication d'une étude évaluée par des pairs dans le Journal of Computer-Aided Molecular Design, « Structure-Based Pose Prediction : Non-cognate Docking Extended to Macrocylic Ligands ». L'article démontre que Surflex-Dock peut prédire avec précision la conformation et l'orientation (pose) de liaison de ligands inconnus (non apparentés), y compris les macrocycles.
L'amarrage moléculaire est un processus relativement simple pour ré-amarrer des ligands connus (apparents) de protéines, présentant des taux de réussite très élevés. Cependant, dans toute application réelle, il est inconnu partenaires de liaison qui font l'objet d'investigations, comme la prédiction du mode de liaison d'un ligand candidat au cours d'un processus de conception de médicament. La prévision des interactions de liaison dans ces scénarios est appelée amarrage moléculaire non apparenté, qui a généralement un taux de réussite beaucoup plus faible. L'amarrage non apparenté est particulièrement difficile pour les composés macrocycliques compte tenu de leur taille et de leur flexibilité.
À l’aide d’un ensemble de données d’environ 1 000 ligands, l’étude a comparé différentes méthodes d’amarrage moléculaire pour prédire la liaison non apparentée de ligands non macrocycliques et macrocycliques. Grâce à la méthode Surflex-Dock, les poses correctes parmi les deux prédictions les mieux classées ont été identifiées dans 80 % des cas, un taux de réussite bien supérieur à ceux observés pour AutoDock Vina et Gnina, en particulier pour les ligands macrocycliques. En fait, les performances d'amarrage des macrocycles non apparentés de la méthode d'Optibrium rivalisent avec d'autres rapports sur l'amarrage de petites molécules non apparentées aux macrocycles.
En plus de démontrer les performances exceptionnelles de Surflex-Dock pour des scénarios d'amarrage complexes, l'article fournit une référence à la communauté pour déterminer le succès d'autres méthodes sur des applications de conception moléculaire réelles.
Cet article rapporte, pour la première fois, des résultats très précis pour la prédiction de la conformation et de l'orientation des ligands macrocycliques qui correspondent à la précision démontrée pour divers ligands non macrocycliques. Surtout, les résultats caractérisant les performances de Surflex-Dock ont été obtenus avec des ensembles de structures protéiques naïves de macrocycles. Établissant une nouvelle référence pour l'amarrage non apparenté, notre recherche souligne à quel point Surflex-Dock mène le domaine des chimistes développant à la fois des modalités macrocycliques et de petites molécules et valide l'utilisation de la plateforme BioPharmics d'Optibrium pour développer des thérapies macrocycliques.
Ann Cleves, vice-présidente de la science des applications, division biopharmaceutique, Optibrium
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Le 14 novembre, deux des auteurs de cet article, Ajay Jain et Ann Cleves, discuteront des derniers développements autour de la méthode Surflex-Dock dans notre webinaire. Ils fourniront également une démonstration pratique de Surflex-Dock en action, abordant une variété d'exemples d'amarrage.
