Dans une récente étude publiée sur arXiv* serveur de prétirage, les chercheurs ont analysé les premiers cas humains de monkeypox en Italie.
La première grande épidémie de monkeypox humain en dehors de l’Afrique semble quelque peu unique. Les analyses du génome viral ont indiqué que l’épidémie actuelle est provoquée par le clade ouest-africain du virus monkeypox. La présence de lésions près des organes génitaux suggère un mode de transmission sexuel.
En Italie, les cas suspects de monkeypox sur la base des critères de définition de cas de l’Organisation mondiale de la santé (OMS) sont signalés au système de surveillance du ministère de la Santé. Seuls les cas positifs au test de réaction en chaîne par polymérase (PCR) spécifique au monkeypox sont considérés comme confirmés.
À propos de l’étude
Dans la présente étude, les chercheurs ont évalué les premiers cas de monkeypox en Italie. Des données sur les caractéristiques des patients telles que l’âge, le sexe, la date d’apparition des symptômes, la modalité d’exposition, les voyages à l’étranger, les éruptions cutanées et d’autres signes ont été recueillies. Il y avait 255 cas de monkeypox confirmés par PCR en Italie au 8 juillet 2022.
L’âge médian des patients était de 37 ans, et seulement deux étaient des femmes. 190 des 200 personnes qui ont divulgué l’information ont déclaré avoir eu des relations sexuelles avec des hommes. Des informations sur l’éruption étaient disponibles pour 184 cas, et pour 139 d’entre eux, l’éruption était localisée dans la région périanale ou génitale.
Sur les 228 patients pour lesquels des données de voyage sont disponibles, 86 personnes ont voyagé à l’étranger et 25 se sont rendues aux îles Canaries pour des vacances. Une personne qui s’est rendue en Afrique de l’Ouest a présenté des symptômes à son arrivée. Les auteurs ont déterminé la période d’incubation pour les patients dont les dates d’apparition des symptômes sont connues.
Il y avait 30 patients avec une date connue d’apparition des symptômes. Ils ont supposé que la période d’incubation était distribuée comme une fonction gamma. Les paramètres de forme et d’échelle ont été estimés à l’aide d’une approche bayésienne basée sur la procédure Monte Carlo Markov Chain (MCMC) et l’échantillonnage Metropolis-Hastings.
L’équipe a calculé le temps de génération, à savoir la durée entre la date d’exposition d’un cas confirmé et celle des cas secondaires. Ils ont supposé un temps de génération à distribution gamma similaire à celui de la période d’incubation. Aucune transmission pré-symptomatique n’a été envisagée. Seize paires d’infecteur-infecté avec des dates connues d’apparition des symptômes ont été identifiées.
Le nombre net de reproduction (Rt), le nombre moyen de cas générés par un cas index pour l’épidémie, a été calculé à l’aide de la courbe épidémique et de la distribution du temps de génération. Trois hypothèses ont été considérées pour les cas importés. Premièrement, seul le cas avec l’apparition des premiers symptômes a été défini comme un cas importé. Deuxièmement, tous les cas ayant des antécédents de voyage aux îles Canaries ont été considérés comme importés. Troisièmement, tous les cas ayant voyagé à l’étranger ont été considérés comme importés.
Les première et troisième hypothèses ont été considérées comme des hypothèses irréalistes qui pourraient être considérées comme des limites supérieures et inférieures de la transmission du monkeypox. La deuxième hypothèse a été utilisée comme référence pour estimer Rt. La période d’incubation moyenne était de 9,1 jours et le temps de génération moyen était de 12,5 jours. Le R moyent dans la première semaine de juin était de 2,43, après quoi Rt diminué progressivement.
conclusion
En résumé, les auteurs ont estimé la période d’incubation moyenne et le temps de génération moyen en utilisant un nombre limité de cas de monkeypox. Le Rt pour l’éclosion était d’environ 2,4. Des variations mineures sont apparues lorsque Rt a été calculé en utilisant différentes distributions de temps de génération ou avec des hypothèses alternatives de cas importés.
L’équipe a indiqué que le R estimét doit être pris en compte pour la communauté des hommes ayant des rapports sexuels avec des hommes (HSH), et non pour la population générale. De plus, Rt pourrait probablement être inférieur au seuil pour le grand public, étant donné l’écrasante majorité des cas transmis par contact sexuel. Dans l’ensemble, il est essentiel de maintenir un haut niveau d’attention du public et de fournir des informations non stigmatisantes aux personnes à risque pour freiner la propagation du virus monkeypox.
*Avis important
arXiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
