eTRANSAFE, le projet européen de partage de données sur la sécurité des médicaments, a abouti. Sur une plateforme unique, le projet a intégré les données de plus de 10 000 études pharmacologiques réalisées par des laboratoires pharmaceutiques de référence, issues d’une dizaine de bases de données regroupant des informations publiques et privées d’études cliniques et précliniques. Le projet a également développé « Flame », une application d’apprentissage automatique open source qui permet de prédire si les futurs médicaments auront des effets indésirables.
Le projet eTRANSAFE a impliqué treize laboratoires pharmaceutiques et une dizaine d’institutions académiques, dont le GRIB ; le programme de recherche en bioinformatique médicale du département de médecine et des sciences de la vie de l’UPF (MELIS), l’institut de recherche de l’hôpital del Mar et le spin-off MedBioinformatics Solutions, issu du même programme.
Le partage des données est à l’ordre du jour. Dans le monde académique, les données ouvertes sont relativement courantes, mais dans le monde des affaires, c’est plus compliqué. »
Ferran Sanz, professeur UPF et coordinateur du groupe de recherche en informatique biomédicale intégrative au GRIB
« Cependant, étant donné que la sécurité des médicaments n’est pas le principal domaine de compétence de l’industrie pharmaceutique, la possibilité de partager des données est plus viable, et c’est ainsi qu’eTRANSAFE est né. De l’opportunité de partager des données et de la nécessité de pouvoir faire de meilleures prédictions de la toxicité des futurs médicaments », ajoute Sanz, qui a agi en tant que coordinateur académique du projet.
Les résultats du projet eTRANSAFE, publiés dans la revue La nature examine la découverte de médicaments, ont rassemblé des informations issues de plus de 10 000 études toxicologiques réalisées par treize laboratoires pharmaceutiques de référence, tels que Bayer, Roche et Boehringer. Les données collectées, ainsi que d’autres données issues de bases de données publiques, ont été saisies sur la plateforme ToxHub ; un système unique créé pour que tous les membres du projet puissent explorer et exploiter les informations sur la sécurité des médicaments.
Le consortium a collecté des données standardisées à partir d’études précliniques, menées chez l’animal, et d’études cliniques et de pharmacovigilance, chez l’homme, qui ont été extraites électroniquement pour minimiser les erreurs humaines. Cependant, afin de comparer l’ensemble des résultats, le consortium a dû développer un service informatique de « traduction » de concepts précliniques et cliniques standardisés qu’ils ont publiés en libre accès.
« Lorsque nous voyons un comportement de grattage dans les études animales, nous devons l’associer à ce que nous appelons dans les cliniques des démangeaisons. Nous avions donc besoin d’un outil pour assimiler ces concepts et pouvoir comparer les résultats des études réalisées chez l’animal avec l’homme », explique Sanz.
L’analyse conjointe des études précliniques et cliniques a révélé que les animaux les plus proches de l’homme ne sont pas toujours les plus aptes à prédire les effets d’un médicament sur notre espèce. Par exemple, les rats se sont avérés meilleurs que les primates pour prédire les réactions cutanées pouvant être causées par les inhibiteurs de kinase, un médicament largement utilisé dans le traitement du cancer.
Dans le cadre de ce projet, le GRIB a également développé ‘Flame’, une application d’apprentissage automatique open source pour construire, maintenir et partager simplement des modèles qui prédisent les propriétés biologiques de nouveaux composés. « Avec cette application, en quelques minutes, nous pouvons partager un modèle développé à l’université avec une entreprise pharmaceutique », explique Manuel Pastor, professeur à l’UPF et responsable du groupe Pharmacoinformatique au GRIB, qui a dirigé le développement de Flame.
L’application, qui peut être installée à la fois sur un ordinateur portable et sur de grands serveurs cloud « présente de manière simple et visuellement attrayante un logiciel très sophistiqué, afin que tout chercheur puisse l’utiliser ».
Au cours des six années que dure le projet, un prototype a également été réalisé pour étudier des animaux témoins virtuels, et avec la collaboration de partenaires tels que MedBioInformatics Solutions, des outils bioinformatiques ont été développés pour identifier des biomarqueurs mécaniques, qui fournissent des informations sur le mécanisme par lequel un médicament provoque des effets indésirables et des outils d’exploration de texte pour identifier les biomarqueurs utilisés dans les essais cliniques.
Tous ces outils et les bases de données développées par eTRANSAFE seront stockés en permanence à l’UPF qui est la dernière instance du projet « courtier honnête« .
« Le projet a atteint bon nombre des objectifs fixés au départ et a permis d’établir un contact direct avec les laboratoires pharmaceutiques et de développer des produits en fonction de leurs besoins réels », conclut Laura Furlong, co-fondatrice et directrice scientifique de la spin-off du GRIB, Solutions MedBioinformatiques.
eTRANSAFE a été financé à hauteur de 40 millions d’euros par l’initiative européenne sur les médicaments innovants qui reçoit 50% de financement de l’Union européenne et 50% de financement privé. L’UPF, l’Institut de recherche Hospital del Mar et la spin-off MedBioInformatics Solutions ont reçu plus de trois millions d’euros.
