La pandémie de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) est causée par le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2). Au 16 mars 2022, le SRAS-CoV-2 avait infecté plus de 462 millions de personnes dans le monde et en avait causé près de 6. Dans le but de réduire la mortalité due au COVID-19, des antibiotiques ont été initialement utilisés pour traiter les patients COVID-19 atteints d’une maladie modérée à sévère. .
Dans un récent Résistance antimicrobienne et contrôle infectieux étude, les chercheurs discutent de l’impact de cette utilisation intensive d’antibiotiques sur l’augmentation de la résistance aux antimicrobiens (RAM).
Étude: Résistance aux antimicrobiens (RAM) chez les patients atteints de COVID-19 : examen systématique et méta-analyse (novembre 2019-juin 2021). Crédit d’image : Kateryna Kon/Shutterstock.com
Contexte
Les antimicrobiens ont été prescrits pour un certain nombre de raisons pour traiter le COVID-19, notamment la similitude de ses symptômes avec ceux de la pneumonie bactérienne ou des co-infections, ainsi que l’inclusion d’antibiotiques dans certains protocoles de traitement du COVID-19. L’utilisation gratuite d’antimicrobiens aurait pu stimuler la résistance aux antimicrobiens, entraînant l’émergence de variantes résistantes de bactéries hautement pathogènes.
Pour aider à comprendre dans quelle mesure la thérapie antimicrobienne associée au COVID-19 a conduit à la RAM, la présente étude a examiné la littérature disponible sur les co-infections chez les patients COVID-19, le type de thérapies antimicrobiennes utilisées et le pourcentage de rapports de RAM.
Résultats de l’étude
Dans l’étude actuelle, les scientifiques ont examiné 38 études, dont un tiers ont rapporté l’utilisation de la spectrométrie de masse à temps de vol par ionisation par désorption laser associée à la matrice (MALDI-ToF MS) pour identifier l’organisme présentant une RAM. La plupart des études traitaient superficiellement ou pas du tout de l’identification microbiologique et des définitions utilisées pour la résistance aux antimicrobiens.
Dans l’ensemble, près de 75 % des patients avaient confirmé la COVID-19, tandis que l’incidence de la co-infection variait de 2,5 % à 100 % entre les études. Des co-infections bactériennes et fongiques ont été signalées, mais pas de parasites.
Dans des études plus importantes, 0,2 à 100 % ont montré une co-infection avec un microbe résistant. Des taux plus élevés de ces types de co-infections ont été signalés lorsque les patients souffraient d’un syndrome de détresse respiratoire aiguë (SDRA), d’une pneumonie associée à la ventilation mécanique ou d’infections du sang. Dans une étude intéressante, 5 % des patients sous tocilizumab avaient une co-infection par des bactéries résistantes.
Environ 25 % des patients de ces études ont présenté des infections bactériennes et fongiques en même temps que le COVID-19, bien que la proportion de chacun variait considérablement d’une étude à l’autre. Les patients admis à l’unité de soins intensifs (USI) avaient une proportion plus élevée de RAM que les autres patients COVID-19. De même, les patients des soins intensifs dans les unités de soins intensifs dédiées au COVID-19 avaient tendance à avoir des pourcentages de RAM plus élevés que ceux des établissements médicaux réguliers.
La RAM était également plus élevée en Amérique du Nord, en Asie et dans d’autres régions non européennes dans une moindre mesure par rapport à l’Europe. Cependant, aucune de ces tendances n’était statistiquement significative.
Sur près de 390 études, 1 960 organismes uniques ont été signalés, dont environ 30 % étaient résistants à un ou plusieurs antimicrobiens. Parmi les organismes Gram-négatifs, Klebsiella pneumoniae et Acinetobacter baumannii étaient les plus fréquemment identifiés et ont été signalés dans environ 150 à 170 cas, tandis que Pseudomonas aeruginosa et Escherichia coli étaient présents dans 40 à 60 cas. Parmi ceux-ci, la résistance s’est avérée se produire par plusieurs mécanismes, y compris l’activité de la bêta-lactamase, de la carbapénase et de la bêta-lactamase à spectre étendu (BLSE).
L’organisme résistant à Gram positif le plus courant était résistant à la méthicilline Staphylococcus aureus (SARM), qui a été identifié dans plus de 130 cas, suivi des staphylocoques à coagulase négative et des espèces d’entérocoques résistants à la vancomycine (ERV), en particulier E. faecium, qui était très résistant. Candida auris, C. albicans, et d’autres espèces de Candida résistantes à un ou plusieurs antifongiques ont également été identifiées.
De tous les patients inclus dans les études examinées, l’âge et le sexe étaient disponibles pour un peu plus d’une centaine de patients, dont plus de 50 % étaient des hommes avec un âge médian de 65 ans. Alors que 80% de ces patients avaient d’autres maladies sous-jacentes, tous sauf 20 présentaient une maladie due à l’organisme co-infectant. Le plus courant était A. baumanniisuivie par K. pneumoniae et C. auristandis que les autres organismes infectieux ont été signalés chez moins de dix patients chacun.
Cinq patients avaient des infections mixtes, telles que P. aeruginosa et C. auris infection, avec ou sans ERV, ou SARM avec C. albicans.
Moins de 50 % des patients de ces études prenaient du tocilizumab, qui est un bloqueur des récepteurs de l’interleukine-6 (IL-6). Notamment, environ 20 % des patients ont reçu du tocilizumab en plus des stéroïdes, tandis que plus de 50 % ont également reçu d’autres associations médicamenteuses. La ventilation mécanique était nécessaire pour 90 % des patients.
Plus de 50 % de tous les patients co-infectés sont décédés, presque tous infectés par des organismes résistants.
Conséquences
Des preuves antérieures de co-infection lors d’épidémies de grippe ont été présentées. Les résultats de la présente étude montrent qu’il y avait une incidence relativement élevée de RAM, comme le montrent les tests microbiologiques, au cours des 1,5 premières années de la pandémie de COVID-19. Cela concorde avec les recherches antérieures sur la RAM et ajoute une estimation de la véritable prévalence de ce phénomène chez les patients COVID-19.
Les chercheurs ajoutent que presque tous les patients atteints de COVID-19 ont été placés sous antimicrobiens, principalement de l’azithromycine, avant ou pendant l’admission à l’hôpital. La proportion accrue d’AMR parmi les patients de l’USI COVID-19 n’est pas inattendue, étant donné leur probabilité de recevoir à la fois des médicaments immunosuppresseurs et des antimicrobiens, ce qui augmente les risques de co-infection. Chez les patients sous ventilation mécanique, le risque est encore plus élevé.
Les milieux à faible revenu augmentent les risques d’un mauvais assainissement, d’une proximité accrue avec le bétail et de faibles niveaux de surveillance, ce qui entraîne une probabilité plus élevée de résistance aux antimicrobiens. En fait, les milieux de soins, le statut socio-économique, l’utilisation antérieure d’antibiotiques et la durée d’hospitalisation sont tous des facteurs de risque de co-infection. Cela pourrait aider à identifier les patients à risque plus élevé lorsqu’ils présentent une infection comme le COVID-19.
Compte tenu de la difficulté à différencier la pneumonie virale de la pneumonie bactérienne, il est difficile d’éviter l’utilisation inutile d’antimicrobiens jusqu’à ce que la confirmation du SRAS-CoV-2 soit obtenue.”
L’utilisation de stratégies de contrôle et de prévention des infections, ainsi que des limites strictes à l’utilisation d’antibiotiques, peuvent aider à réduire la RAM dans ce sous-ensemble de patients et, par conséquent, à réduire les taux de morbidité et de mortalité parmi ce sous-ensemble de patients COVID-19.
