La maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) a été causée par l’épidémie rapide du virus du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2), qui est capable d’infecter de nombreuses espèces sauvages. Les animaux vivant à proximité des êtres humains sont particulièrement vulnérables à l’infection. S’ils ne sont pas détectés, les animaux pourraient devenir des réservoirs de l’agent pathogène et, par conséquent, rendre plus difficile la maîtrise de la pandémie.
Étude : Surveillance de la faune SARS-CoV-2 en Ontario et au Québec, Canada. Crédit d’image : felipe caparros/Shutterstock
Dans une nouvelle étude publiée sur le bioRxiv* serveur de préimpression, les chercheurs ont mené une surveillance du SRAS-CoV-2 dans la faune urbaine de l’Ontario et du Québec, Canada.
Sommaire
Fond
De nombreuses espèces animales domestiques et sauvages ont été soit naturellement infectées par le SRAS-CoV-2, soit sensibles au virus lors d’infections expérimentales. Sur la base de l’analyse des séquences, certains animaux ont également été identifiés comme hôtes potentiels. L’infection par le SRAS-CoV-2 a également été signalée chez des animaux sauvages ou en liberté, notamment le vison américain et le cerf de Virginie.
Les infections de propagation des humains ou des animaux domestiques à la faune sont préoccupantes en raison des effets nocifs sur la faune et parce que ces espèces pourraient agir comme des réservoirs potentiels pour le SRAS-CoV-2, ce qui pourrait à son tour conduire à l’émergence de plus de variantes préoccupantes (VoC) .
Les chercheurs ont déclaré qu’il était impératif d’élucider l’épidémiologie du virus à l’interface homme-faune. Ceci est important car cela aiderait à la gestion de la faune et aux responsables de la santé publique de mieux planifier les stratégies de gestion. Dans la présente étude, les scientifiques ont abordé cette question en effectuant une surveillance du SRAS-CoV-2 chez la faune en Ontario et au Québec, Canada. Ces régions ont été choisies car elles ont des densités de population humaine élevées et comprennent de grands centres urbains comme Toronto et Montréal.
Une nouvelle étude
Les scientifiques ont utilisé une approche One Health et ont tiré parti des programmes de recherche, de surveillance et de réadaptation existants entre plusieurs agences pour collecter des échantillons. Entre juin 2020 et mai 2021, des échantillons ont été prélevés sur 776 animaux de 17 espèces fauniques différentes. Les échantillons ont été testés pour la présence d’ARN viral SARS-CoV-2. La présence d’anticorps neutralisants a été testée dans un sous-ensemble de 219 animaux de 3 espèces différentes, à savoir les ratons laveurs, les mouffettes rayées et les visons.
Principales conclusions
Aucun débordement du SRAS-CoV-2 sur la faune en Ontario et au Québec n’a été détecté. Les ratons laveurs et les mouffettes étaient les espèces les plus couramment testées. Une faible quantité de virus infectieux provenant de ratons laveurs et de mouffettes a suggéré qu’ils sont des réservoirs improbables pour le SRAS-CoV-2 en l’absence d’adaptations virales. Une autre étude a révélé que les grandes chauves-souris brunes sont résistantes à l’infection par le SRAS-CoV-2 et n’excrétent pas le virus infecté. Les chercheurs n’ont pas non plus observé d’ARN viral chez les visons, mais cela pourrait être dû à la taille relativement petite de l’échantillon.
Un point important à noter est que les études expérimentales susmentionnées ont été menées à l’aide du SARS-CoV-2 parental. Les ratons laveurs, les mouffettes et les grandes chauves-souris brunes peuvent être sensibles aux VoC, et ce problème doit être étudié plus avant. De plus, les études de provocation impliquent généralement peu d’individus jeunes et en bonne santé, car ils peuvent ne pas être représentatifs de la gamme complète des infections à l’état sauvage.
Des recherches approfondies sont en cours pour identifier les animaux qui pourraient servir de réservoirs compétents pour le virus. Le cerf de Virginie est désormais considéré comme une espèce très pertinente pour la surveillance du SRAS-CoV-2. Les efforts de surveillance continue devraient être adaptatifs et inclure des tests ciblés sur les espèces pertinentes au fur et à mesure qu’elles sont détectées (visons, cerfs de Virginie et souris sylvestres en Ontario et au Québec).
Limites
La majorité des tests ont été effectués par RT-PCR, qui ne peut détecter qu’une infection active. Le test d’anticorps, qui identifie l’infection ou l’exposition résolue, pourrait constituer un complément approprié au test RT-PCR car cela rendrait l’étude plus robuste. Deuxièmement, le type d’échantillons collectés pourrait avoir limité la capacité de détecter l’infection par le SRAS-CoV-2. Il est connu que la réplication virale peut varier selon les types de tissus, car certains sont plus optimaux que d’autres pour la détection de l’ARN viral. L’étude actuelle a échantillonné des animaux sur la base d’efforts de surveillance, de recherche et de programmes de réadaptation préexistants. Les scientifiques n’ont pas pu collecter systématiquement les mêmes échantillons de tous les animaux, et ces échantillons n’ont pas été optimisés.
Conclusion
Les scientifiques ont affirmé qu’une approche de la santé est extrêmement importante pour comprendre et gérer les risques des agents pathogènes zoonotiques émergents, tels que le SRAS-CoV-2. Ils ont tiré parti de la recherche et de la surveillance existantes pour collecter et tester 1 690 échantillons d’animaux sauvages. L’ARN viral n’a pas été détecté dans les échantillons, mais cela n’exclut pas la possibilité d’un débordement des humains vers la faune canadienne. Des recherches continues dans ce domaine sont nécessaires, d’autant plus que de nouvelles VoC continuent d’émerger. Les résultats de la recherche aideront à éclairer les politiques publiques et à protéger la santé des Canadiens et de la faune, aujourd’hui et à l’avenir.
*Avis important
bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ou traités comme des informations établies.
