Une étude publiée dans la revue Nature fournit la prévalence de l’infection persistante par le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) au niveau de la population et décrit comment une infection persistante peut contribuer à l’évolution virale.
Étude : Prévalence du SRAS-CoV-2 persistant dans une vaste étude de surveillance communautaire
Sommaire
Arrière-plan
L’infection chronique persistante par le SRAS-CoV-2 est considérée comme le contributeur le plus probable à l’émergence de variantes virales très divergentes avec une condition physique améliorée. En particulier, l’infection virale persiste pendant des mois, voire des années chez les patients immunodéprimés qui sont incapables d’éliminer le virus de l’organisme en raison d’un système immunitaire affaibli.
Au cours d’une infection chronique, le SRAS-CoV-2 est exposé au système immunitaire de l’hôte et à d’autres pressions sélectives résultant d’un traitement à long terme. Cela peut déclencher l’acquisition de nouvelles mutations dans le génome viral, conduisant à l’émergence de variantes virales très divergentes susceptibles de générer de nouvelles épidémies dans la communauté.
Dans cette étude, les scientifiques ont estimé la prévalence de l’infection persistante par le SRAS-CoV-2 dans la population générale du Royaume-Uni et ont exploré leur contribution au long COVID et leur potentiel d’évolution virale adaptative.
Étudier le design
Les scientifiques ont collecté des données sur la séquence virale, des symptômes et des données épidémiologiques auprès de l’Office for National Statistics COVID Infection Survey (ONS-CIS), une étude de surveillance communautaire à grande échelle menée au Royaume-Uni.
Ils ont utilisé les données pour identifier les personnes présentant des infections à haut titre par le SRAS-CoV-2 durant un mois ou plus. Ils ont comparé les changements évolutifs viraux, la charge virale, le nombre de symptômes signalés et la prévalence du long COVID (séquelles post-aiguës du COVID-19) entre les individus avec et sans infection persistante par le SRAS-CoV-2.
Observations importantes
Les scientifiques ont analysé 93 927 séquences SARS-CoV-2 de haute qualité à partir des données ONS-CIS. Les séquences ont été collectées entre novembre 2020 et août 2022 auprès de 90 146 personnes vivant dans 66 602 ménages à travers le Royaume-Uni.
L’analyse de séquence a identifié 381 infections persistantes avec une charge virale élevée (valeur Ct de 30 ou moins) durant au moins 26 jours. Ces infections ont été causées par les variantes alpha, delta, BA.1 et BA.2 du SRAS-CoV-2. Parmi toutes les infections persistantes, 54 ont duré au moins 56 jours. L’infection la plus prolongée a été celle du variant BA.1, qui a duré au moins 193 jours.
Environ 68 % des échantillons d’infections persistantes identifiés ne présentaient aucune différence nucléotidique au niveau consensus au cours de l’infection, ce qui indique que les séquences identifiées à partir d’infections persistantes appartiennent à la même infection.
L’absence de changements consensuels observés entre plusieurs paires d’échantillons prélevés sur la même infection indique une adaptation limitée au sein de l’hôte (évolution neutre ou sélection faible). Une analyse plus approfondie des séquences sans changements consensuels tout au long de l’infection a indiqué que le virus se réplique probablement pendant l’infection malgré l’absence de changements consensuels.
Malgré des preuves significatives d’une sélection de position faible, l’étude a identifié 277 mutations uniques et 18 délétions uniques chez des individus infectés de manière persistante. Cette observation indique une période de forte sélection positive. Beaucoup de ces mutations ont déjà été identifiées comme des mutations de signature dans les variantes préoccupantes du SRAS-CoV-2, des mutations récurrentes chez des patients immunodéprimés ou des mutations clés au niveau des sites cibles des anticorps monoclonaux.
L’étude a identifié deux mutations (T1638I et T4311I) apparues deux fois lors d’infections persistantes. Ces mutations étaient légèrement délétères sur la base de la phylogénie globale. Comme l’ont mentionné les scientifiques, ces mutations peuvent être bénéfiques au niveau intra-hôte mais délétères au niveau inter-hôtes, car les mutations sélectionnées lors d’une infection persistante ont tendance à mieux se transmettre entre individus.
Environ 82 % des cas d’infection persistante identifiés ont montré une dynamique de rebond de la charge virale, c’est-à-dire une résurgence de la charge virale après une baisse initiale au cours de l’infection. Cette découverte met en évidence la présence de populations virales répliquantes dans les infections persistantes.
Concernant les conséquences cliniques, l’étude a révélé que les personnes souffrant d’infections persistantes restaient pour la plupart asymptomatiques au cours des derniers stades de l’infection. Les personnes présentant des infections persistantes ont montré une probabilité 55 % plus élevée de déclarer elles-mêmes une longue COVID 12 semaines ou plus après l’infection que celles présentant des infections non persistantes.
Importance de l’étude
L’étude estime que la prévalence des infections persistantes par le SRAS-CoV-2 qui durent au moins 60 jours est d’environ 0,1 à 0,5 % dans la population générale du Royaume-Uni. Ces infections peuvent potentiellement donner naissance à de nouvelles variantes virales avec des paysages mutationnels divergents.
