Face à l’escalade de l’épidémie de cinquième vague à Hong Kong, le gouvernement prévoit un dépistage universel de la population qui combinera des tests antigéniques et des tests PCR.
Une étude récente menée par des chercheurs du Tsinghua-Berkeley Shenzhen Institute, de l’Université de Californie à Berkeley et de l’Université de Hong Kong (HKU) a révélé qu’un dépistage fréquent de la population, facilité par la PCR groupée (réaction en chaîne de la polymérase) et les tests antigéniques, peut réduire efficacement toutes les infections et potentiellement mettre fin à la transmission du SRAS-CoV-2, en particulier dans les zones à faible prévalence de la maladie.
Les résultats ont été publiés dans une revue universitaire en libre accès Rapports scientifiques. Les résultats fourniront également des informations sur la manière dont le dépistage de la population pourrait être mis en œuvre dans la ville.
Le test PCR individuel est la méthode la plus précise, mais il est coûteux. La méthode de mise en commun de Dorfman est largement utilisée comme méthode plus rentable. Il fonctionne dans une opération en deux étapes. Les spécimens de plusieurs individus sont regroupés pour être testés comme un seul échantillon dans la première étape. Ensuite, seuls les échantillons montrant un résultat positif sont retestés individuellement pour identifier l’échantillon infecté.
Ces dépistages de population jouent un rôle important dans la réouverture en toute sécurité des économies et la prévention des épidémies. Par exemple, la Chine a adopté le dépistage PCR groupé comme outil régulier pour dépister les personnes ne présentant aucun symptôme jusqu’à la fin de la transmission communautaire. Shenzhen, une ville de plus de 17 millions d’habitants, a effectué deux cycles de dépistage de la population à l’échelle de la ville, cinq cycles de dépistage dans le district de Yantian et quatre cycles de dépistage dans le district de Bao’an par mise en commun Dorfman basée sur la PCR entre mai et juin 2021 pour mettre fin avec succès à la résurgence du COVID-19.
Cette étude a évalué la faisabilité et le rapport coût-efficacité des tests de PCR et d’antigène mis en commun en simulant le processus de transmission du virus au niveau individuel dans une communauté de 100 000 habitants avec les souches COVID-19 au début de 2021 comme base. Bien que les tests antigéniques soient moins sensibles, ils aident à fournir des résultats rapides.
Les résultats ont mis en évidence que la fréquence, le délai d’exécution et la prévalence initiale avaient un impact significatif sur le rapport coût-efficacité du dépistage de la population.
Le dépistage à haute fréquence peut inverser l’épidémie de COVID
Les résultats ont révélé que des tests fréquents sont essentiels au succès du dépistage de la population.
Dans le modèle, en supposant une prévalence initiale de 0,1 %, c’est-à-dire qu’une très faible proportion de la population est infectée, un nombre reproductif (nombre de personnes infectées par une seule personne infectée) de 2,5 et un taux de participation de 90 %, les simulations a montré qu’un dépistage répété de la population tous les 3 jours, à l’aide de tests PCR groupés ou de tests antigéniques, pouvait éliminer la transmission communautaire en deux à trois mois.
Des dépistages moins fréquents ne pourraient que partiellement atténuer l’épidémie, mais pas y mettre fin. Un dépistage antigénique tous les 14 jours verrait 50% de la population éventuellement infectée.
Le regroupement de plusieurs échantillons peut aider à économiser des ressources. Une grande taille de pool peut être envisagée pour les tests de première étape si la prévalence est inférieure à 0,1%, accélérant le processus en retirant et en isolant les personnes infectées de la chaîne de transmission. À mesure que la prévalence augmente, une taille de pool plus petite doit être adoptée pour isoler les cas positifs – ce qui est plus précis mais peut entraîner un délai d’exécution plus long pour un cycle de dépistage.
Pour arrêter une croissance exponentielle des infections, la fréquence des tests devrait au moins amener le nombre de reproduction efficace en dessous de 1. Plus le nombre de reproduction est élevé, plus les tests sont fréquents pour contenir la propagation.
Yu Jiali, co-auteur de l’étude et chercheur au Tsinghua-Berkeley Shenzhen Institute (TBSI)
« Les tests à haute fréquence peuvent rapidement identifier les individus infectés et réduire la prévalence. À mesure que la prévalence diminue, la taille optimale du pool de tests PCR augmentera et la fréquence des tests pourra encore être augmentée », a déclaré le co-auteur Huang Yiduo, chercheur au Département de génie civil et environnemental de l’Université de Californie à Berkeley.
Ce que cela signifie pour Hong Kong
« Hong Kong devra adopter une taille de pool plus petite pour le dépistage par PCR compte tenu du taux de prévalence relativement élevé. La combinaison du dépistage quotidien des antigènes accélérera le dépistage par PCR groupé à mesure que la prévalence diminue avec un isolement approprié des personnes infectées », a déclaré le professeur Max. Shen, auteur correspondant de l’étude et vice-président (recherche) de HKU.
La capacité de test actuelle de Hong Kong est estimée à environ 300 000 tubes simples par jour suite à l’installation du laboratoire Fire Eye. Cela devrait passer à 700 000 tubes simples par jour d’ici la mi-mars avec des laboratoires mobiles du continent, ce qui aidera à tester 3,5 millions de personnes en une journée si cinq échantillons sont regroupés pour les tests de première étape.
Actuellement, les tests antigéniques rapides sont utilisés par le grand public et le gouvernement pour identifier provisoirement les cas positifs, ce qui permet d’isoler rapidement les personnes infectées. Espérons que cela puisse supprimer l’épidémie et réduire la prévalence avant le dépistage de la population.
Au moment du dépistage, en supposant une prévalence de 2 à 5 % de cas d’infection active parmi la population de Hong Kong, il faudrait 4 à 5 jours pour terminer le premier cycle de dépistage par PCR, selon la simulation. Le professeur Shen a ajouté qu’un taux de prévalence inférieur à 2% permettrait une taille de pool de 10 échantillons à travers lesquels un cycle de dépistage ne prendrait que 2 à 3 jours.
L’équipe de recherche a suggéré que le dépistage de la population soit effectué dès que possible à un stade précoce de l’épidémie pour identifier et isoler les cas positifs. En Chine continentale, le gouvernement central a mandaté les villes pour effectuer au moins trois cycles de dépistage de la population au milieu des transmissions communautaires à haut risque. Les villes continentales de moins de 5 millions d’habitants doivent effectuer les dépistages PCR dans les 2 jours, tandis que pour une population de 5 millions d’habitants ou plus, l’objectif est de 3 jours. La plus grande taille de pool de tests PCR autorisée est jusqu’à 20 échantillons en cas de ressources limitées.
