À une époque où l’analyse du génome humain à grande échelle n’était pas encore courante, la Tohoku Medical Megabank Organization (ToMMo) a lancé son étude de cohorte sur le génome. Après dix ans de fonctionnement de ce projet ambitieux, ils partagent des informations clés sur les techniques nécessaires pour analyser, gérer, maintenir et mettre à jour une base de données génomique de 100 000 personnes. Pour les chercheurs du monde entier, les connaissances acquises grâce à cette étude constituent une ressource précieuse pour faire progresser la recherche sur le génome, et les résultats de recherche qui en découlent peuvent aider à jeter les bases de soins de santé personnalisés basés sur la génétique.
Les résultats ont été publiés dans Revue JMA le 3 octobre 2025.
À partir de 2013, ToMMo a réalisé le séquençage complet du génome de 100 000 individus japonais. Le séquençage complet du génome est le processus de lecture de l’intégralité de la séquence d’ADN – les éléments constitutifs de la vie qui composent qui nous sommes. Cependant, mener une analyse approfondie à une si grande échelle est une entreprise majeure avec de nombreuses limitations techniques et opérationnelles qui constituent un énorme défi. Aujourd’hui encore, seuls quelques pays ont procédé au séquençage du génome à cette échelle.
« Le maintien d'une grande précision et d'une qualité constante nécessitait une planification minutieuse, un équipement optimisé et le développement de nouvelles techniques innovantes », explique Fumiki Katsuoka, premier auteur de l'article.
Cet article partage les connaissances acquises au cours de dix années dans l’exploitation du séquençage du génome entier, la gestion de la qualité et la création d’une infrastructure de données.
Dans la première phase, ils ont développé une méthode appelée qMiSeq dans laquelle des analyses de séquençage à petite échelle ont été effectuées pour chaque groupe d'échantillons (généralement 96 échantillons) et les conditions de séquençage optimales ont été déterminées en fonction du volume de données obtenu. Après l’introduction de séquenceurs à haut débit, ils ont établi un protocole nommé iDeal, qui divise le séquençage de chaque groupe en plusieurs analyses afin d’égaliser le rendement des données. Les deux approches reposent sur des concepts simples, mais ce sont des méthodes extrêmement efficaces.
« Alors que le séquençage du génome à grande échelle devient de plus en plus courant, nous souhaitons partager tout ce que nous avons appris au cours de ces dix années », remarque le premier auteur Fumiki Katsuoka. « Nous sommes très fiers que certaines des techniques uniques que nous avons développées soient désormais utilisées par d'autres institutions. »
La transparence est un aspect important de leur projet, car les données de fréquence et récapitulatives du projet 100 000 génomes de ToMMo sont disponibles gratuitement sur jMorp et largement utilisées par les chercheurs du monde entier, tandis que les données génomiques au niveau individuel sont accessibles dans des conditions appropriées après un processus d'examen basé sur les applications.
Alors que davantage de chercheurs devraient effectuer des analyses génomiques à grande échelle, il est prévu que davantage de prestataires de soins de santé utiliseront les données pour proposer des solutions médicales innovantes. Les conclusions de cette étude constitueront une ressource précieuse pour la communauté génomique au Japon et dans le monde, contribuant ainsi à l’avancement de la médecine génomique et de la prévention personnalisée.
