La Journée mondiale contre le cancer, célébrée le 4 février, est une journée internationale dédiée à la sensibilisation au cancer et à la promotion de sa prévention, de sa détection et de son traitement. Pour reconnaître les efforts des chercheurs dans ce domaine, nous publions une histoire de réussite concernant l'action COST, qui a examiné les cellules immunitaires en tant que médiateurs des maladies associées à l'inflammation chronique et au cancer.
La plupart des gens ne pensent à leur système immunitaire que lorsqu’ils tombent malades. Rares sont ceux qui réalisent que la survie dans les premiers jours d’une infection dépend d’une réponse rapide et largement invisible pilotée par les cellules myéloïdes, qui agissent comme les premiers intervenants du système immunitaire. Cependant, leur rôle dans l’inflammation chronique et le cancer n’est pas encore largement compris.
L'action COST «Convertir les profils moléculaires des cellules myéloïdes en biomarqueurs de l'inflammation et du cancer» (Mye-InfoBank) a rassemblé un réseau européen diversifié pour étudier ce rôle en réutilisant et en réanalysant les données moléculaires existantes. Ce faisant, il a produit des résultats scientifiques, fait progresser la carrière de nombreux jeunes chercheurs et créé l'Omnicellscope, le projet COST Innovators Grant qui étendra l'impact de l'action.
Sommaire
Les premiers intervenants du système immunitaire
Comme l'explique le professeur Sven Brandau, président de la Mye-InfoBank à l'hôpital universitaire d'Essen, le système immunitaire fonctionne en deux phases. La première phase, appelée immunité innée, réagit immédiatement et s’appuie fortement sur les cellules myéloïdes. La deuxième phase, l’immunité adaptative, prend environ sept à dix jours pour construire une défense ciblée.
« La raison pour laquelle un rhume ou toute infection typique met environ une semaine à apparaître, à rester et à disparaître est lié à la deuxième composante du système immunitaire, qui a besoin de ce temps pour détecter et éliminer l'agent pathogène, » dit Sven. « Or, sans les cellules myéloïdes, qui sont un élément majeur de la partie innée de notre système immunitaire, nous ne pourrions pas survivre à cette semaine d'infection et mourrions très rapidement ».« . Ces cellules capturent et détruisent les agents pathogènes pendant la phase initiale d'une infection. Bien que leur rôle dans les infections aiguës soit bien compris, il reste encore beaucoup à apprendre sur leur fonctionnement dans les maladies inflammatoires chroniques et le cancer. Ce fut le point de départ de Mye-InfoBank.
Donner une nouvelle finalité aux données existantes
Avant le début de l’action COST, la recherche biomédicale avait déjà produit une quantité sans précédent de données moléculaires, allant de l’ADN aux protéines. Ces données ont été générées à l’aide de technologies coûteuses et sophistiquées. Une grande partie de ces informations ont été stockées dans des référentiels publics une fois qu'elles avaient rempli leur objectif initial. Mye-InfoBank a décidé de mieux utiliser ces ressources.« Réutiliser signifie récupérer des données existantes et les utiliser pour de nouvelles questions scientifiques », explique Sven Brandau. Il compare le processus à l’utilisation d’Internet ou de Wikipédia. « Les informations sont téléchargées pour une seule raison, mais il existe de nombreuses façons de les rechercher, de les combiner et de les interpréter. Il en va de même pour les données moléculaires. » En réanalysant et en conservant les ensembles de données existants, l'Action a extrait des informations spécifiques aux cellules myéloïdes et les a transformées en signaux biologiques significatifs, ou biomarqueurs, pour les maladies liées à l'inflammation chronique. Ces biomarqueurs pourraient aider les médecins à poser des diagnostics ou à prendre des décisions concernant un traitement à l’avenir.
Des données aux décisions
Le concept de biomarqueurs est au cœur de l'impact de l'action. « Dans notre cas, un biomarqueur pourrait indiquer à un médecin quels patients bénéficieraient ou non d'une certaine thérapie, » dit Sven. Cette approche, connue sous le nom de stratification des patients, permet aux médecins de s’éloigner des traitements universels. Grâce aux connaissances générées par Mye-InfoBank, les chercheurs peuvent développer des tests de diagnostic permettant de détecter des types spécifiques de cellules myéloïdes ou les molécules qu'elles produisent. De tels outils pourraient guider les décisions cliniques, améliorer les résultats des traitements et éviter les thérapies inutiles. Pour les patients, cela signifie des soins plus précis ; pour les systèmes de santé, cela signifie une utilisation plus efficace des ressources.
Parler le même langage scientifique
Atteindre ces objectifs nécessitait des expertises dans des domaines très différents. Immunologistes, cliniciens, bioinformaticiens et coordinateurs de biobanques ont tous apporté des pièces essentielles du puzzle. « Science est devenu si spécialisé qu'il est presque impossible pour un individu d'être un expert dans tous ces divers domaines, » note le président. « Même la communication de base entre disciplines peut être difficile, car chaque domaine utilise sa propre terminologie et ses propres méthodes. »
Grâce au réseau COST, Mye-InfoBank a réussi à trouver un langage commun. « Nous avons combiné la mise en réseau avec un véritable travail expérimental et analytique », dit le professeur Brandau. « Nous avons réussi à rassembler toutes les expertises nécessaires pour atteindre nos deux objectifs principaux : produire des données scientifiques de haute qualité et promouvoir la fertilisation croisée et l’éducation interdisciplinaires. Par conséquent, nous sommes en train de générer des atlas de haute qualité, qui seront rendus publics à l'été 2026« .
Pour Sven, l'image la plus forte de l'action COST reste celle de la réunion finale dans sa ville natale de Hambourg. « J'étais en train d'examiner la salle de séminaire. J'ai vu près de cinquante personnes et j'ai pu associer à chacune d'elles une contribution précieuse et volontaire. J'ai pensé : « C'est vraiment fantastique et illustre la grande motivation des scientifiques, tant les plus jeunes que les plus expérimentés, qui ont fait le travail parce qu'ils étaient véritablement intéressés à travailler ensemble ». il se souvient. « J'espère que cet esprit encouragera les jeunes chercheurs à construire des réseaux similaires à l'avenir. »
Un réseau qui a façonné les carrières
Pour de nombreux participants, Mye-InfoBank était autant une question de croissance personnelle que de progrès scientifique. Nico Trummer, un jeune membre de l'Action de l'Université technique de Munich, a rejoint l'Action pendant ses études de licence et a contribué au développement d'un pipeline standardisé pour les données transcriptomiques unicellulaires qui sont désormais utilisées par les chercheurs du monde entier.
« Au début, je me sentais un peu dépassé par tous les chercheurs expérimentés qui m'entouraient. » il se souvient. « Mais les gens grandissent avec responsabilité, et l'Action m'a vraiment donné cette opportunité de grandir. » Grâce à des collaborations à travers l'Europe, il a gagné en confiance au début de sa carrière. « L'Action m'a donné la confiance et les compétences nécessaires pour aborder très tôt des problèmes informatiques complexes, façonnant ainsi mon approche de la bioinformatique et de la biologie des systèmes. » ajoute-t-il.
Pour Daniel Naumovas de l'Université de Vilnius, les bénéfices de la participation à l'Action s'étendent au-delà de la recherche. Il souligne comment sa participation à Mye-InfoBank a amélioré ses compétences en matière de prise de parole en public et lui a fait découvrir les meilleures pratiques en matière de biobanque.
« Rencontrer des scientifiques partageant les mêmes idées vous motive à aller de l'avant », dit-il. À l’époque, il était le premier de son hôpital à rejoindre une action COST. « Maintenant, je constate que de nombreux collègues, même d'autres départements, ont suivi. » Aujourd’hui, en tant que vice-ministre lituanien de la Santé, responsable de l’innovation et de la recherche, il s’appuie toujours sur cette expérience. « Les connaissances scientifiques et les compétences en matière d'expression publique sont très utiles », note-t-il.
Michelle Camacho, membre d'Action et chercheuse à l'Université Jagellonne, a d'abord suivi une formation de médecin au Venezuela avant de poursuivre une carrière scientifique en Pologne. L'action lui a offert des opportunités et de la stabilité. Grâce à des missions scientifiques à court terme, elle a visité des laboratoires à travers l'Europe, appris de nouvelles approches expérimentales et analytiques et affiné ses techniques sous la direction de scientifiques expérimentés.
« Faire partie de cette action COST a été pour moi une expérience inestimable » dit-elle. « Cela a grandement contribué à mon évolution en tant que jeune chercheur. » Les relations personnelles étaient tout aussi importantes. « J'ai noué des amitiés et des collaborations qui se poursuivent au-delà du projet lui-même. »
Ebru Kocakaya de l'Université d'Ege fait écho à ce sentiment, affirmant que Mye-InfoBank était un élément clé de son parcours doctoral. « Rejoindre ce grand consortium international est rapidement devenu un espace propice à l'apprentissage et à la croissance », elle se souvient. Grâce à des écoles de formation et à des activités de recherche, elle a acquis une expérience pratique des méthodes d'analyse avancées et de l'analyse de données unicellulaires, tout en renforçant ses compétences en communication.
« Ce qui a rendu cette expérience particulièrement significative, ce sont les gens », ajoute-t-elle. « J'ai rencontré des scientifiques qui sont devenus amis, mentors et collaborateurs. » Un moment ressort particulièrement : « La dernière réunion à Hambourg a été une véritable réunion de famille. Elle m'a fait prendre conscience de la rareté et de la particularité de ce réseau. »
Ce qui vient ensuite : Omnicellscope
L'élan de Mye-InfoBank se poursuit grâce à une subvention COST Innovators soutenant le projet « Développement d'une plate-forme flexible et largement applicable pour la déconvolution de type cellulaire guidée par des experts dans les maladies liées au système immunitaire humain » (Omnicellscope). Cette initiative vise à développer une plateforme flexible et conviviale qui combine des données de séquençage d’ARN en vrac et unicellulaires pour révéler la composition cellulaire des tissus dans les maladies d’origine immunitaire. En se concentrant sur les ensembles de données accessibles au public, Omnicellscope aidera les chercheurs, les entreprises de biotechnologie et le secteur pharmaceutique à extraire davantage de valeur des données existantes.
« Omnicellscope nous permet de récupérer des informations plus spécifiques à partir de données déjà existantes », explique le président. « Cela aide les chercheurs à mieux comprendre la maladie et, à terme, à améliorer le traitement. »
En rassemblant des personnes, des données et des idées de toute l'Europe, Mye-InfoBank a montré comment les actions COST peuvent transformer les ressources scientifiques en connaissances partagées, ouvrant ainsi la voie à de meilleurs résultats en matière de santé.
