Dans une récente étude publiée sur bioRxiv* serveur de prétirage, des chercheurs italiens ont effectué une comparaison basée sur le génome du recombinant XBB du syndrome respiratoire aigu sévère coronavirus 2 (SARS-CoV-2) avec ses lignées parentales.
Étude : Comparaison basée sur le génome entre le SARS-CoV-2 XBB recombinant et ses lignées parentales. Crédit d’image : NIAID
Sommaire
Arrière plan
Le recombinant SARS-CoV-2 le plus récemment détecté est appelé lignée XBB. La lignée XBB est un recombinant des membres de la lignée BA.2 BJ.1 et BM.1.1.1. Selon les séquences rapportées à l’Initiative mondiale sur le partage de toutes les données sur la grippe (GISAID) au 2 décembre 2022, XBB et ses descendants avaient une prédominance de séquence globale d’environ 7 %. Le groupe consultatif technique sur l’évolution du virus SARS-CoV-2 (TAG-VE) a souligné le bénéfice croissant de cette sous-lignée, ainsi que des données préliminaires sur la gravité clinique et le risque de réinfection dans de nombreux pays.
Des recherches récentes suggèrent que XBB et XBB.1 peuvent échapper à la protection médiée par les anticorps acquise par la vaccination ou une infection antérieure. Cependant, les personnes complètement immunisées continuent d’être protégées contre l’hospitalisation et la mortalité. XBB a besoin d’une surveillance épidémiologique continue basée sur le génome ainsi que d’une gestion clinique des caractéristiques de la maladie en raison de ses capacités hautement immuno-évasives.
À propos de l’étude
La présente étude a mené une enquête basée sur le génome pour comparer le nouveau XBB recombinant SARS-CoV-2 avec ses lignées parentales.
Pour identifier XXB et XXB.1 d’un point de vue évolutif, l’épidémiologie génomique liée aux variantes du SARS-CoV-2 Omicron a été reconstruite avec un sous-échantillon global collecté au cours des six derniers mois. Afin de comparer le profil génétique correspondant à XXB et XBB.1 et leurs lignées ancestrales, les sous-ensembles suivants ont été créés : BJ.1, BM.1.1.1 et XBB. Des analyses génétiques ont été menées indépendamment pour les ensembles de données. Les génomes ont été arrangés en utilisant l’algorithme L-INS-I incorporé dans Mafft 7.471. Le taux d’évolution a été déterminé à l’aide de l’inférence bayésienne (BI) et du programme BEAST 1.10.4. À l’aide du test du facteur Bayes, le modèle supérieur a été choisi pour tirer des conclusions sur la meilleure sortie représentative.
Sur une séquence d’ensemble de données constituée de tous les génomes étudiés des deux lignées parentales et de la lignée recombinante, ou BJ.1 + BM.1.1.1 + XBB, le point de rupture lié à l’événement de recombinaison a été identifié. Les mutations définissant les lignées de pointe SARS-CoV-2 XBB et XBB.1 ont été distinguées à l’aide de séquences consensus qui ont été obtenues en appliquant un seuil de 75 % à toutes les séquences disponibles. Après individuation, les mutations ont été confirmées à l’aide des résultats de la page Web du GISAID intitulée « Comparaison de lignées ». Les interactions résidu-résidu présentes sur l’interface ont été évaluées et des résultats de mutagenèse in silico ont été produits. En outre, les résidus sur l’interface entre le domaine de liaison au récepteur SARS-CoV-2 (RBD) et l’enzyme de conversion de l’angiotensine-2 (ACE-2) ont été scannés pour l’alanine.
Résultats
La reconstruction de l’arbre phylogénétique a révélé que les génomes XBB et XBB.1 se regroupent à l’intérieur du GSAID non monophylétique Clade 21L. En particulier, ils sont étroitement liés aux génomes BA.2, qui constituent leur ancêtre. Les résultats du facteur Bayes correspondant aux ensembles de données BJ.1, BM.1.1.1 et XBB ont démontré que le modèle d’horizon bayésien concernant le modèle d’horloge relâchée convenait considérablement mieux aux données que les autres modèles d’horloge et démographiques étudiés pour tous les ensembles de données.
Bayesian Skyline Plot (BSP) associé au XBB recombinant a démontré qu’après la période initiale de variabilité génétique aplatie, il y avait une expansion de la taille de la population virale à partir du 27 septembre 2022, atteignant son apogée presque le 6 octobre 2022. suivie d’une phase de plateau qui a été observée jusqu’à quelques jours avant le 12 novembre 2022, lorsqu’une diminution de la taille de la population virale a été notée. Après cela, le nombre de lignées a augmenté lentement jusqu’au 27 septembre 2022 environ, après quoi le nombre de lignées a cessé de croître.
La BSP liée à la sous-lignée XBB.1 a présenté une courte phase de variabilité génétique aplatie, suivie d’une augmentation de la taille de la population virale, qui a commencé le 31 août 2022, atteignant son apogée presque le 10 septembre 2022. Cette phase a été suivie d’un plateau qui est actuellement en cours et n’a montré aucune variabilité génétique significative ni aucun changement dans la taille de la population virale. Jusqu’au 6 septembre 2022 environ, le nombre de lignages a augmenté modérément lentement. Par la suite, le nombre de lignages cessa de croître.
Conclusion
Les résultats de l’étude ont montré que l’analyse basée sur le génome du recombinant SARS-CoV-2 XXB et de sa première sous-lignée XBB.1 a suggéré que, malgré le nombre de mutations de pointe d’intérêt possédées par la nouvelle variante, il manque actuellement de preuves de toute virulence spécifique ou une grande capacité d’expansion, malgré ses propriétés immuno-évasives. Néanmoins, sa prédominance régionale a suscité des inquiétudes, incitant à la nécessité d’une enquête approfondie. Les données présentées ici indiquent une période de croissance rapide suivie d’une longue phase de variabilité génétique aplatie. Ce profil diffère d’une lignée épidémiologiquement nuisible, comme cela a été noté au début de la pandémie lorsque la taille de la population présentait une courbe fortement ascendante.
*Avis important
bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
