Une étude révolutionnaire publiée dans Nature's Biologie des communications jette un nouvel éclairage sur la relation entre les chauves-souris et les virus dangereux. Menée par des chercheurs de l'Université d'Oklahoma, l'étude montre que contrairement aux hypothèses largement répandues, toutes les chauves-souris ne sont pas porteuses de virus à fort potentiel épidémique, mais seulement des groupes spécifiques d'espèces.
De nombreux virus aux conséquences graves – des agents pathogènes susceptibles de provoquer des maladies graves, la mort et une transmission généralisée – proviennent de la faune sauvage. Les chauves-souris ont été identifiées comme porteuses de nombreux virus, notamment les coronavirus de type SRAS, le virus de Marburg et les virus Hendra et Nipah.
Cependant, les chauves-souris sont bénéfiques pour leurs écosystèmes et différentes espèces de chauves-souris fournissent des services distincts à leur environnement. En Oklahoma, les chauves-souris mexicaines à queue libre consomment des ravageurs agricoles, contribuant ainsi à garantir la prospérité des cultures. Les chauves-souris frugivores, quant à elles, servent de pollinisateurs dans leurs communautés.
« Si nous perdions des chauves-souris, la production agricole serait affectée négativement, tout comme les économies », a déclaré Caroline Cummings, doctorante à l'École des sciences biologiques et auteur principal de l'article.
Les recherches de Cumming ont révélé que beaucoup moins de chauves-souris sont porteuses de virus dangereux qu'on ne le pense généralement. Grâce à l’apprentissage automatique avancé, l’équipe a identifié des groupes spécifiques d’espèces de chauves-souris plus susceptibles d’héberger des virus hautement virulents et transmissibles. La recherche a révélé que, pour certains virus, ces caractéristiques ont tendance à se regrouper parmi des espèces étroitement apparentées.
« Au lieu que toutes les chauves-souris soient porteuses de virus dangereux, seules certaines chauves-souris ont co-évolué avec des virus spécifiques, et c'est pourquoi elles ont tendance à vivre avec eux et à ne pas être malades », a déclaré Cummings.
Avec l’augmentation du taux d’émergence de maladies infectieuses chez l’homme, prédire quelles espèces sauvages peuvent héberger des virus est utile pour la surveillance virale et les efforts de conservation. Cummings affirme que la surveillance virale demande généralement du temps, du travail et des coûts, et que ces résultats peuvent aider à atténuer une partie de cette intensité en limitant les échantillons à échantillonner. Les efforts peuvent être ciblés pour se concentrer sur les groupes d’espèces de chauves-souris à haut risque.
Pour aider à cibler davantage la surveillance virale, Cummings a également cartographié la manière dont ces groupes de chauves-souris à haut risque se chevauchent avec des zones de forte perturbation de l'habitat et d'empiétement humain. La perturbation de l'habitat et l'empiétement humain peuvent augmenter la transmission du virus des chauves-souris aux humains, à la fois en augmentant les contacts entre les espèces et en provoquant un stress chez les chauves-souris, mettant potentiellement à l'épreuve leur système immunitaire et augmentant l'excrétion virale. Une colonie de chauves-souris saine et intacte maintient un meilleur équilibre immunologique, contrôlant efficacement les virus. Cummings affirme que les efforts de conservation visant à protéger les habitats des chauves-souris pourraient réduire le risque de débordement et préserver les services écosystémiques essentiels fournis par les chauves-souris.
« Ce travail apporte des nuances indispensables aux discussions sur les chauves-souris et leur rôle en tant qu'hôtes viraux », a déclaré le Dr Daniel Becker, professeur adjoint à l'École des sciences biologiques et auteur principal de l'article. « La littérature a souvent fait des déclarations larges et radicales sur les chauves-souris et le risque zoonotique. En étant capables d'identifier quels groupes particuliers d'espèces de chauves-souris sont porteurs de virus dangereux et où ils chevauchent le plus les impacts humains, nous pouvons minimiser les interactions négatives entre l'homme et la chauve-souris. »
Au-delà de la conservation et de la surveillance virale, Cummings affirme que les recherches futures sur le système immunitaire de ces groupes de chauves-souris qui hébergent des virus dangereux pourraient conduire à des développements thérapeutiques intéressants. Comprendre les adaptations que ces espèces ont faites pour coexister avec ces virus pourrait être utilisé pour de futurs progrès médicaux.
