*Avis important: bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
Dans une récente étude publiée sur bioRxiv* serveur de préimpression, des chercheurs aux États-Unis (États-Unis) ont examiné les propriétés d’évasion de la neutralisation et d’affinité des récepteurs des sous-variantes Omicron BA.2.75 du coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère-2 (SRAS-CoV-2).
Arrière-plan
SARS-CoV-2 Omicron a évolué, résultant en plusieurs sous-variantes. La variante Omicron BA.2.75 s’est propagée rapidement, concurrençant les sous-variantes BQ et XBB.
De plus, les sous-variantes dérivées de BA.2.75 sont relativement diverses et ont des voies d’évolution différentes. CH.1.1 et BN.1 sont les sous-variantes les plus fréquemment observées d’Omicron BA.2.75.
CH.1.1 domine dans les pays américains et européens, tandis que BN.1 est dans les pays asiatiques. La sous-lignée BA.2.75 présente plusieurs mutations convergentes observées dans d’autres variantes d’Omicron et trois nouvelles substitutions (K356T, R403K et D574V), qui soulèvent des inquiétudes quant à leur impact sur les thérapeutiques et les vaccins.
L’étude et les conclusions
Dans la présente étude, les chercheurs ont évalué l’affinité des récepteurs et les caractéristiques d’évasion de la neutralisation des sous-variantes SARS-CoV-2 Omicron BA.2.75. Tout d’abord, ils ont mesuré l’affinité de liaison des sous-variants de BA.2.75 et d’autres variants à l’enzyme de conversion de l’angiotensine humaine 2 (hACE2) par résonance plasmonique de surface (SPR). Ils ont observé des affinités de liaison plus élevées de BA.4/5, BQ.1, XBB.1.5, BQ.1.1 et BF.7 par rapport à la souche D614G.
Plusieurs sous-variantes de BA.2.75, notamment DS.1, CH.1 et CH.1.1, présentaient une affinité inférieure à BA.2.75. Des substitutions uniques supplémentaires dans le pic BA.2.75 (R346T, K356T, L452R, R403K ou D574V) ont amélioré l’affinité de liaison.
BN.1 a montré l’affinité la plus élevée parmi les sous-variantes BA.2.75. Ensuite, les chercheurs ont examiné le profil de neutralisation des virus pseudotypés en pointe contre 30 anticorps monoclonaux (mAbs).
Vingt-sept mAbs étaient ceux ciblant les épitopes du domaine de liaison au récepteur (RBD), et trois ciblaient le domaine N-terminal (NTD) ou ses sous-domaines (SD1 et SD2). L’activité neutralisante des mAb RBD et non-RBD de classe 4 n’a généralement pas été altérée contre les sous-variantes BA.2.75.
BN.1 était relativement résistant à quelques mAbs RBD de classe 3. Notamment, CH.1.1, CH.1, DS.1, BM.4.1.1 et BA.2.75.2 étaient très résistants à la neutralisation par les mAb RBD de classe 1 et de classe 2 et la plupart des mAb de classe 3.
En outre, l’équipe a évalué la neutralisation des sérums humains des sous-variantes BA.2.75. Des échantillons ont été prélevés auprès de quatre cohortes cliniques – receveurs de trois doses de vaccin à ARNm de type sauvage (WT), individus amorcés avec trois doses d’ARNm de WT et boostés avec une dose de vaccin bivalent, et individus ayant eu une percée d’infection par BA.2 ou BA. 4/5 variantes.
L’Omicron BA.2.75 était plus de sept fois plus résistant à la neutralisation par les sérums d’individus vaccinés avec trois vaccins à ARNm WT. Ces individus avaient également des titres de neutralisation significativement plus faibles contre les sous-variantes BA.2.75 que BA.2.75. Étonnamment, CH.1.1 avait presque 12 fois moins de sensibilité à la neutralisation.
En outre, les sous-variantes BM.4.1, BM.4.1.1, CH.1, BN.1, DS.1 et BL.1 ont considérablement altéré l’activité neutralisante. Les auteurs ont observé une tendance similaire pour les sérums des receveurs du vaccin bivalent et des cohortes de percée BA.2 et BA.4/5. CH.1, DS.1 et CH.1.1 ont affiché une évasion sensiblement plus forte, tandis que BN.1, BA.2.75.2, BL.1, BM.4.1.1 ont présenté une évasion modérément plus élevée que BA.2.75.
Ensuite, l’équipe a utilisé la cartographie antigénique des résultats de neutralisation des sérums vaccinés bivalents pour visualiser la relation antigénique des sous-variants. BA.4/5 et BA.2.75 avaient une distance antigénique similaire.
Les mutations ponctuelles D574V, F486S, L452R, K356T et R346T dans BA.2.75.1, BA.2.75.7, BA.2.75.4, BA.2.75.5 et BA.2.75.6 ont augmenté la distance antigénique de 1,02, 1,47, 0,92, 1,14 et 0,3 unités antigéniques (UA), respectivement, par rapport à BA.2.75.
BA.2.75.2 était à 5,07 UA des sérums boostés par le vaccin bivalent et à 1,96 UA de BA.4/5, suggérant un avantage d’évasion par rapport à BA.4/5. De plus, DS.1, CH.1.1 et CH.1 étaient de 6,4, 6,75 et 6,09 UA des sérums bivalents, respectivement, similaires à celles de XBB.1.5 (6,39 UA). Les sous-variants BA.2.75 formaient deux groupes antigéniquement distincts ; un ensemble regroupé avec des sous-variantes BQ et l’autre avec des sous-variantes XBB.
Enfin, l’équipe a tracé des augmentations de pli de l’affinité de liaison aux récepteurs par rapport à celles de l’évasion des anticorps pour identifier les tendances communes. Cela a révélé deux combinaisons phénotypiques. Un groupe avait une affinité significativement plus élevée avec une augmentation modérée de l’évasion des anticorps, tandis que l’autre a montré une augmentation substantielle de la résistance à la neutralisation mais une affinité inférieure pour le récepteur.
conclusion
Les résultats suggèrent que l’évolution des sous-variants BA.2.75 a divergé en deux trajectoires – l’une avec une évasion de neutralisation plus élevée mais une affinité pour le récepteur plus faible et l’autre avec une affinité pour le récepteur plus élevée mais une évasion des anticorps modérément élevée.
Fait intéressant, les variantes les plus dominantes du SRAS-CoV-2 sont également les plus évasives à la neutralisation, ce qui suggère que cette capacité à échapper à la pression des anticorps pourrait être le principal déterminant de la transmissibilité virale.
*Avis important: bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
