Récemment, une variante en augmentation rapide du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) est apparue dans la province de Gauteng en Afrique du Sud, nommée Pangolin B.1.1.529 (Omicron). Omicron, qui a rapidement remplacé le Delta circulant et d’autres variantes, abrite jusqu’à trente-deux mutations notables dans la protéine de pointe. Il a été signalé que la nouvelle variante avait été identifiée deux mois après son émergence – fin novembre 2021. Par le 8e de décembre, cet agent pathogène s’est propagé à l’échelle mondiale – dans 50 pays dotés d’une capacité de surveillance du génome.
La propagation Omicron en Afrique du Sud est restée régulièrement faible avant que la nouvelle variante ne remplace la variante Delta. La raison de la nouvelle épidémie peut être expliquée passant par enquêter sur la transmissibilité de la variante Omicron.
Étudier: Nombre relatif de reproduction de SARS-CoV-2 Omicron (B.1.1.529) par rapport à la variante Delta en Afrique du Sud. Crédit d’image : Fit Ztudio/Shutterstock
Une étude récente publiée dans le Journal de médecine clinique ont présenté un résultat de modélisation d’une analyse des données de surveillance du génome dans la province de Gauteng, en Afrique du Sud, en utilisant une technique d’estimation existante.
L’étude
Ici, les données de surveillance du génome de la province de Gauteng enregistrées auprès de l’Initiative mondiale sur le partage des données sur la grippe aviaire (GISAID) à la fin novembre 2021 ont été utilisées. L’étude a supposé que le nombre de reproduction effectif de la variante Omicron – Romicron
La présente étude a été principalement financée par l’Agence japonaise pour la recherche et le développement médicaux, entre autres.
Résultats
Les résultats ont montré que Romicron
Avantages de transmission d’Omicron
Supposons que était la fraction immunisée au début de l’épidémie en cours en Afrique du Sud et €delta
Une équation similaire s’applique à la variante Omicron. Ensuite, la protection immunitaire contre la variante Omicron – €omicron, induite par l’immunité acquise, dans le scénario actuel, est estimée à €omicron = 1/ω {1 − k(1 − €delta
Les €omicron est susceptible d’être très faible – environ 10-20%. Il est possible que l’avantage de transmission d’Omicron sur Delta ait pu être obtenu par le mécanisme d’échappement d’Omicron à l’immunité existante dans la population.
Les données suggèrent une réduction du potentiel de neutralisation contre la variante Omicron chez les individus précédemment vaccinés, ainsi qu’une augmentation de la fréquence des réinfections. Cependant, un taux d’infection quatre fois plus élevé entièrement dû à une transmissibilité accrue est peu probable.
De plus, Omicron a un potentiel de transmission substantiel pour pénétrer l’immunité collective existante obtenue grâce à la vaccination de masse dans de nombreux pays. Pourtant, plusieurs questions restent en suspens :
- L’efficacité des vaccins contre la variante Omicron – en particulier dans les pays qui ont utilisé différents types de vaccins, par exemple, le vaccin à ARN messager.
- La gravité clinique de l’infection dans tous les groupes d’âge et parmi différentes populations souffrant de problèmes de santé sous-jacents.
