Dans une récente étude publiée sur medRxiv* serveur de pré-impression, les chercheurs ont examiné si le séquençage du génome entier (WGS) du coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère 2 (SARS-CoV-2) pouvait être utilisé de manière routinière pour la prévention et le contrôle des infections (IPC) dans les hôpitaux.
Étudier: Évaluation de l’efficacité du séquençage rapide du génome du SRAS-CoV-2 dans le soutien des équipes de contrôle des infections : l’étude sur l’infection par le COVID-19 à l’hôpital COG-UK. Crédit d’image : peterschreiber.media/Shutterstock
Au milieu de la pandémie de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) en cours, l’atténuation de la transmission nosocomiale du SRAS-CoV-2, en particulier des infections nosocomiales (IAS), est un sujet de préoccupation majeur pour les responsables de la santé publique dans le monde.
Au Royaume-Uni, les IASS représentaient plus de 5 % des cas confirmés de SRAS-CoV-2 entre août et mars 2020 et représentaient 11 % des cas de COVID-19 dans les hôpitaux au cours de cette période. La nécessité de développer des mesures d’intervention pour contrôler ou minimiser la survenue de la transmission nosocomiale est en effet urgente.
Sommaire
À propos de l’étude
Dans la présente étude, les chercheurs ont mené un essai prospectif non randomisé dans 14 hôpitaux britanniques pour évaluer l’impact des interventions basées sur le WGS sur les actions IPC et l’incidence des IASS probables et définitives.
Les chercheurs ont enregistré des données pour tous les patients qui n’avaient pas le COVID-19 au moment de l’admission à l’hôpital mais qui ont été testés positifs au COVID-19 dans les 48 heures suivant l’admission à l’hôpital, c’est-à-dire qui présentaient une infection au COVID-19 d’origine hospitalière (HOCI), à l’aide d’un outil de rapport de séquence personnalisé (SRT).
L’étude comprenait les données de base, collectées pendant quatre semaines, suivies de données collectées sur deux périodes d’intervention, définies comme le temps pris entre l’échantillonnage de diagnostic et le retour des données WGS aux équipes IPC. Les périodes d’intervention comprenaient les huit premières semaines de séquençage « rapide » et quatre semaines de séquençage « plus long » pour chaque site. Les délais d’exécution ciblés des phases de séquençage «rapide» et «plus long» étaient respectivement de 48 heures et de cinq à 10 jours.
Tous les hôpitaux participants visaient à séquencer tous les cas de SRAS-CoV-2, y compris les cas HOCI et non HOCI pendant la phase d’intervention. Le WGS et les métadonnées des patients ont été intégrés pour produire un rapport d’une page pour les équipes IPC utilisant SRT, ce qui a également aidé les chercheurs à normaliser la collecte de données sur tous les sites. Les chercheurs ont utilisé une base de données centrale spécifique à l’étude pour étudier les données des patients à la lumière des informations ayant un impact sur la mise en œuvre de l’IPC.
Il y avait deux critères de jugement principaux de l’étude : i) l’incidence des IASS du SRAS-CoV-2 définies par l’IPC par semaine pour 100 patients hospitalisés non COVID-19 admis et ii) pour chaque HOCI, le SRT a identifié un lien avec des individus au sein d’une épidémie de SRAS. -Transmission nosocomiale du CoV-2 à l’aide de données de séquençage. Notamment, ces liens n’ont pas été identifiés par le pré-séquencement de l’évaluation IPC pendant les phases d’intervention.
L’étude a également signalé toute modification des actions IPC après réception du rapport SRT pour chaque HOCI pendant les phases d’intervention et toute modification recommandée des actions IPC en tant que résultats secondaires.
Résultats
Pour la période d’étude entre le 15 octobre 2020 et le 26 avril 2021, les auteurs ont noté un total de 2 170 HOCI dont 80 % avaient au moins une comorbidité cliniquement significative. Tous les 14 sites ont terminé les phases d’intervention de base et de séquençage rapide, le délai d’exécution moyen dans la phase d’exécution rapide et la phase d’exécution plus longue étant de 5 et 13 jours, respectivement.
Bien que les rapports SRT pour les HOCI soient revenus dans les phases d’intervention, seuls 9,3 % d’entre eux sont revenus dans les délais cibles, dont 4,6 % étaient dans la phase rapide et 21,2 % étaient dans la phase d’intervention plus longue.
Au cours de la période d’étude, alors que huit hôpitaux ont mis en place des phases de séquençage « rapides » suivies de « délais plus longs », les cinq autres ont fait le contraire ; cependant, un hôpital a complètement omis le séquençage à plus long délai parce qu’il le considérait comme une réduction de sa pratique standard. Fait intéressant, alors que les HOCI diagnostiqués trois à sept jours après l’admission à l’hôpital étaient généralement exclus des évaluations des infections nosocomiales par le SRAS-CoV-2, les rapports SRT ont confirmé que 78,9 % de ces IHA indéterminées étaient nosocomiales.
Résultat secondaire de l’étude, les éclosions hospitalières de SRAS-CoV-2 définies par l’IPC sont définies comme un minimum de deux cas de HOCI dans le même service, dont au moins un ayant plus de huit jours entre l’admission et l’apparition des symptômes. Les auteurs ont observé que le nombre moyen d’incidence de HOCI par flambée hospitalière de SRAS-CoV-2 définie par l’IPC était de quatre par semaine pour 100 patients hospitalisés non COVID-19, et la plus grande épidémie comprenait 43 HOCI.
conclusion
Selon les auteurs de l’étude, à ce jour, aucune autre revue n’a mené de WGS pour une enquête IPC aiguë sur la transmission nosocomiale. Cet essai a été mené dans le cadre de la pratique de routine avec le National Health Service (NHS) du Royaume-Uni ; par conséquent, les défis rencontrés lors de la mise en œuvre reflétaient les véritables obstacles présents au Royaume-Uni.
Les enquêtes sur les épidémies sont intrinsèquement complexes, c’est pourquoi des interventions centrées sur les pratiques de PCI évaluées au niveau de l’hôpital sont nécessaires pour générer des preuves de haute qualité. Les équipes IPC, en particulier dans l’analyse par protocole, avaient une perception positive de l’utilisation du WGS pour les enquêtes sur les épidémies.
Le SRT a rapidement combiné la séquence et les métadonnées des patients pour distinguer les infections nosocomiales et nosocomiales sur une échelle de temps cliniquement pertinente. En ce qui concerne le coût, la différence de coût entre le séquençage d’échantillons hospitaliers « rapide » et « à délai plus long » a entraîné un faible coût par rapport au coût global de ces interventions utilisées à l’heure actuelle. De plus, s’ils sont continuellement utilisés à des fins de santé publique, les avantages cumulés compenseraient le coût supplémentaire du séquençage rapide à des fins de PCI.
Bien que cette étude n’ait pas directement montré l’impact du séquençage sur le nombre d’IAS ou d’épidémies, les données prouvant que celles-ci étaient corrélées aux taux élevés de SRAS-CoV-2 dans la communauté suggéraient que même des facteurs indépendants de la volonté de l’IPC avaient une influence majeure.
Pour conclure, avec des délais d’exécution plus rapides, WSG peut éclairer les actions IPC en cours dans la gestion des transmissions nosocomiales du SRAS-CoV-2 ; par la suite, dans près de 20 % des cas de COVID-19, les résultats sont retournés dans les cinq jours suivant l’échantillonnage pour éclairer les actions IPC. Pour les recherches futures, l’étude actuelle a généré une mine de données pour surmonter les défis de réaliser le plein potentiel du WGS pour la pratique de la CIP à plus grande échelle.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
