Une nouvelle étude internationale fournit une liste restreinte des espèces sauvages présentes sur le marché d'où le SRAS-CoV-2, le virus responsable de la pandémie de COVID-19, est très probablement apparu fin 2019.
L'étude, publiée jeudi dans la revue Celluleest basée sur une analyse de données génétiques publiées par le Centre chinois de contrôle et de prévention des maladies. Les données proviennent de plus de 800 échantillons collectés dans et autour du marché de gros de fruits de mer de Huanan à Wuhan, en Chine, à partir du 1er janvier 2020, et de génomes viraux de patients atteints de la COVID-19.
Il s'agit peut-être du dernier grand ensemble de données nouvelles provenant directement du marché et, d'une certaine manière, c'est comme terminer la dernière pièce d'un puzzle montrant une image déjà assez claire. Nous présentons une analyse approfondie et rigoureuse des données et de la manière dont elles s'intègrent au reste de l'énorme corpus de preuves dont nous disposons sur la façon dont la pandémie a commencé.
Michael Worobey, l'un des trois co-auteurs correspondants de l'article et chef du département d'écologie et de biologie évolutive de l'université d'Arizona
Le 1er janvier 2020, quelques heures seulement après la fermeture du marché, des enquêteurs du CDC chinois se sont rendus sur place pour recueillir des échantillons. Bien qu'ils n'aient rencontré que peu d'animaux sauvages vivants, ils ont prélevé des échantillons sur les sols, les murs et d'autres surfaces de nombreux stands. Ils sont revenus quelques jours plus tard pour se concentrer sur les surfaces des stands où des animaux sauvages étaient vendus, comme les cages et les chariots utilisés pour déplacer les animaux, et ont également recueilli des échantillons dans les égouts et les canalisations.
Ils ont procédé au séquençage métatranscriptomique des échantillons, une technique utilisée pour obtenir des séquences d’ARN (et qui peut également récupérer de l’ADN) de tous les organismes présents dans les échantillons – virus, bactéries, plantes, animaux et humains. L’équipe du CDC chinois, dirigée par Liu Jun, a publié ses données et ses résultats en 2023 dans la revue Nature. Cependant, l’article n’a pas résolu l’identité exacte des espèces animales trouvées dans les données. Le CDC chinois a partagé les données de séquençage sur des référentiels publics et ouverts.
Selon les dernières analyses des données, le SARS-CoV-2 était présent dans certains des mêmes stands où étaient vendus des animaux sauvages sur le marché. Parmi ces animaux, on trouve des chiens viverrins – de petits animaux ressemblant à des renards et portant des marques similaires à celles des ratons laveurs – et des civettes – de petits mammifères carnivores apparentés aux mangoustes et aux hyènes. Dans certains cas, du matériel génétique du virus SARS-CoV-2 et de ces animaux a été trouvé sur les mêmes prélèvements.
« De nombreuses espèces animales clés avaient été évacuées avant l’arrivée des équipes du CDC chinois, nous ne pouvons donc pas avoir de preuve directe que les animaux étaient infectés », a déclaré Florence Débarre, co-auteure correspondante du rapport, du Centre national de la recherche scientifique français. « Nous voyons des fantômes d’ADN et d’ARN de ces animaux dans les échantillons environnementaux, et certains se trouvent également dans des étals où le SARS-CoV-2 a été détecté. C’est ce à quoi on s’attendrait dans un scénario où il y aurait des animaux infectés sur le marché. »
« Une étincelle dans une poudrière »
Mettre des animaux sauvages porteurs de virus en contact avec des humains au cœur des grandes villes, où la densité de population facilite la propagation de ces virus, est l’une des choses les plus risquées que les humains puissent faire, a déclaré Worobey.
« Tous ces virus n’ont pas le potentiel de déclencher une pandémie, mais lorsqu’ils se déclarent, c’est comme une étincelle dans une poudrière », a-t-il déclaré.
Les chercheurs ont également effectué une analyse évolutive des premiers génomes viraux signalés au cours de la pandémie. Les résultats suggèrent qu'il y avait très peu, voire aucun, d'humains infectés avant l'épidémie du marché. Cela concorde avec une transmission des animaux aux humains au sein du marché, puis une propagation ultérieure à Wuhan et, finalement, au monde entier, a déclaré Worobey.
Bien que les données ne puissent pas prouver si un ou plusieurs de ces animaux ont été infectés, les analyses fournissent une liste claire des espèces qui auraient très probablement pu être porteuses du virus.
L’étude présente également le registre le plus complet des espèces animales et des populations spécifiques au sein de ces espèces qui auraient pu servir d’hôtes intermédiaires sur le marché, a déclaré Worobey.
« Cela nous donne des indices sur les populations qui y étaient représentées pour chaque espèce », a-t-il déclaré. « Où vivaient-ils en Asie du Sud-Est ? D'où venaient-ils ? Combien d'entre eux étaient élevés en élevage ou capturés dans la nature, puis introduits dans les réseaux de transport d'espèces sauvages illégales ? »
Bien que l'accent soit mis sur la sécurité des laboratoires depuis le début de la pandémie il y a plus de quatre ans, Worobey déclare que « étonnamment, peu de mesures ont été prises pour réduire le risque qu'un virus passe à nouveau de la faune sauvage à l'homme ».
« Nous devons commencer à mettre en pratique les preuves de la façon dont cette pandémie a commencé en prenant des mesures sérieuses et concrètes pour mettre fin à la pratique périlleuse qui consiste à introduire des animaux vivants porteurs d'agents pathogènes pandémiques potentiels dans des zones urbaines densément peuplées », a-t-il déclaré.
