Une étude identifie deux nouveaux virus chez des patients brésiliens suspectés de dengue

Revue par Emily Henderson, B.Sc.17 avr.2020

Deux nouvelles espèces de virus ont été identifiées dans des échantillons de sang prélevés sur des patients de la région nord du Brésil qui présentaient des symptômes similaires à ceux de la dengue ou du Zika, tels que fièvre élevée, maux de tête sévères, éruption cutanée et taches rouges sur la peau. L'un appartient au genre Ambidensovirus et a été trouvé dans un échantillon prélevé dans l'État d'Amapá. L'autre appartient au genre Chapparvovirus et a été trouvé dans le sang de l'état de Tocantins. L'étude a été soutenue par la Fondation de recherche de São Paulo – FAPESP. Les résultats sont publiés dans la revue PLOS ONE.

Ce qui nous a le plus surpris, c'est la découverte d'un Ambidensovirus dans un échantillon humain. Les espèces virales de ce genre n'ont été décrites que chez les insectes, les crustacés et autres invertébrés. Jamais chez les mammifères. « 

Antonio Charlys da Costa, boursier postdoctoral à la faculté de médecine de l'Université de São Paulo (FM-USP) et l'un des auteurs de l'étude

Selon Costa, différentes espèces de Chapparvovirus ont été décrites chez d'autres mammifères mais, encore une fois, jamais chez l'homme. « Cependant, nous ne savons pas encore si ces virus étaient actifs chez les patients, et encore moins s'ils ont provoqué les symptômes », a-t-il déclaré.

Pour Eric Delwart, chercheur principal au Vitalant Research Institute aux États-Unis et superviseur du projet, les scientifiques peuvent utiliser ces résultats pour déterminer si de nouveaux virus sont présents chez d'autres personnes dans la région ou dans d'autres populations et s'il existe un risque. de diffusion.

« Jusqu'à présent, aucune preuve n'a été trouvée que ces virus se sont propagés ou qu'ils sont pathogènes », a déclaré Delwart. « Cependant, il est scientifiquement intéressant que l'Ambidensovirus ait été détecté chez des hôtes humains. La découverte montre à quel point nous savons peu sur la capacité de certains virus à infecter différents types de cellules. »

Delwart a également souligné l'importance de réanalyser les échantillons cliniques existants dans les études épidémiologiques des virus émergents potentiels. Dans l'étude discutée ici, les échantillons analysés ont été initialement collectés par les laboratoires centraux de santé publique (LACEN) dans plusieurs États du Brésil dans le cadre de leurs activités de surveillance de routine.

Diversité virale

L'identification de la nouvelle espèce a été possible grâce à une technique connue sous le nom de métagénomique, qui implique le séquençage concomitant de tout le matériel génétique dans un échantillon de sang, d'urine, de salive ou de matières fécales, y compris chacun des microbes qui s'y trouvent. La technique peut également être utilisée, par exemple, pour étudier toutes les bactéries et les champignons dans le sol d'une région ou pour cartographier les différentes espèces dans le microbiote intestinal d'une personne. Une fois que tous les acides nucléiques d'un échantillon ont été extraits et séquencés, des outils bioinformatiques sont utilisés pour comparer les résultats avec des séquences de génomes connues décrites dans des bases de données.

Costa a appris la méthodologie lors de ses recherches de doctorat, alors qu'il était en stage au laboratoire de Delwart. Le superviseur au Brésil était Ester Sabino, professeur au FM-USP qui a dirigé l'Institut de médecine tropicale de l'Université (IMT-USP) entre 2015 et 2019.

le PLOS ONE L'article rapporte les résultats d'analyses de 781 échantillons prélevés entre 2013 et 2016. Des anellovirus ont été trouvés chez 80% des patients, tandis que 19% contenaient des pegivirus humains de type 1 (HPgV-1). Aucun des deux genres ne serait à l'origine de pathologies importantes. Dans 17%, les chercheurs ont détecté le parvovirus B19, qui provoque un érythème infectieux (syndrome des joues giflées ou cinquième maladie), une affection infantile courante caractérisée par une légère fièvre et des éruptions cutanées sur le visage, les bras, les jambes et le tronc.

Les espèces virales qui n'avaient jamais été décrites, toutes deux appartenant à la famille des Parvoviridae, n'ont été trouvées que dans deux des échantillons. Les échantillons de plasma ont été fournis par les LACEN pour les États d'Amapá, de Tocantins, de Paraíba, de Maranhão, du Mato Grosso do Sul, de Piauí et de Maranhão.

« L'étude se poursuit, et au total, nous avons reçu 20 000 échantillons pour analyse. Ils nous envoient des échantillons négatifs pour la dengue, le Zika et le chikungunya. Dans notre laboratoire de l'IMT-USP, nous effectuons des tests moléculaires pour détecter d'autres flavivirus connus (qui causent la fièvre jaune ou la fièvre du Nil par exemple), les alphavirus (y compris le virus Mayaro et plusieurs espèces qui causent l'encéphalite) et les entérovirus (qui peuvent provoquer des maladies respiratoires et le syndrome main-fièvre aphteuse, entre autres). Si nous n'en trouvons pas, nous passons à l'analyse métagénomique « , a déclaré Costa.

Le but du projet, a-t-il ajouté, est de décrire la diversité virale trouvée au Brésil et d'identifier les espèces qui peuvent causer des maladies chez l'homme sans être remarquées au milieu des flambées de maladies causées par les arbovirus.

Une étude publiée dans la revue Maladies infectieuses cliniques en 2019, par exemple, a signalé une épidémie cachée de parvovirus B19 lors d'une épidémie de dengue en 2013-2014. Le chercheur principal était le virologue Paolo Zanotto, professeur à l'Université de São Paulo. L'étude a été soutenue par la FAPESP.

« Il s'agit d'un cas important du point de vue de la santé publique. S'il infecte les femmes enceintes, le parvovirus B19 peut causer de graves problèmes de foetus », a déclaré Costa.

Prochaines étapes

D'autres études détaillées seront nécessaires pour déterminer si les deux nouveaux virus décrits constituent un danger pour la santé humaine.

« Nous avons essayé et échoué à infecter les cultures cellulaires en laboratoire, soit parce que ces virus n'infectent pas le type de cellule utilisé dans l'expérience, soit parce que les particules virales contenues dans les échantillons que nous avons analysés n'étaient plus viables. Nous ne savons pas « , A déclaré Costa.

Cependant, le groupe a obtenu un deuxième échantillon du virus identifié chez le patient à partir de Tocantins (un chapparvovirus) et développe actuellement un test sérologique. « L'idée est de voir si ce patient et sa famille ont des anticorps contre ce micro-organisme, auquel cas ils ont été infectés dans le passé et ont produit une réponse contre le virus », a déclaré Costa.

L'étude a également été soutenue par la FAPESP via le projet « Métagénomique virale pour suivre, expliquer et prédire la transmission et la propagation spatio-temporelle des virus Dengue et Chikungunya au Brésil », pour lequel Sabino était l'investigateur principal.