Dans une étude récente publiée dans le Emerging Infectious Diseases Journal, les chercheurs ont étudié l’origine génétique, les schémas de distribution et l’antigénicité de deux cygnes migrateurs décédés de Chine infectés par les nouveaux virus de la grippe aviaire (VIA) H5N1.
Étude: Nouveaux virus de la grippe aviaire (H5N1) Clade 2.3.4.4b réassortants chez les oiseaux migrateurs, Chine. Crédit d’image : KaterynaKon/Shutterstock.com
Sommaire
Arrière-plan
Les AIV hautement pathogènes (HPAIV) tels que le H5N1 ont été découverts en 1996, et depuis, les espèces de HPAIV de type H5 se sont développées en clades génétiques antigéniquement divergents, entraînant des épidémies persistantes chez les oiseaux.
La transmission longue distance et rapide des HPAIV de type H5 indique que les oiseaux migrateurs sont cruciaux pour la transmission des HPAIV à travers le monde.
Jusqu’à présent, au moins quatre vagues de transmission du virus H5 se sont produites : virus H5N1 du clade 2.2 entre 2005 et 2006, virus H5N1 du clade 2.3.2.1c entre 2009 et 2010, clade H5N8 du clade 2.3.4.4a et H5N1 du clade 2.3.2.1c. entre 2014 et 2015, et les virus H5Ny du clade 2.3.4.4b entre 2016 et 2017.
L’épidémie la plus récente d’épidémies de HPAIV du clade 2.3.4.4b H5N1/H5N8 chez les oiseaux sauvages et domestiques en Afrique et en Eurasie a commencé en 2020-2021.
Les infections H5N1, H5N6 et H5N8 ont été rarement signalées chez l’homme, ce qui souligne le potentiel de transmission zoonotique des VIA hautement pathogènes H5.
Les HPAIV H5 ont été responsables d’un minimum de neuf épidémies parmi les espèces aviaires sauvages sur la partie continentale de la Chine depuis 2021. Des épidémies majeures de HPAIV H5N1 chez les volailles domestiques se sont produites aux États-Unis (É.-U.) et en Europe entre 2021 et 2022.
À propos de l’étude
Dans la présente étude, les chercheurs ont signalé le réassortiment du clade 2.3.4.4b du H5N1 parmi la population aviaire migratrice de Chine.
Des écouvillons oraux et des échantillons pulmonaires ont été obtenus à partir d’un chanteur mort en Mongolie intérieure, dans le nord de la Chine, et d’un cygne mort de couleur noire dans le Zhejiang, dans l’est de la Chine, les 3 et 15 novembre 2021, respectivement.
Par la suite, les virus ont été isolés parmi des embryons de poulet exempts d’agents pathogènes spécifiques (SPF) et vérifiés à l’aide de la réaction en chaîne par polymérase de transcription inverse (RT-PCR).
Le séquençage de Sanger a été effectué et les génomes entiers ont été déposés dans les bases de données de l’Initiative mondiale sur le partage de toutes les données sur la grippe (GISAID) et du NMDC.
L’équipe a reconstruit les arbres d’origine phylogénétique bayésiens résolus en temps pour les trois gènes d’isolat viral H5N1 sur la base des références du National Center for Biotechnology Information (NCBI) et du GISAID.
De plus, une analyse géographique a été effectuée pour cartographier les coordonnées spatiales. En outre, l’équipe a cartographié les types d’hôtes et les sous-types de neuraminidase (NA) ou d’hémagglutinine (HA) pour déterminer l’ancêtre le plus probable du virus aviaire.
De plus, des tests d’inhibition de l’hémagglutination (HI) ont été effectués pour évaluer Re-11 [H5N6 (A/duck/Guizhou/S4184/2017)]Re-13 [H5N6 (A/duck/Fujian/S1424/2020)]et le Re-14 [H5N8 (A/whooper swan/Shanxi/4–1/2020)] immunogénicité du vaccin contre les virus H5N1 et H5N8 HPAIV, qui ont été détectés en 2020.
Résultats
En novembre 2021, trois HPAIV H5N1 ont été détectés, à savoir, le virus Ws/NC/AK1-O/2021 et le virus Ws/NC/AK2-O/2021 parmi les échantillons du chanteur décédé du nord de la Chine, et le virus Bs/EC /74-Lg/2021 de ceux du cygne noir décédé de Chine orientale.
Les souches H5N1 ont induit des altérations histopathologiques sévères chez les espèces aviaires sauvages, caractéristiques des HPAIV, notamment de nombreuses molécules d’acides aminés de type basique au site de dégradation de l’HA.
Les trois gènes H5N1 HA partageaient le clade 2.3.4.4b.2. L’analyse phylogénétique a montré que les trois nouvelles souches virales H5N1 étaient des réassortis de Ws/2021 (Ws/NC/AK1-O/2021 et Ws/NC/AK2-O/2021) et Bs/2021 (Bs/EC/74-Lg/ 2021).
Plusieurs activités de regroupement parmi les HPAIV H5N8 ont produit les virus. Les ancêtres de la plupart des gènes des deux réassortis provenaient d’Ansériformes sauvages et ont très probablement été transmis au cours de l’été 2021, à l’exception de gènes tels que le gène M de type Bs/2021, qui pourrait avoir évolué à partir de volailles domestiques.
Presque tous les gènes de neuraminidase des virus H5N1 découverts en Chine continentale entre 1996 et 2018 appartenaient au clade EA-1. Le premier groupe comprenait quatre HPAIV H5N8 découverts parmi des espèces aviaires sauvages en 2020, la souche Re-14, huit virus H5N6 et un virus H5N8 qui a provoqué des infections humaines.
Bs/EC/74-Lg/2021 regroupés avec les virus de la grippe H5N1 provenant de la Corée du Sud et du Japon dans le deuxième groupe, avec des séquences identiques de 99,0 % à 100,0 %.
Dans le troisième groupe, les virus dérivés du cygne chanteur du nord de la Chine ont montré une similitude antigénique de 99,0 % et ont été regroupés avec des souches virales H5N1 d’origine européenne. La plupart des virus H5N1 découverts entre 2020 et 2021 ont été regroupés dans le troisième cluster.
En outre, deux infections par le virus H5N1 (troisième groupe) ont été documentées parmi des résidents du Royaume-Uni (Royaume-Uni) et des États-Unis entre 2021 et 2022.
L’analyse HA a montré des titres d’anticorps 256 entre les antisérums homologues et les antigènes vaccinaux H5 et des titres beaucoup plus faibles (2,0 à 16) pour Re-11 et Re-13 par les virus H5N1/H5N8 contemporains.
En comparaison, les virus H5N8 du premier groupe ont montré des titres d’anticorps modestes (64,0) pour l’antisérum Re-14. Les virus Ws/NC/AK1-O/2021 et Bs/EC/74-Lg/2021 H5N1 des deuxième et troisième groupes, respectivement, présentaient des titres de 32 et 128, respectivement.
Conclusion
Dans l’ensemble, les résultats de l’étude ont mis en évidence la détection de trois HPAIV H5N1 parmi les espèces aviaires sauvages à l’automne 2021 en Chine qui ont subi un réassortiment lors de la transmission à longue distance via les routes migratoires aviaires.
La faible similitude antigénique entre les virus H5N1 et H5N8, bien qu’ils proviennent du même clade génétique, souligne les risques élevés d’infections au H5N1 parmi les troupeaux insuffisamment protégés en Chine continentale.
Les résultats ont également souligné la nécessité d’une surveillance coordonnée à l’échelle mondiale du VIA chez les oiseaux migrateurs afin de faciliter la détection précoce et le traitement rapide des infections à VIA..
