Le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2), l’agent causal de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19), réside dans les muqueuses, ce qui facilite la détection de la charge virale dans les cavités nasales.
Un groupe international de chercheurs a caractérisé les caractéristiques immunologiques et diagnostiques des patients qui peuvent avoir ou sont confirmés avec une infection par le SRAS-CoV-2.
L’équipe a découvert un profil de cytokines nasales distinct qui pourrait aider à identifier les patients à risque de réponses inflammatoires élevées à l’infection par le SRAS-CoV-2.
Notre étude fournit des informations sur les réponses des cytokines dans la muqueuse nasale suite à une infection par le SRAS-CoV-2 chez les patients COVID-19 sévères et l’importance potentielle de tests de confirmation supplémentaires pour les anticorps pour le diagnostic des patients SARS-CoV-2 PCR négatifs avec une forte suspicion clinique du COVID-19 », ont écrit les chercheurs.
L’étude «L’infection sévère par le SRAS-CoV-2 induit un profil de cytokines nasales distinct» est disponible en pré-impression sur le medRxiv* serveur, tandis que l’article est soumis à un examen par les pairs.

Sommaire
Classer le type de patient admis pour infection respiratoire
Du 21 avril au 25 septembree, 2020, l’équipe a collecté des échantillons de muqueuses nasales de 87 patients qui se sont présentés dans un hôpital d’Afrique subsaharienne à faible revenu avec une infection respiratoire aiguë sévère. Suite à un test PCR, 41 patients ont été testés positifs pour le SRAS-CoV-2. Les 46 autres patients étaient négatifs au TAAN, mais l’équipe les a reclassés en fonction de leur statut en immunoglobuline G (IgG) contre la protéine de pointe 2. Un total de 25 patients étaient IgG positifs et 21 patients étaient IgG négatifs. Les contrôles comprenaient 25 volontaires sains.
Selon les informations des participants, les patients qui ont été testés positifs pour le COVID-19 et ont dû être admis à l’hôpital avaient une médiane de 50 ans et plus, 63% plus susceptibles d’avoir reçu de la dexaméthasone et 78% plus susceptibles d’avoir reçu un bêta -Biotique lactame.
Les patients qui ont été confirmés par PCR pour COVID-19 avaient 93% plus de chances de survivre, mais aussi plus de chances de rester plus longtemps à l’hôpital que les personnes qui étaient négatives pour la PCR mais IgG positives. Les patients qui étaient PCR négatifs mais IgG négatifs ont passé le moins de temps à l’hôpital à une médiane de 6 jours et avaient un taux de survie de 57%.
La muqueuse nasale présente des niveaux de cytokines modifiés
L’équipe a mesuré la concentration de 37 cytokines dans les échantillons de liquide et de sérum de la muqueuse nasale de 25 patients atteints du SRAS-CoV-2 confirmé par PCR, 16 patients qui étaient positifs pour les IgG PCR négatifs, 11 patients qui étaient négatifs pour les IgG PCR et 25 en bonne santé. bénévoles.
Par rapport aux témoins sains, les résultats ont montré des concentrations élevées de cytokines liées à l’inflammation dans le liquide de la muqueuse nasale de tous les groupes de patients tels que IL-1α, IL-1β, IL-6, MIP-1α et TNF-α. Les échantillons de sérum sanguin ont montré des niveaux élevés d’IL-6, d’IL-10, d’IP-10 et d’IL-15.
De plus, les patients qui ont été testés positifs pour le SRAS-CoV-2 et les patients avec PCR négatif mais IgG positif ont montré un nombre plus élevé de cytokines avec des concentrations plus faibles dans le liquide de la muqueuse nasale et le sérum sanguin que les patients qui étaient IgG négatifs.
Il y avait également des diminutions des cytokines inflammatoires spécifiques. De faibles niveaux d’IL-4, IL-1RA, GRO et VEGF, mais des niveaux élevés d’IL-2 dans le liquide de la muqueuse nasale ont été détectés chez des patients positifs pour le SRAS-CoV-2.
Les résultats démontrent que l’infection par le SRAS-CoV-2 induit une réponse cytokine distincte dans la muqueuse nasale par rapport à la circulation systémique. Cela suggère également que les participants COVID-19 et PCR- / IgG + SARI confirmés par PCR peuvent se présenter à différents stades du spectre d’infection par le SRAS-CoV-2 », ont écrit les chercheurs.
Il y avait également de plus grandes quantités de neutrophiles et une fréquence plus faible de CD3+ Cellules T dans la muqueuse nasale des patients qui ont été testés positifs pour le SRAS-CoV-2 et des patients qui étaient positifs pour les IgG PCR négatifs. Compte tenu des profils immunologiques similaires dans les deux groupes, les auteurs suggèrent que la reclassification du statut COVID-19 devrait être modifiée pour incorporer le statut IgG positif comme indicateur de l’infection.

Concentrations de cytokines dans le liquide et le sérum de la muqueuse nasale. a) Diagrammes de volcan montrant les concentrations différentielles de cytokines dans le liquide de la muqueuse nasale et le sérum des patients COVID-19, PCR- / IgG + SARI et PCR- / IgG-SARI confirmés par PCR par rapport aux témoins de santé. La ligne pointillée horizontale représente un seuil de signification statistique, tandis que la ligne pointillée verticale représente un point de coupure pour déterminer si les niveaux de cytokines étaient plus élevés (droite, rouge) ou plus bas (gauche, bleu) par rapport aux témoins sains . b) Diagrammes de Venn montrant des similitudes dans les concentrations de cytokines parmi les patients COVID-19 confirmés par PCR (vert), PCR- / IgG + SARI (turquoise) et PCR- / IgG-SARI (violet) dans le liquide et le sérum de la muqueuse nasale par rapport aux témoins sains . Les nombres dans les diagrammes de Venn représentent le nombre de cytokines qui étaient soit plus élevé (rouge) ou inférieur (bleu) que les témoins sains communs parmi les groupes d’étude. Les données ont été analysées à l’aide de tests t empiriques modérés de Bayes (contrôles sains, n = 25; COVID-19 confirmé par PCR; n = 25; PCR- / IgG + SARI, n = 16; PCR- / IgG-SARI, n = 11) . SRAS-CoV-2, coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère; COVID-19, maladie à coronavirus de 2019; PCR, réaction en chaîne par polymérase; IgG, immunoglobuline G; SARI, infection respiratoire aiguë sévère.
Différents agents pathogènes bactériens et viraux trouvés aux côtés du SRAS-CoV-2
Les patients testés positifs pour le SRAS-CoV-2 ont montré une faible colonisation bactérienne. Lorsque les chercheurs ont testé la présence d’autres agents pathogènes dans les prélèvements nasopharyngés / de la gorge de 80 patients, ils ont découvert que 74% avaient un ou plusieurs des 12 agents pathogènes respiratoires en plus du SRAS-CoV-2 et du VIH. En excluant le VIH, 14% des patients ont montré des signes d’autres agents pathogènes viraux.
Environ 27 patients avaient Klebsiella pneumoniae. Cependant, c’était après avoir reçu de la ceftriaxone ou de l’amoxicilline dans les 24 heures suivant l’admission à l’hôpital. Il y avait également de faibles quantités de Staphylococcus aureus, Streptococcus pneumoniae, S. aureus, et S. pneumoniae. Les auteurs suggèrent que cela est probablement dû à une utilisation accrue d’antibiotiques bêta-lactamines à l’hôpital.
Dans notre étude, les patients atteints de COVID-19 sévères ont présenté des concentrations nettement faibles de VEGF dans le liquide de la muqueuse nasale. Collectivement, cela suggère que la muqueuse nasale pourrait fournir un instantané de l’activité immunologique dans le poumon chez les patients atteints de COVID-19 », ont écrit les chercheurs.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas examinés par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique / les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.