On craint que plusieurs variantes du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) aient des mutations qui leur permettent d’échapper au système immunitaire. Une nouvelle étude publiée dans le Forum ouvert sur les maladies infectieuses suggère le contraire. Dirigés par Aaron AR Tobian de l’école de médecine de l’Université Johns Hopkins, les résultats ont montré qu’à l’exception d’un de la variante B.1.351, les cellules T CD8 + ont montré une large réponse à toutes les variantes du SRAS-CoV-2.
Ces données mettent en évidence le rôle potentiellement significatif d’une réponse des lymphocytes T multi-épitopes dans la limitation de la fuite virale, et en partie la médiation de la protection contre la maladie causée par les variantes du SRAS-CoV-2 », ont écrit les chercheurs. «Il sera important de continuer à surveiller l’étendue, l’ampleur et la durabilité des réponses des lymphocytes T anti-SRAS-CoV-2 chez les individus récupérés et vaccinés dans le cadre de toute évaluation visant à déterminer si des vaccinations de rappel sont nécessaires.»
Sommaire
Comment ils l’ont fait
Des travaux antérieurs avaient trouvé une large réponse immunitaire, y compris des réponses des lymphocytes T CD8 + chez des individus infectés par la souche originale de SARS-CoV-2. Dans cette étude, ils ont répliqué les méthodes et ont cherché à évaluer les réponses des lymphocytes T CD8 + avec plusieurs lignées de coronavirus.
Les chercheurs ont collecté des échantillons de cellules mononucléées du sang périphérique à partir du plasma de convalescence de 30 patients infectés par le SRAS-CoV-2. Environ 60% des individus étaient des hommes et des échantillons ont été prélevés en 42,5 jours en moyenne. Ils ont utilisé une méthode de coloration multiplex peptide-tétramère du CMH pour cribler 408 épitopes SARS-CoV-2 qui pourraient être potentiellement reconnus par les cellules T CD8 +. Les échantillons de contrôle avaient des lymphocytes T CD8 + testés contre 20 peptides différents de SARS-CoV-2 qui n’étaient pas des variants.
Les variantes préoccupantes – B.1.17, B.1.351 et B.1.1.248 – ont été trouvées en identifiant les polymorphismes d’acides aminés qui leur sont propres. Ils ont été cartographiés sur le génome du SRAS-CoV-2 et recouverts d’épitopes pour étudier les réponses immunitaires.
Les lymphocytes T CD8 + reconnaissent les épitopes variants du SARS-CoV-2
Un total de 132 cellules T CD8 + spécifiques du SRAS-CoV-2 ont reconnu 52 épitopes uniques dans les échantillons.
Seule la mutation de la protéine de pointe D80A trouvée sur le troisième résidu de l’épitope RFDNPVLPF a provoqué un échec de reconnaissance des cellules T CD8 +. «Il s’agit d’un épitope restreint à HLA * A24: 02 pour lequel une réponse des lymphocytes T CD8 + a été détectée chez l’un des cinq individus HLA * A24: 02+», a expliqué l’équipe. Ceci suggère que bien qu’il y ait une faible fréquence – environ 0,005 du total des lymphocytes T CD8 + ont détecté avec succès cet épitope – la fréquence de découverte de cette mutation sur l’épitope est rare. L’individu avec cet épitope évitant l’immunité faisait partie du groupe avec une haute immunoglobuline G.
Implications de l’étude
Le SRAS-CoV-2 est un virus avec de nombreuses mutations, et alors que certaines variantes ont été détectées, d’autres vont mal à cause d’une surveillance génomique inadéquate. Les chercheurs suggèrent que leurs découvertes pourraient aider à déterminer dans quelle mesure l’immunité d’une personne peut neutraliser les variantes et empêcher la transmission d’une infection supplémentaire.
Il convient de noter que de nouvelles variantes continuent d’être identifiées dans le monde entier et qu’il sera important de les examiner en permanence pour détecter une éventuelle accumulation de mutations d’échappement des cellules T », écrivent les chercheurs.
Les données mettent également l’accent sur les réponses des lymphocytes T dans le traitement du variant SARS-CoV-2 et la protection. Pour cette raison, les vaccins devraient se concentrer sur le renforcement des réponses des lymphocytes T et la neutralisation des anticorps et autres réponses humorales pour créer une réponse immunitaire optimale contre les variants.
Limitations à considérer
Alors que les chercheurs suggèrent une large réponse immunitaire avec les cellules T CD8 +, la petite taille de l’échantillon pourrait avoir biaisé les résultats. De plus, tous les participants à l’étude venaient d’Amérique du Nord, dont 73% des États-Unis, et sélectionnés pour leur présence dans un ou plusieurs types HLA.
Étant donné l’émergence de nouvelles variantes à travers le monde, limiter les participants à l’Amérique du Nord peut ne pas être représentatif des autres infections par le SRAS-CoV-2 dans le monde. Par exemple, la variante P.1 n’a pas été identifiée dans l’étude mais reste une variante mortelle préoccupante au Brésil. La variante P.1 a des mutations qui lui permettent d’échapper au système immunitaire. Les travaux futurs devront élargir la taille de l’échantillon et tester la réponse des lymphocytes T CD8 + sur d’autres variantes circulantes de préoccupations pour confirmer les résultats.
